De bankanställda trodde att tjuven var polis och accepterade hans berättelse om bomben eftersom hotbrev hade skickats till bankdirektören i förväg. Röken och lågorna visade sig vara resultatet av en varningsbloss som han hade antänt när han befann sig under bilen. Vid något tillfälle övergav tjuven bankens bil och överförde metalllådorna till en annan bil, som stulits i förväg. Även den bilen övergavs och lådorna överfördes återigen till en annan tidigare stulen bil.
Det fanns 120 bevismaterial kvar på brottsplatsen, bland annat ”polis”-motorcykeln, som hade målats vit. Bevisen var dock främst vanliga vardagsföremål, utspridda med avsikt för att förvirra polisutredningen.
En 19-årig man, son till en polisman, misstänktes strax efter rånet. Han dog av kaliumcyanidförgiftning den 15 december 1968. Han hade inget alibi. Pengarna hittades dock inte vid tidpunkten för hans död. Hans död ansågs vara ett självmord och han betraktades som oskyldig, enligt officiella uppgifter.
En massiv polisutredning inleddes och 780 000 monteringsbilder lades ut i hela Japan. Listan över misstänkta innehöll 110 000 namn och 170 000 poliser deltog i utredningen – den största utredningen i Japans historia.
Den 12 december 1969 misstänktes en 26-årig man av Mainichi Shimbun. Han arresterades på grund av en orelaterad anklagelse, men han hade ett alibi; rånet inträffade samma dag som han skulle göra en proctored examination. Eftersom gripandet skedde på grundval av falska förespeglingar anklagades den gripande polisen, Mitsuo Muto, för maktmissbruk.
En vän till den 19-årige misstänkte greps på grund av en orelaterad anklagelse den 15 november 1975, precis innan preskriptionstiden gick ut. Han hade en stor summa pengar och misstänktes för rånet. Han var 18 år gammal när rånet inträffade. Polisen bad honom om en förklaring till den stora summan pengar, men han sa ingenting och de kunde inte bevisa att hans pengar kom från rånet.