Burgundierna var ett skandinaviskt folk vars ursprungliga hemland låg vid Östersjöns södra stränder, där ön Bornholm (Burgundarholm på medeltiden) fortfarande bär deras namn. Omkring 1000-talet e.Kr. flyttade de in i floden Vistulas nedre dal, men eftersom de inte kunde försvara sig där mot Gepidae, flyttade de västerut till romarrikets gränser. Där, där de tjänstgjorde som foederati, eller hjälptrupper, i den romerska armén, etablerade de ett mäktigt rike som i början av 500-talet sträckte sig till Rhenflodens västra strand och senare hade sitt centrum i Sapaudia (Savoyen) nära Genèvesjön.
I takt med att Roms grepp om det västerländska riket minskade under andra hälften av 500-talet spred burgunderna gradvis sin kontroll över områden norr och väster om Savoyen och sedan över Rhône- och Saône-flodens dalgångar. Detta andra burgundiska rike nådde sin höjdpunkt under den kristne kungen Gundobad (474-516), som utfärdade en skriftlig lagbok, Lex Gundobada, för burgundarna och en separat lagbok, Lex Romana Burgundionum, för sina gallo-romerska undersåtar. Detta Burgund förblev självständigt fram till 534, då frankerna ockuperade riket och utplånade den kungliga dynastin.
I samband med den frankiske kungen Clotar I:s död 561 delades dock det frankiska kungadömet upp bland medlemmarna av den merovingiska dynastin, och en av Clotars söner, Guntram, säkrade regnum Burgundiae, eller kungadömet Burgund. Detta kungadöme omfattade så småningom inte bara alla de tidigare burgundiska områdena utan även biskopsdömet Arles i Provence, Val d’Aosta öster om Alperna och till och med ett omfattande område i norra mitten av Frankrike. Det förblev ett separat merovingiskt rike tills Karl Martel, Karl den stores farfar, underkuvade det till frankiska Austrasien i början av 700-talet.
Karolinerna gjorde flera delningar av Bourgogne innan Boso, härskare över Viennois, lät utropa sig själv till kung över hela Bourgogne från Autun till Medelhavet år 879. De franska karolingarna återfick senare landet väster om Saône och norr om Lyon från honom, och de tyska karolingarna återfick Jurane, eller övre Burgund (dvs. Transjurane Burgund, eller landet mellan Jura och Alperna, tillsammans med Cisjurane Burgund, eller Franche-Comté). Boso och hans efterföljare kunde dock hålla sig kvar i kungadömet Provence, eller Nedre Burgund, fram till omkring 933.
I 888 erkändes Rudolf I (död 912) av den tyska familjen Welf som kung av Jurane Burgund, inklusive en stor del av det som nu är Schweiz. Hans son och efterträdare, Rudolf II, kunde omkring 931 sluta ett fördrag med Hugh av Provence, efterträdare till Bosos son Ludvig den blinde, varigenom han utvidgade sitt styre till att omfatta hela regnum Burgundiae utom områdena väster om Saône. Denna förening av Övre och Nedre Burgund testamenterades 1032 till den tyske kungen och kejsaren Konrad II och blev från och med 1200-talet känd som kungadömet Arles – namnet Burgund reserverades alltmer för grevskapet Burgund (Cisjurane Burgundy) och för hertigdömet Burgund.
Hertigdömet Burgund var den del av regnum Burgundiae som låg väster om floden Saône; det återfanns från Boso av de franska karolingerna och förblev en del av det franska kungadömet. Bosos bror Richard, greve av Autun, organiserade större delen av territoriet under sin egen myndighet. Hans son Rudolph (Raoul), som efterträdde honom 921, valdes till kung av Frankrike 923. Vid Rudolfs död 936 lösgjorde den karolingiske kungen Ludvig IV och Hugh den store, frankernas hertig, Sens, Troyes och (tillfälligt) Langres från Bourgogne.
Det på så sätt bildade hertigdömet, även om det var mindre än sin föregångare från 900-talet, var starkare och förblev i den capetiska familjen fram till 1361. I sin utrikespolitik följde de kapetianska hertigarna lojalt sina kusiner, de franska kungarna, och i inre angelägenheter utvidgade de sina domäner och tvingade fram lydnad från sina vasaller. Burgund kom att erkännas som det främsta adelsståndet i det franska kungadömet.
Både hertigdömet Burgund och Cisjurane Burgund (grevskapet Burgund) blomstrade under denna period. Städerna blomstrade: Dijon blev en viktig marknadsstad. Pilgrimer strömmade till Vézelay och Autun, där man 1146 byggde en magnifik kyrka runt S:t Lazares grav. Burgundiska kloster var berömda: Cluny (grundat 910) blev centrum för en munkorden som sträckte sig från England till Spanien, och 1098 grundades klostret Cîteaux och med det en ny religiös orden, cistercienserna.
En återförening av de två burgundiska kungadömena genomfördes 1335 och avslutades 1361. Frankrikes kung, Johannes II (den gode), återförenade hertigdömet med kronans domäner, medan Cisjurane Burgund, eller Franche-Comté, gick till den oberoende greven av Flandern. En ny period i den burgundiska hertighistorien inleddes under Johannes II, som 1363 gav hertigdömet till sin son Filip, som blev Filip II, känd som ”den djärve”. År 1369 gifte sig Filip med grevskapets arvtagerska, Margareta av Flandern. När hans svärfar dog 1384 ärvde Filip Nevers, Rethel, Artois och Flandern samt Franche-Comté. De två Burgundarna utgjorde den södra delen av en stat vars norra besittningar sträckte sig över Nederländerna, Meuse-dalen och Ardennerna. I norr skulle expansionen fortsätta (Hainaut, 1428; Brabant, 1430; Luxemburg, 1443), men den södra delen, från vilken Nevers återigen avskiljdes 1404, blev allt mindre viktig. Filip II, som bodde i Bourgogne, köpte dock det södra territoriet Charolais 1390.
John den orädde efterträdde Filip II 1404 och ägnade sig åt kampen med sin rival Ludvig, duc d’Orléans, och med Ludvigs anhängare under greven av Armagnac, som ödelade Bourgognes södra gränser mellan 1412 och 1435. Johannes mördades 1419, och hans son Filip III (den gode) fortsatte kampen mot armagnakerna och gav sitt stöd till engelsmännen under hundraårskriget. Arrasfördraget (1435), genom vilket fred slöts mellan Bourgogne och Karl VII av Frankrike, utökade i hög grad den burgundiska domänen. Trots detta fortsatte legosoldatband sina plundringar i Bourgogne fram till 1445, varefter hertigdömet åtnjöt fred fram till Filip III:s död 1467.
Nästa hertig, Karl den djärve, var ständigt i konflikt med den franske kungen Ludvig XI. Karls mål var att förena de norra och södra delarna av kungadömet genom att annektera Lothringen, och han krävde av den heliga romerska kejsaren titeln kung av Burgund. Karl motarbetades i dessa strävanden av Ludvig XI:s ihärdiga ansträngningar, som genomförde flera fälttåg mot honom och utsatte Bourgogne för en ekonomisk blockad.
De två Burgundierna drabbades av den svarta dödens härjningar 1348 och av legosoldaternas band under hundraårskriget. Befolkningen minskade märkbart, vilket innebar en stor påfrestning på produktionen under 1400-talet. Den lukrativa handeln med spannmål, vin och färdig ull hotades, och marknadsmässorna förlorade en del av sin betydelse. Men på det hela taget tycks de två Burgundierna ha åtnjutit större säkerhet än stora delar av Europa under 1300- och 1400-talen.
Efter Karl den djärves död 1477 gifte sig hans arvtagerska, Maria av Burgund, med den österrikiske ärkehertigen Maximilian av Habsburg (senare tysk-romersk kejsare) och besviken på så sätt de franska förhoppningarna om att hon skulle gifta sig med Ludvig XI:s son Karl, den blivande Karl VIII av Frankrike. Genom fördraget i Arras (1482) överlämnades dock Franche-Comté till Karl som trolovad med Marias dotter Margareta av Österrike. När han bröt denna förlovning var han tvungen att avträda Franche-Comté till Österrike genom fördraget i Senlis 1493.
Under de följande 185 åren var Franche-Comté i habsburgarnas ägo. Genom fördraget i Saint-Jean-de-Losne (1522) med Frankrike garanterades grevskapets neutralitet under krigen mellan habsburgarna och de sista franska kungarna av Valois-linjen. Det varaktiga välståndet, som förstärkts av den industriella utvecklingen, kan bedömas av den fantastiska renässansarkitekturen i dess städer. Civila oroligheter uppstod dock i samband med reformationen, då protestanter kom in i det huvudsakligen katolska länet från Tyskland och Schweiz. Franche-Comté övergick till de spanska habsburgarna genom kejsar Karl V:s delning av sitt herravälde 1556. Under Filip II av Spanien skedde ett kraftfullt förtryck av protestanter, och Henrik IV av Frankrike kränkte Franche-Comté i sitt krig mot Filip i sin neutralitet. Från 1598 till 1635 rådde fred, men den franska rädslan för en habsburgsk inringning ledde till att Ludvig XIII försökte annektera grevskapet. Han invaderade och ödelade området årligen från 1636 till 1639, men freden i Westfalen (1648) bekräftade den habsburgska kontrollen.
Frankrike-Comté, som 1668 erövrades av den store Condé i devolutionskriget, men som återlämnades till Spanien genom freden i Aix-la-Chapelle (den 2 maj 1668), erövrades slutligen av Condé för Frankrikes räkning i det sista av de s.k. holländska krigen, varvid den franska annekteringen erkändes genom freden i Nijmegen 1678. Ludvig XIV flyttade huvudstaden i den nya provinsen till den tidigare kejsarstaden Besançon. År 1790 delades Franche-Comté tillsammans med resten av Frankrike upp i separata departement – Jura, Doubs och Haute-Saône.
Efter Karl den djärves död (1477) annekterades hertigdömet Burgund av den franska kronan. Under 1500-talet ödelades det av religionskrigen. Städerna måste befästas och legosoldater strövade runt i landet. Hertigdömet härjades återigen under trettioåriga kriget och även under den aristokratiska revolt som kallas Fronde (1648-53) och som leddes av den store Condé. Inte förrän den franska annekteringen av Franche-Comté 1678 återställdes fred och säkerhet. Från 1631 till 1789 styrdes hertigdömet av prinsarna de Condé. Efter den franska revolutionen försvann provinsen Bourgogne och delades upp i departementen Côte-d’Or, Saône-et-Loire och Yonne. År 2016 slogs regionen Bourgogne samman med Franche-Comté som en del av en nationell plan för att öka den byråkratiska effektiviteten.