Denna underavdelning av avsnittet Funktion anger position och typ av varje DNA-bindningsdomän som finns i proteinet.
Vi annoterar experimentellt definierade DNA-bindningsdomäner och konserverade DNA-bindningsdomäner som definierats av InterPro-resurserna PROSITE, Pfam och SMART; exempel är AP2/ERF-domänen, ETS-domänen, Fork-Head-domänen, HMG-boxen och Myb-domänen.
Förutsagda DNA-bindningsdomäner
Exempel: P10103, P46200, Q9SGJ6, P14921, P55317, P30658
Särskilda typer av DNA-bindande domäner
a. bHLH- och bZIP-proteiner
För grundläggande helix-loop-helix (bHLH) och grundläggande leucin-zipper-domäner (bZIP) beskriver vi de C-terminala HLH- och leucin-zipper-motiven separat i underavsnittet Domän i avsnittet ”Familj och domäner”. Den N-terminala basregionen för dessa domäner beskrivs i underavsnittet ”DNA-bindning”.
För bHLH-proteiner följs basregionen vanligtvis direkt av HLH-domänen i sekvensen.
Exempel: P35869
I bZIP-proteiner följs den grundläggande regionen av leucin-zipper-domänen, som kännetecknas av ett LXXXXXXL-motiv, och börjar med den första Leu/Ile och slutar med de sista Leu/Ile-resterna.
Exempel: P18289, P15407
b. Homeoboxproteiner
Homeoboxproteiner utgör en stor familj som innehåller flera subtyper. När en homeobox tillhör en subtyp anges den i fältet ”Beskrivning” efter ”Homeobox” föregånget av ett semikolon.
Exempel: Q9H2P0, O81788, Q90655, P20823
När en viss homeobox är ofullständig eller skiljer sig avsevärt från konsensus kan den kommenteras som antingen ”partiell” eller ”atypisk”.
Exempel: Q6WRX8, Q8MJD5
Experimentellt bestämda DNA-bindande domäner
När en DNA-bindande domän har identifierats experimentellt men inte motsvarar en domän som modellerats av en InterPro-resurs anges det enkla faktum att domänen existerar, men ingen särskild beskrivning ges.
Exempel: P13574
Dessa domäner överförs till närliggande arter med hjälp av egenskapen ”By similarity”.
Exempel: Q08400
Related keywords:
DNA-binding
Homeobox
See also:
Domain
Motif
Region
Repeat
Zinc finger