Bildtext Röjningsarbetet har redan påbörjats i delar av landet
Dödsfallen rapporterades i området Bagaces och Upala, söder om gränsen till Nicaragua.
Affärsmannen Carlos Alberto Volio, 68, sade till nyhetsbyrån Reuters: ”Otto lämnar oss i en mycket svår situation, både för landet och för oss alla. Återhämtningen kommer att bli mycket svår.”
Inte några rapporter om dödsfall i Nicaragua och skadorna uppges vara begränsade.
Officiella myndigheter i båda länderna hade evakuerat de mest riskfyllda områdena, stängt skolor och mobiliserat räddningspersonal.
Fyra personer dog i Panama tidigare i veckan till följd av det svåra väder som orsakades av Ottos närmande.
Snart efter Ottos landstigning på torsdagen skakade en kraftig jordbävning Nicaragua och El Salvador, vilket kortvarigt utlöste ett tsunamivarning.
Bävningen i Stilla havet, som hade en magnitud på 7,0, inträffade cirka 120 km utanför El Salvadors kust.
Det fanns inga rapporter om skador eller offer i samband med skalvet, men media i Nicaragua uppgav att en kvinna dog av en hjärtattack efter att ha hört tsunamivarningen.
.