Den största delen av endospermen består av celler med hög stärkelsehalt och lite zeinprotein. Stärkelsen består av två typer av molekyler, amylos och amylopektin. Amylose består av oförgrenade strängar av glukosmolekyler medan amylopektinmolekylerna är förgrenade strängar av glukosenheter. Denna skillnad i molekylstruktur påverkar användningen av majsstärkelse i bearbetade livsmedel. Amylose-molekyler löser sig lättare i varmt vatten och bildar inte en pasta, medan amylopektin tenderar att gelera lättare. Amylosemolekylerna färgar blått i jod men amylosemolekylerna färgar inte i jod. Endosperm i de flesta majssorter färgas blått på grund av förekomsten av amylos, även om den kanske bara utgör 25 % av den totala stärkelsen i endospermen.
Den recessiva mutantgenen waxy (wx) hämmar produktionen av amylosemolekyler. Detta resulterar i produktion av total amylopektinstärkelse. Den identifieras lätt med hjälp av jodreaktionen. Eftersom genen är recessiv måste den finnas i både den kvinnliga och manliga föräldern till hybridfröet, vilket kräver isolering från kontaminering under ökningen av föräldrafröet, hybridfröet och spannmålsproduktionen. Den recessiva genen amylose extender (ae) ökar kraftigt amylosedelen av endospermets stärkelse. Detta kräver också isolering i alla steg från utsäde till spannmålsproduktion för att bibehålla det högsta amylosinnehållet. Båda typerna av stärkelse påverkar den slutliga användningen av majskorn, från smältbarhet för djur till industriell bearbetning. Enzymet amylas smälter amylos och den raka kedjekomponenten i amylopektinmolekylerna, men inte grenarna.
Tre sockermajsgener (sugary, sugary-enhanced, shrunken-2) hämmar eller fördröjer bildandet av stärkelse i endospermen. De används ensamma och i kombination för sockermajsvarianter.
Det viktigaste proteinet i endospermcellerna är zein. Det syntetiseras i endoplasmatiska retikulumet i endospermcellerna när aminosyror kopplas samman till stora molekyler. Kärnans hårdhet är kopplad till dessa molekylers struktur, mängd och form. Många mutationer har identifierats som påverkar aminosyrainnehållet i zeinproteinet. Den recessiva genen opague-2(o2) för inklusion av höglysinaminosyror i zeinet är användbar för att tillhandahålla en essentiell aminosyra för djurfoder. Tyvärr försämrar det kornets hårdhet. En annan mutant kallad floury-2 (fl2) ökar methioninaminosyrakomponenten i zein. Båda dessa gener är recessiva och kräver därför isolering för renhet. Båda dessa gener påverkar kornets hårdhet och kan därmed påverka bearbetningen av spannmålen.
Människor har under lång tid gjort kornurval för gener som passar deras användningsområden och kulturer. Urvalen har omfattat endospermgenetik.