Bioinformatik och beräkningsbiologi = samma? Nej.

Jag tillbringade de första 15 åren av mitt yrkesverksamma liv ovillig att känna igen en skillnad mellan bioinformatik och beräkningsbiologi. Det berodde inte på att jag inte trodde att det fanns eller kunde finnas en skillnad, utan på att jag trodde att skillnaden inte var betydande. Jag har ändrat min ståndpunkt om detta. Jag anser nu att de är mycket olika och att de är värda att särskiljas. För mig,

Computational biology = studiet av biologi med hjälp av beräkningsmetoder. Målet är att lära sig ny biologi, kunskap om levande system. Det handlar om vetenskap.

Bioinformatik = skapande av verktyg (algoritmer, databaser) som löser problem. Målet är att skapa användbara verktyg som arbetar med biologiska data. Det handlar om ingenjörskonst.

Allt detta blev viktigt för mig när jag äntligen kom till en bioteknisk avdelning, och jag tvingades fråga mig själv om jag var vetenskapsman eller ingenjör. Jag är både och, och nu är jag i fred.

När jag bygger en metod (vanligen som programvara, och tillsammans med min personal, studenter, postdoktorer – jag gör det tyvärr aldrig själv längre) ägnar jag mig åt ingenjörsarbete: Jag utformar den för att den ska ha vissa prestandaegenskaper, jag bygger den med hjälp av bästa ingenjörspraxis, jag validerar att den fungerar som jag hade tänkt mig, och jag skapar den för att lösa inte bara ett enskilt problem, utan en klass av liknande problem som alla borde kunna lösas med programvaran. Jag skriver sedan artiklar om metoden, och dessa är tekniska artiklar. Detta är bioinformatik.

När jag använder min metod (eller andras) för att besvara en biologisk fråga gör jag vetenskap. Jag lär mig ny biologi. Kriterierna för framgång har föga att göra med de beräkningsverktyg som jag använder, utan handlar helt och hållet om huruvida den nya biologin är sann och har validerats på lämpligt sätt och i enlighet med de bevisstandarder som förväntas av det biologiska samfundet. De artiklar som blir resultatet rapporterar ny biologisk kunskap och är vetenskapliga artiklar. Detta är beräkningsbiologi.

När jag tittar på mitt publicerade arbete har jag alltid försökt att balansera publikationerna i biologiska/medicinska tidskrifter och de i tekniska/informatiska tidskrifter. Det är egentligen en estetik, det finns ingen anledning till varför man skulle känna sig tvingad att göra detta. Det är dock användbart att veta när man sysslar med biologi och när man sysslar med något annat. Jag antar att någon kan argumentera mot min användning av termen ”bioinformatik” som en ingenjörsvetenskaplig disciplin. Det är okej – jag är öppen för en annan term. Men jag skulle vilja fråga varför bioinformatik inte är bra. Jag tycker att beräkningsbiologi är mer solid – ”biologi” är tydligt substantivet och ”beräkningsbiologi” är tydligt adjektivet.