Det finns få säkra uppgifter om de tidiga härskarna i Magadha. De viktigaste källorna är den buddhistiska Pāli-kanonen, Jain Agamas och de hinduiska puranerna. Baserat på dessa källor verkar det som om Magadha styrdes av Haryanka-dynastin i cirka 200 år, ca 543-413 f.Kr.
Gautama Buddha, buddhismens grundare, levde en stor del av sitt liv i kungadömet Magadha. Han uppnådde upplysning i Bodh Gaya, höll sin första predikan i Sarnath och det första buddhistiska rådet hölls i Rajgriha.
I den hinduiska Mahabharata kallas Brihadratha för den första härskaren i Magadha. Kung Bimbisara från Haryanka-dynastin förde en aktiv och expansiv politik och erövrade kungariket Anga i det nuvarande Västbengalen. Kung Bimbisara dödades av sin son, prins Ajatashatru. Kung Pasenadi, kung av grannlandet Kosala och svåger till kung Bimbisara, återtog genast gåvan av Kashi-provinsen.
Berättelserna skiljer sig något åt när det gäller orsaken till kung Ajatashatru’s krig mot Licchavi, ett område norr om floden Ganges. Det verkar som om Ajatashatru skickade en minister till området som arbetade i tre år för att undergräva Licchavis enhet. För att inleda sin attack över Gangesfloden byggde Ajatashatru ett fort i staden Pataliputra. Slitna av oenighet kämpade Licchavis mot Ajatashatru. Det tog femton år för Ajatashatru att besegra dem. Jain-texter berättar hur Ajatashatru använde två nya vapen: en katapult och en täckt vagn med svängande stridsklubba som har jämförts med en modern stridsvagn. Pataliputra började växa som handelscentrum och blev huvudstad i Magadha efter Ajatashatrus död.
Haryanka-dynastin störtades av Shishunaga-dynastin. Den sista Shishunaga-härskaren, Kalasoka, mördades av Mahapadma Nanda år 345 f.v.t., den förste av de så kallade ”nio Nandas”, dvs. Mahapadma och hans åtta söner.
År 326 f.v.t. närmade sig Alexanders armé Magadhas västra gränser. Armén, som var utmattad och rädd inför utsikten att möta en annan gigantisk indisk armé vid Ganges, gjorde myteri vid Hyphasis (den moderna floden Beas) och vägrade att marschera vidare österut. Alexander lät sig efter mötet med sin officer Coenus övertygas om att det var bättre att återvända och vände sig söderut och erövrade sin väg ner längs Indus till Oceanen.
Omkring 321 f.Kr. upphörde Nanda-dynastin och Chandragupta Maurya blev med hjälp av Chanakya den första kungen av den stora mauryanska dynastin och mauryanska riket. Imperiet utvidgades senare över större delen av Sydasien under kung Ashoka, som först var känd som ”Ashoka den grymme” men som senare blev en lärjunge av buddhismen och blev känd som ”Dharma Ashoka”. Senare upphörde det mauriska imperiet, liksom Shunga och Khārabēḷa imperierna, för att ersättas av Gupta-imperiet. Guptaimperiets huvudstad förblev Pataliputra i Magadha.