Sir Ernst Boris Chain, (født 19. juni 1906 i Berlin, Tyskland – død 12. august 1979 i Mulrany, Irland), tyskfødt britisk biokemiker, der sammen med patologen Howard Walter Florey (senere Baron Florey) isolerede og rensede penicillin (som var blevet opdaget i 1928 af Sir Alexander Fleming) og udførte de første kliniske forsøg med antibiotikaet. For deres banebrydende arbejde med penicillin delte Chain, Florey og Fleming i 1945 Nobelprisen for fysiologi eller medicin.
Chain blev færdiguddannet i kemi og fysiologi fra Friedrich Wilhelm Universitetet i Berlin og arbejdede derefter med forskning ved Institut for Patologi, Charité Hospital, Berlin (1930-33). Han blev tvunget til at flygte fra Tyskland på grund af Adolf Hitlers antisemitiske politik og tog først til universitetet i Cambridge, hvor han arbejdede under Sir Frederick G. Hopkins, og derefter (1935) til universitetet i Oxford, hvor han arbejdede sammen med Florey om penicillin.
Chain var direktør for det internationale forskningscenter for kemisk mikrobiologi, Superior Institute of Health, Rom, fra 1948 til 1961. Derefter blev han ansat på Imperial College, University of London, hvor han var professor i biokemi (1961-73), professor emeritus og senior research fellow (1973-76) og fellow (1978-79). Chain blev slået til ridder i 1969.
Ud over sit arbejde med antibiotika studerede Chain slangegifte; spredningsfaktoren, et enzym, der letter spredningen af væsker i væv; og insulin.