Alexis
Michaels søn Alexis’ (Aleksey Mikhaylovich), som senere generationer betragtede som et forbillede for en velvillig og mild zar, begyndte dårligt. Ligesom sin far kom Alexis på tronen som en simpel dreng. Den boyar, der kontrollerede regeringen, Boris Ivanovich Morozov, indledte straks en politik, der bragte regeringen på randen af en katastrofe. Morozov skar i regeringens lønninger; han indførte også en saltskat og et statsmonopol på tobak, hvor førstnævnte forårsagede udbredt nød og utilfredshed, og sidstnævnte førte til kirkens fordømmelse. Samtidig fremmedgjorde han boyargrupper tæt på tronen ved sin indblanding i sin myndlings ægteskab.
Morozovs handlinger forværrede en allerede farlig situation i landet. Bybefolkningen og især tjenesteherrerne var hårdt belastet af skatter og andre forpligtelser og blev i stigende grad vrede over den herskende klike, der voksede i rigdom og magt. Under et oprør i Moskva i maj 1648 omringede en pøbel den 19-årige zar og krævede Morozovs og de ledende embedsmænds henrettelse. Nogle af sidstnævnte blev kastet ud til pøbelen, og der blev arrangeret et kortvarigt beskyttende eksil for Morozov. Morozovs bojarfjender, som muligvis havde medvirket til oprøret, overtog kontrollen med sagerne og gennemførte en række reformer. Saltskatten og tobaksmonopolet blev ophævet, og der blev nedsat en kommission til at udarbejde et udkast til en ny lovbog. Alvorlige uroligheder fortsatte i byerne i nord, især i Pskov og Novgorod, hvor det var nødvendigt med magt for at genindføre autoritet.
I Novgorod var den vigtigste aktør i regeringens interesse metropolitten Nikon, en energisk og autoritær munk, der havde fået indflydelsesrige venner i Moskva, mens han var arkimandrit ved Romanov-familiens kirke og fortsatte ihærdigt med at kultivere zaren og hans relationer, mens han var i Novgorod. I 1652 fik han patriarkatet på grund af sine bønner. Traditionen siger, at Nikon, før han accepterede stillingen, krævede en erklæring om fuld lydighed i religiøse og moralske spørgsmål fra zaren. I de første år af Nikons embedsperiode var hans forhold til Alexis og hoffet godt. Patriarken gennemførte med officiel støtte en række liturgiske og organisatoriske reformer og omgav sig med et imponerende bureaukrati, der var modelleret efter statsapparatet. Forholdet til zaren blev imidlertid anstrengt i 1658, og efter at han offentligt var blevet hånet af Alexis, meddelte Nikon, at han forlod patriarkatet. Han hævdede senere, at han blot var gået midlertidigt i isolation, men hans effektive magt og indflydelse var slut.
Den vigtigste begivenhed i Alexis’ regeringstid var annekteringen af det østlige Ukraine. Hans regering havde fortsat den tidligere politik om at undgå forviklinger i Vesten, mens den ekspanderede mod øst, men kunne ikke modstå den mulighed, der blev tilbudt i 1654, da Bohdan Khmelnytsky, lederen af en kosakrevolution mod det polske styre i Ukraine, appellerede til Moskva om den hjælp, han ikke havde kunnet få fra Sverige og tyrkerne. Moskva accepterede hans troskab til gengæld for militær bistand og blev således involveret i en langvarig kamp med Polen og Sverige om de ukrainske, hviderussiske og baltiske territorier. I begyndelsen gik krigen godt, men de ukrainske og moskovitiske allieredes forskellige mål viste sig snart. Da Karl X af Sverige gik ind i kampen mod Polen, sluttede Alexis fred i 1656; han frygtede et stærkt Sverige lige så meget som et stærkt Polen. Moskva-styrkerne kastede sig ud i krig med Sverige om de estiske, livonske og karelske områder langs Østersøkysten. Situationen i Ukraine blev stadig mere forvirret og farlig for Moskva, og det var nødvendigt at afslutte krigen med Sverige i 1661, selv om det kostede at afgive, endnu en gang, Østersøkysten.
I Ukraine fik krigen et nyt aspekt, da Peter Dorosjenko, en ny leder, i 1664 stillede sig under osmannernes beskyttelse. Tyrkerne deltog i en række større militære operationer, der alarmerede både Polen og Moskva tilstrækkeligt til at få dem til at indgå en våbenhvile ved Andrusovo (1667). Polen anerkendte Moskvas kontrol over det østlige Ukraine og Kiev, mens Moskva afgav den del af Ukraine, der lå vest for Dnepr og det meste af Hviderusland.
Freden forbedrede ikke i høj grad regeringens position, for samme år begyndte en truende bevægelse blandt Donkosakkerne og bønderne i Volga-regionen, ledet af Stenka Razin, og en politisk kamp inden for de indre cirkler ved hoffet, forårsaget af Alexis’ hustrus død. Efter to år blev Alexis gift med Nataliya Naryshkina. I 1676 døde Alexis imidlertid selv, og Fjodor, en syg søn af hans første hustru, Mariya Miloslavskaya, blev hans efterfølger. Der begyndte en kamp mellem de rivaliserende familier Naryshkin og Miloslavskij. Naryshkin-familien blev landsforvist, og Miloslavskij-familien med deres klienter og tilhængere overtog magten. I 1682 døde Fjodor imidlertid, og Naryshkin-fraktionen forsøgte at sætte hans halvbror Peter på tronen i stedet for Fjodor’s helbror, den syge Ivan. Elitekorpset af streltsy (en arvelig militærkaste) gjorde oprør og indsatte Ivans storesøster Sophia som regent. For Peter den Stores tronbestigelse og regeringstid, se nedenfor Peter I’s (den Stores; 1689-1725) regeringstid.