.
O matrice SNP este un instrument util pentru a studia ușoarele variații între genomuri întregi. Cele mai importante aplicații clinice ale matricelor SNP sunt pentru determinarea susceptibilității la boli și pentru măsurarea eficacității terapiilor medicamentoase concepute special pentru indivizi. În cercetare, rețelele SNP sunt utilizate cel mai frecvent pentru studii de asociere la nivelul întregului genom. Fiecare individ are mai multe SNP. Analiza legăturii genetice bazată pe SNP poate fi utilizată pentru a cartografia loci de boală și pentru a determina genele de predispoziție la boli la indivizi. Combinația dintre hărțile SNP și matricele SNP de înaltă densitate permite utilizarea SNP-urilor ca markeri pentru bolile genetice care au trăsături complexe. De exemplu, studiile de asociere la nivelul întregului genom au identificat SNP-uri asociate cu boli precum artrita reumatoidă, cancerul de prostată, O matrice SNP poate fi, de asemenea, utilizată pentru a genera un cariotip virtual utilizând un software pentru a determina numărul de copii al fiecărui SNP de pe matrice și apoi pentru a alinia SNP-urile în ordine cromozomială.
SNP-urile pot fi, de asemenea, utilizate pentru a studia anomaliile genetice în cancer. De exemplu, matricile SNP pot fi utilizate pentru a studia pierderea de heterozigozitate (LOH). LOH apare atunci când o alelă a unei gene este mutantă într-un mod dăunător, iar alela care funcționează în mod normal este pierdută. LOH apare frecvent în oncogeneză. De exemplu, genele supresoare de tumori ajută la împiedicarea apariției cancerului. Dacă o persoană are o copie mutantă și disfuncțională a unei gene supresoare de tumori, iar cea de-a doua copie funcțională a genei este deteriorată, aceasta poate deveni mai predispusă la dezvoltarea cancerului.
Alte metode bazate pe cipuri, cum ar fi hibridizarea genomică comparativă, pot detecta câștigurile sau delețiile genomice care duc la LOH. Cu toate acestea, matricile SNP au un avantaj suplimentar de a putea detecta LOH neutru din punct de vedere al copiei (numit și disomie uniparentală sau conversie genetică). Copy-neutral LOH este o formă de dezechilibru alelic. În cazul LOH copy-neutru, lipsește o alelă sau un cromozom întreg de la un părinte. Această problemă duce la duplicarea celeilalte alele parentale. Copy-neutral LOH poate fi patologic. De exemplu, să spunem că alela mamei este de tip sălbatic și complet funcțională, iar alela tatălui este mutantă. Dacă alela mamei lipsește și copilul are două copii ale alelei mutante a tatălui, poate apărea o boală.
Rețelele SNP de înaltă densitate îi ajută pe oamenii de știință să identifice modelele de dezechilibru alelic. Aceste studii au potențiale utilizări prognostice și diagnostice. Deoarece LOH este atât de frecventă în multe cancere umane, matricile SNP au un mare potențial în diagnosticarea cancerului. De exemplu, studii recente cu matrice SNP au arătat că tumorile solide, cum ar fi cancerul gastric și cancerul hepatic, prezintă LOH, la fel ca și tumorile maligne nesolide, cum ar fi tumorile hematologice maligne, ALL, MDS, CML și altele. Aceste studii pot oferi informații despre modul în care se dezvoltă aceste boli, precum și informații despre cum se pot crea terapii pentru acestea.
Înmulțirea la o serie de specii de animale și plante a fost revoluționată de apariția matricelor SNP. Metoda se bazează pe prezicerea meritelor genetice prin încorporarea relațiilor dintre indivizi pe baza datelor de tip SNP array. Acest proces este cunoscut sub numele de selecție genomică.
.