Alexis
Regatul fiului lui Mihail, Alexis (Aleksey Mikailovici), pe care generațiile ulterioare l-au considerat modelul însuși al unui țar binevoitor și blând, a început prost. La fel ca tatăl său, Alexis a ajuns la tron ca un simplu băiat. Imediat, boierul care controla guvernul, Boris Ivanovici Morozov, s-a angajat în politici care au adus guvernul în pragul dezastrului. Morozov a redus salariile guvernamentale; a introdus, de asemenea, o taxă pe sare și un monopol de stat asupra tutunului, prima măsură provocând greutăți și nemulțumiri pe scară largă, iar cea de-a doua aducând condamnarea bisericii. În același timp, el și-a înstrăinat grupurile de boieri apropiați de tron prin intervenția sa în căsătoria pupilei sale.
Acțiunile lui Morozov au exacerbat o situație deja periculoasă în țară. Populația orașelor și în special nobilimea de serviciu erau puternic împovărate de taxe și alte obligații și erau din ce în ce mai furioase față de bogăția și puterea în creștere a clica conducătoare. În timpul unei revolte la Moscova, în mai 1648, o mulțime l-a înconjurat pe țarul în vârstă de 19 ani și a cerut executarea lui Morozov și a principalilor funcționari. Unii dintre aceștia din urmă au fost aruncați mulțimii, iar pentru Morozov a fost aranjat un scurt exil de protecție. Dușmanii boieri ai lui Morozov, care este posibil să fi instigat la revoltă, au preluat controlul afacerilor și au realizat o serie de reforme. S-a pus capăt impozitului pe sare și monopolului asupra tutunului, iar o comisie a fost înființată pentru redactarea unui nou cod de legi. Tulburări grave au continuat în orașele din nord, în special în Pskov și Novgorod, unde a fost nevoie de forță pentru a reimpune autoritatea.
În Novgorod, principalul actor în interesul guvernului a fost mitropolitul Nikon, un călugăr energic și autoritar care își făcuse prieteni influenți la Moscova în timp ce era arhimandrit la biserica familiei Romanov și care a continuat cu asiduitate să îl cultive pe țar și relațiile sale cât timp a fost la Novgorod. În 1652, solicitările sale i-au adus patriarhatul. Tradiția spune că Nikon, înainte de a accepta funcția, a cerut țarului o declarație de supunere deplină în materie religioasă și morală. În primii ani ai mandatului lui Nikon, relațiile sale cu Alexis și cu curtea au fost bune. Patriarhul, cu sprijinul oficial, a realizat o serie de reforme liturgice și organizaționale, înconjurându-se de o birocrație impresionantă, modelată după aparatul de stat. Cu toate acestea, relațiile cu țarul au devenit tensionate în 1658 și, după ce a fost snobit în public de Alexis, Nikon a anunțat că abandonează patriarhatul. El a susținut mai târziu că a intrat pur și simplu în izolare temporară, dar puterea și influența sa efectivă erau la sfârșit.
Evenimentul principal al domniei lui Alexis a fost anexarea Ucrainei de est. Guvernul său a continuat politica anterioară de evitare a încurcăturilor în Occident, în timp ce se extindea spre est, dar nu a putut rezista oportunității oferite în 1654, când Bohdan Khmelnytsky, liderul unei revoluții cazace împotriva dominației poloneze în Ucraina, a apelat la Moscova pentru ajutorul pe care nu reușise să-l obțină de la Suedia și de la turci. Moscova i-a acceptat loialitatea în schimbul asistenței militare și astfel a fost implicată într-o luptă îndelungată cu Polonia și Suedia pentru teritoriile ucrainene, belaruse și baltice. La început, războiul a decurs bine, dar obiectivele diferite ale aliaților ucraineni și moscoviți au ieșit curând la iveală. Când Carol al X-lea al Suediei a intrat în luptă împotriva Poloniei, Alexis a făcut pace, în 1656; se temea de o Suedie puternică la fel de mult ca și de o Polonie puternică. Forțele moscovite au intrat în război cu Suedia pentru teritoriile estoniene, livoniene și kareliene de pe coasta baltică. Situația din Ucraina a devenit din ce în ce mai confuză și mai periculoasă pentru Moscova și a fost necesar să se pună capăt războiului cu Suedia în 1661, chiar cu prețul cedării, din nou, a coastei baltice.
În Ucraina, războiul a căpătat un nou aspect când, în 1664, Petru Doroșenko, un nou lider, s-a pus sub protecția otomanilor. Turcii s-au alăturat într-o serie de operațiuni militare de anvergură, alarmând atât Polonia cât și Moscova suficient de mult pentru a le aduce la un armistițiu la Andrusovo (1667). Polonia a recunoscut controlul Moscovei asupra estului Ucrainei și Kievului, în timp ce Moscova a cedat partea din Ucraina de la vest de Nipru și cea mai mare parte a Belarusiei.
Pacea nu a îmbunătățit foarte mult poziția guvernului, deoarece în același an a început o mișcare amenințătoare printre cazacii Donului și țăranii din regiunea Volga, condusă de Stenka Razin, și o luptă politică în interiorul cercurilor interne de la curte, cauzată de moartea soției lui Alexis. După doi ani, Alexis s-a căsătorit cu Nataliya Naryshkina. Cu toate acestea, în 1676, Alexis însuși a murit, iar Fyodor, un fiu bolnăvicios al primei sale soții, Mariya Miloslavskaya, i-a succedat. A început o luptă între familiile rivale Naryshkin și Miloslavsky. Familia Naryshkin a fost exilată, iar familia Miloslavsky, cu clienții și susținătorii lor, a preluat conducerea. Cu toate acestea, în 1682, Fiodor a murit, iar facțiunea Narîșkin a încercat să-l plaseze pe tron pe fratele său vitreg, Petru, în locul fratelui deplin al lui Fiodor, Ivan, care era bolnav. Corpul de elită al streltsy (o castă militară ereditară) s-a revoltat și a stabilit-o pe sora mai mare a lui Ivan, Sophia, ca regentă. Pentru ascensiunea și domnia lui Petru cel Mare, vezi mai jos Domnia lui Petru I (cel Mare; 1689-1725).
.