Această subsecțiune a secțiunii Funcție specifică poziția și tipul fiecărui domeniu de legare a ADN-ului prezent în cadrul proteinei.
Anotam domeniile de legare a ADN-ului definite experimental și domeniile conservate de legare a ADN-ului definite de resursele InterPro PROSITE, Pfam și SMART; exemplele includ domeniul AP2/ERF, domeniul ETS, domeniul Fork-Head, caseta HMG și domeniul Myb.
Domenii de legare a ADN-ului preconizate
Exemple: P10103, P46200, Q9SGJ6, P14921, P55317, P30658
Tipuri speciale de domenii de legare a ADN
a. Proteinele bHLH și bZIP
În cazul domeniilor basic helix-loop-helix (bHLH) și basic leucine-zipper (bZIP), descriem separat motivele C-terminale HLH și leucine zipper în subsecțiunea Domain din secțiunea „Family and Domains”. Regiunea de bază N-terminală a acestor domenii este descrisă în subsecțiunea „DNA-binding”.
Pentru proteinele bHLH, regiunea de bază este, de obicei, urmată direct de domeniul HLH în secvență.
Exemplu: P35869
În cazul proteinelor bZIP, regiunea de bază este urmată de domeniul leucină-zipper, caracterizat printr-un motiv LXXXXXXL, și începe cu primele reziduuri Leu/Ile și se oprește cu ultimele reziduuri Leu/Ile.
Exemple: P18289, P15407
b. Proteinele homeobox
Proteinele homeobox constituie o familie mare care conține mai multe subtipuri. Atunci când un homeobox aparține unui subtip, acesta este indicat în câmpul „Descriere” după „Homeobox”, precedat de un punct și virgulă.
Exemple: Q9H2P0, O81788, Q90655, P20823
Când un anumit homeobox este incomplet sau diferă în mod semnificativ de consens, acesta poate fi notat fie ca „parțial”, fie ca „atipic”.
Exemple: Q6WRX8, Q8MJD5
Domenii de legare a ADN-ului determinate experimental
Când un domeniu de legare a ADN-ului a fost identificat experimental, dar nu corespunde unui domeniu modelat de o resursă InterPro, atunci se indică simplul fapt al existenței domeniului, dar nu se furnizează o descriere specială.
Exemplu: P13574
Aceste domenii sunt transferate la specii apropiate folosind calificativul „By similarity” (Prin similitudine).
Exemplu: Q08400
Related keywords:
DNA-binding
Homeobox
See also:
Domain
Motif
Region
Repeat
Zinc finger