Islamul este cea mai răspândită religie din Sudan, iar musulmanii au dominat instituțiile guvernamentale naționale de la independența din 1956. Potrivit PNUD Sudan, populația musulmană este de 97%, incluzând numeroase grupuri arabe și non-arabe. Restul de 3% se atribuie fie creștinismului, fie religiilor tradiționale animiste. Musulmanii predomină în toate regiunile, cu excepția regiunii Munților Nuba. Marea majoritate a musulmanilor din Sudan aderă la islamul sunnit al școlii de jurisprudență Maliki, profund influențat de sufism. Există, de asemenea, câteva comunități șiite în Khartoum, capitala țării. Cele mai semnificative diviziuni apar pe linia confreriilor sufi. Două confrerii populare, Ansar și Khatmia, sunt asociate cu partidele de opoziție Umma și, respectiv, Partidul Democratic Unionist. Doar regiunea Darfur este lipsită, în mod tradițional, de prezența confreriilor sufi care se regăsește în restul țării.
Legislația Shari’a a fost instalată de diferite regimuri militare, iar aplicarea acesteia pentru nemusulmani în capitală a fost o problemă controversată în timpul negocierilor, dar aceasta și celelalte probleme majore care stau la baza conflictului dintre nord și sud au fost în mare parte rezolvate în cadrul acordurilor. Shari’a va continua să fie baza sistemului juridic național, așa cum se aplică în nord; legislația națională aplicabilă în sud se va baza pe „consensul popular, valorile și obiceiurile poporului”. În statele sau regiunile în care o majoritate are convingeri religioase sau cutumiare diferite de cele pe care se bazează sistemul juridic, legile naționale pot fi modificate pentru a se potrivi mai bine cu aceste convingeri. În întreaga țară, aplicarea Shari’a celor care nu sunt musulmani trebuie să fie limitată, iar instanțele nu își pot exercita puterea discreționară de a impune formele fizice mai aspre ale sancțiunilor Shari’a asupra celor care nu sunt musulmani. Sudanul a avut trei guverne democratice din 1956, toate au abolit legea Shari’a.
În septembrie 2020, Sudanul a devenit în mod constituțional un stat laic, după ce guvernul de tranziție al Sudanului a fost de acord să separe religia de stat, punând capăt la 30 de ani de dominație islamică și la islamul ca religie oficială de stat în această națiune nord-africană. Această nouă legislație a pus capăt, de asemenea, fostei legi a apostaziei și biciuirii publice.
.