Burgunzii au fost un popor scandinav a cărui patrie originară se afla pe țărmul sudic al Mării Baltice, unde insula Bornholm (Burgundarholm în Evul Mediu) le poartă încă numele. În jurul secolului I d.Hr. ei s-au mutat în valea inferioară a râului Vistula, dar, neputându-se apăra acolo împotriva gepizilor, au migrat spre vest până la granițele Imperiului Roman. Acolo, servind ca foederati, sau auxiliari, în armata romană, au întemeiat un regat puternic, care la începutul secolului al V-lea s-a extins până la malul vestic al Rinului și mai târziu s-a centrat pe Sapaudia (Savoia), lângă Lacul Geneva.
Pe măsură ce stăpânirea Romei asupra Imperiului de Vest a scăzut în a doua jumătate a secolului al V-lea, burgunzii și-au extins treptat controlul asupra zonelor din nordul și vestul Savoiei și apoi pe văile râurilor Rhône și Saône. Acest al doilea regat burgund și-a atins apogeul în timpul legiuitorului și regelui creștin Gundobad (474-516), care a promulgat un cod scris de legi, Lex Gundobada, pentru burgunzi și un cod separat, Lex Romana Burgundionum, pentru supușii săi gallo-romani. Această Burgundia a rămas independentă până în 534, când francii au ocupat regatul, stingând dinastia regală.
Cu toate acestea, odată cu moartea regelui franc Clotar I în 561, regatul franc a fost împărțit între membrii dinastiei merovingiene, iar unul dintre fiii lui Clotar, Guntram, a obținut regnum Burgundiae, sau regatul Burgundiei. Acest regat a inclus în cele din urmă nu numai toate fostele ținuturi burgunde, ci și dieceza de Arles din Provence, Val d’Aosta la est de Alpi și chiar un teritoriu extins în nordul și centrul Franței. A rămas un regat merovingian separat până când Carol Martel, bunicul lui Carol cel Mare, l-a subjugat Austriei francilor la începutul secolului al VIII-lea.
Carolingienii au făcut mai multe împărțiri ale Burgundiei înainte ca Boso, conducător al Viennoisului, să se proclame rege al întregii Burgundii de la Autun până la Marea Mediterană în 879. Mai târziu, carolingienii francezi au recuperat de la el țara de la vest de Saône și de la nord de Lyon, iar carolingienii germani au recuperat Burgundia Jurane, sau Burgundia Superioară (adică Burgundia Transjurane, sau țara dintre Jura și Alpi, împreună cu Burgundia Cisjurane, sau Franche-Comté). Cu toate acestea, Boso și succesorii săi au reușit să se mențină în regatul de Provence, sau Burgundia Inferioară, până în jurul anului 933.
În 888 Rudolf I (mort în 912) din familia germană Welf a fost recunoscut ca rege al Burgundiei Jurane, incluzând o mare parte din ceea ce este astăzi Elveția. Fiul și succesorul său, Rudolf al II-lea, a reușit să încheie un tratat în jurul anului 931 cu Hugh de Provence, succesorul fiului lui Boso, Ludovic cel Orb, prin care și-a extins domnia asupra întregului regnum Burgundiae, cu excepția zonelor de la vest de Saône. Această uniune a Burgundiei Superioare și Inferioare a fost lăsată moștenire în 1032 regelui și împăratului german Conrad al II-lea și a devenit cunoscută începând cu secolul al XIII-lea sub numele de regatul de Arles – numele de Burgundia fiind din ce în ce mai mult rezervat comitatului Burgundiei (Burgundia Cisjurană) și ducatului de Burgundia.
Ducele de Burgundia a fost acea parte a regnumului Burgundiae la vest de râul Saône; a fost recuperat de la Boso de către carolingienii francezi și a rămas o parte a regatului Franței. Richard, fratele lui Boso, conte de Autun, a organizat cea mai mare parte a teritoriului sub propria autoritate. Fiul său, Rudolph (Raoul), care i-a succedat în 921, a fost ales rege al Franței în 923. La moartea lui Rudolph, în 936, regele carolingian Ludovic al IV-lea și Hugh cel Mare, duce al francilor, au detașat Sens, Troyes și (temporar) Langres de Burgundia.
Ductul astfel format, deși mai mic decât predecesorul său din secolul al X-lea, a fost mai puternic și a rămas în familia Capețienilor până în 1361. În politica lor externă, ducii Capețieni au aderat cu loialitate la verii lor, regii Franței, iar în afacerile interne și-au extins domeniul și au impus supunere din partea vasalilor lor. Burgundia a ajuns să fie recunoscută ca fiind prima pereche a regatului francez.
Atât Ducatul de Burgundia cât și Burgundia Cisjuraneză (comitatul Burgundiei) au înflorit în această perioadă. Orașele au prosperat: Dijon a devenit un important oraș-piață. Pelerinii s-au adunat la Vézelay și Autun, unde în 1146 a fost construită o biserică magnifică în jurul mormântului Sfântului Lazare. Mănăstirile burgunde erau renumite: Cluny (fondată în 910) a devenit centrul unui ordin de călugări care se întindea din Anglia până în Spania, iar în 1098 a fost fondată mănăstirea Cîteaux și, odată cu ea, un nou ordin religios, cel al cistercienilor.
O reunificare a celor două Burgunzii a fost efectuată în 1335 și s-a încheiat în 1361. Regele Franței, Ioan al II-lea (cel Bun), a reunit ducatul cu domeniul coroanei, în timp ce Burgundia Cisjuraneză, sau Franche-Comté, a revenit contelui independent de Flandra. O nouă perioadă a istoriei ducale burgunde a început sub Ioan al II-lea, care, în 1363, a dat ducatul fiului său Filip, care a devenit Filip al II-lea, cunoscut sub numele de „cel Îndrăzneț”. În 1369, Filip s-a căsătorit cu moștenitoarea comitatului, Margareta de Flandra. În 1384, când socrul său a murit, Filip a moștenit Nevers, Rethel, Artois și Flandra, precum și Franche-Comté. Cele două Burgunzii formau partea sudică a unui stat, ale cărui posesiuni nordice se întindeau asupra Țărilor de Jos, a văii Meusei și a Ardenilor. În nord, expansiunea avea să continue (Hainaut, 1428; Brabant, 1430; Luxemburg, 1443), dar sudul, de care Nevers a fost din nou desprins în 1404, a devenit din ce în ce mai puțin important. Cu toate acestea, Filip al II-lea, care locuia în Burgundia, a cumpărat teritoriul sudic al Charolaisului în 1390.
Ioan cel Neînfricat i-a succedat lui Filip al II-lea în 1404 și s-a dedicat luptei cu rivalul său Ludovic, duce de Orleans, și cu susținătorii lui Ludovic, sub conducerea contelui de Armagnac, care a devastat granițele sudice ale Burgundiei între 1412 și 1435. Ioan a fost asasinat în 1419, iar fiul său Filip al III-lea (cel Bun) a continuat lupta împotriva Armagnacilor și și-a aruncat sprijinul asupra englezilor în timpul Războiului de 100 de ani. Tratatul de la Arras (1435), care a stabilit pacea între Burgundia și Carol al VII-lea al Franței, a sporit foarte mult domeniul burgundiei. Chiar și așa, bandele de mercenari și-au continuat prădăciunile în Burgundia până în 1445, după care ducatul s-a bucurat de pace până la moartea lui Filip al III-lea în 1467.
Următorul duce, Carol cel Îndrăzneț, a fost în mod constant în conflict cu regele francez Ludovic al XI-lea. Scopul lui Carol era de a unifica secțiunile de nord și de sud ale regatului prin anexarea Loarei și a cerut de la Sfântul Împărat Roman titlul de rege al Burgundiei. Carol a fost zădărnicit în aceste eforturi de eforturile persistente ale lui Ludovic al XI-lea, care a desfășurat mai multe campanii împotriva sa și a supus Burgundia unei blocade economice.
Cele două Burgundii au suferit de pe urma ravagiilor făcute de Moartea Neagră în 1348 și de pe urma bandelor de mercenari din Războiul de o sută de ani. Populația a scăzut simțitor, iar acest lucru a pus o presiune puternică asupra producției în secolul al XV-lea. Comerțul profitabil cu cereale, vinuri și lână prelucrată a fost amenințat, iar târgurile și-au pierdut din importanță. Dar, în ansamblu, cele două Burgundii par să se fi bucurat de mai multă siguranță decât o mare parte a Europei în secolele al XIV-lea și al XV-lea.
După moartea lui Carol cel Îndrăzneț în 1477, moștenitoarea sa, Maria de Burgundia, s-a căsătorit cu arhiducele austriac Maximilian de Habsburg (mai târziu împărat al Sfântului Imperiu Roman), dezamăgind astfel speranțele francezilor că se va căsători cu fiul lui Ludovic al XI-lea, Carol, viitorul Carol al VIII-lea al Franței. Cu toate acestea, Tratatul de la Arras (1482) i-a cedat Franche-Comté lui Carol la logodna acestuia cu fiica Mariei, Margareta de Austria. Când a rupt această logodnă, a trebuit să cedeze Franche-Comté Austriei prin Tratatul de la Senlis din 1493.
Pentru următorii 185 de ani, Franche-Comté a fost o posesiune a Habsburgilor. Prin Tratatul de la Saint-Jean-de-Losne (1522) cu Franța, neutralitatea comitatului a fost asigurată în timpul războaielor dintre Habsburgi și ultimii regi francezi din linia Valois. Prosperitatea sa durabilă, sporită de dezvoltarea industrială, poate fi judecată prin arhitectura renascentistă splendidă a orașelor sale. Cu toate acestea, tulburările civile au apărut odată cu Reforma, când bande de protestanți au intrat în comitatul majoritar romano-catolic din Germania și Elveția. Franche-Comté a trecut la Habsburgii spanioli prin împărțirea domeniilor împăratului Carol al V-lea în 1556. Sub Filip al II-lea al Spaniei a avut loc o reprimare în forță a protestanților, iar Henric al IV-lea al Franței, în războiul său cu Filip, a încălcat neutralitatea Franche-Comté. Între 1598 și 1635 s-a menținut pacea, dar teama francezilor de încercuirea Habsburgilor l-a determinat pe Ludovic al XIII-lea să încerce să anexeze comitatul. El a invadat și devastat zona anual din 1636 până în 1639, dar Pacea de la Westfalia (1648) a confirmat controlul habsburgic.
Cucerită în 1668 de Marele Condé în Războiul de devoluție, dar returnată Spaniei prin Pacea de la Aix-la-Chapelle (2 mai 1668), Franche-Comté a fost în cele din urmă cucerită pentru Franța de către Condé în ultimul dintre așa-numitele Războaie Olandeze, anexarea franceză fiind recunoscută prin Pacea de la Nijmegen din 1678. Ludovic al XIV-lea a mutat capitala noii provincii în fostul oraș imperial Besançon. În 1790, împreună cu restul Franței, Franche-Comté a fost împărțită în departamente separate-Jura, Doubs și Haute-Saône.
După moartea lui Carol cel Viteaz (1477), Ducatul de Burgundia a fost anexat de către coroana franceză. În timpul secolului al XVI-lea a fost devastat de Războaiele de Religie. Orașele au trebuit să fie fortificate, iar mercenarii cutreierau țara. Ducatul a fost devastat din nou în Războiul de Treizeci de Ani și, de asemenea, în timpul revoltei aristocratice cunoscute sub numele de Fronda (1648-53), condusă de Marele Condé. Abia după anexarea Franche-Comté de către Franța, în 1678, au fost restabilite pacea și securitatea. Din 1631 până în 1789, ducatul a fost guvernat de prinții de Condé. După Revoluția franceză, provincia Burgundia a dispărut, fiind împărțită în departamentele Côte-d’Or, Saône-et-Loire și Yonne. În 2016, regiunea Burgundia a fost fuzionată cu Franche-Comté ca parte a unui plan național de creștere a eficienței birocratice.
.