Bioinformatică și biologie computațională = același lucru? Nu.

Am petrecut primii 15 ani din viața mea profesională fără să vreau să recunosc o diferență între bioinformatică și biologie computațională. Nu pentru că nu credeam că nu există sau ar putea exista o diferență, ci pentru că am crezut că diferența nu era semnificativă. Mi-am schimbat poziția în această privință. Acum cred că sunt destul de diferite și că merită să le distingem. Pentru mine,

Biologia computațională = studiul biologiei folosind tehnici computaționale. Scopul este de a învăța o nouă biologie, cunoștințe despre sistemele vii. Este vorba de știință.

Bioinformatică = crearea de instrumente (algoritmi, baze de date) care rezolvă probleme. Scopul este de a crea instrumente utile care să lucreze cu date biologice. Este vorba despre inginerie.

Toate acestea au devenit importante pentru mine atunci când m-am alăturat în cele din urmă unui departament de bioinginerie și am fost nevoit să mă întreb dacă sunt un om de știință sau un inginer. Sunt amândouă, iar acum sunt împăcat.

Când construiesc o metodă (de obicei sub formă de software, și împreună cu personalul meu, cu studenții, cu postdoctoranzii – din păcate, nu o mai fac niciodată eu însumi), mă implic într-o activitate de inginerie: O proiectez pentru a avea anumite caracteristici de performanță, o construiesc folosind cele mai bune practici inginerești, validez faptul că funcționează așa cum am intenționat și o creez pentru a rezolva nu doar o singură problemă, ci o clasă de probleme similare care toate ar trebui să poată fi rezolvate cu ajutorul software-ului. Apoi scriu lucrări despre metodă, iar acestea sunt lucrări de inginerie. Aceasta este bioinformatică.

Când folosesc metoda mea (sau a altora) pentru a răspunde la o întrebare biologică, fac știință. Învăț o nouă biologie. Criteriile de succes au prea puțin de-a face cu instrumentele de calcul pe care le folosesc și se referă în primul rând la faptul dacă noua biologie este adevărată și a fost validată în mod corespunzător și la standardele de dovezi așteptate în rândul comunității biologice. Lucrările care rezultă raportează noi cunoștințe biologice și sunt lucrări științifice. Aceasta este biologia computațională.

Cum mă uit la lucrările mele publicate, am încercat întotdeauna să echilibrez publicațiile în reviste biologice/medicale și cele în reviste de inginerie/informatică. Este într-adevăr o chestiune estetică, nu există niciun motiv pentru care cineva ar trebui să se simtă obligat să facă acest lucru. Cu toate acestea, este util să știi când faci biologie și când faci altceva. Presupun că cineva poate contesta utilizarea de către mine a termenului „bioinformatică” ca disciplină inginerească. Este în regulă – sunt deschis la un termen diferit. Dar aș întreba de ce bioinformatica nu este bună. Cred că biologia computațională este mai solidă – „biologie” este clar substantivul și „computațional” este clar adjectivul.

.