Există puține informații certe disponibile despre primii conducători din Magadha. Cele mai importante surse sunt canonul budist Pāli, agamele jainiste și puranele hinduse. Pe baza acestor surse, se pare că Magadha a fost condusă de dinastia Haryanka timp de aproximativ 200 de ani, c. 543 – 413 î.Hr.
Gautama Buddha, fondatorul budismului, a trăit o mare parte din viața sa în regatul Magadha. El a atins iluminarea în Bodh Gaya, a ținut prima sa predică în Sarnath, iar primul consiliu budist a avut loc în Rajgriha.
Mahabharata hindusă îl numește pe Brihadratha primul conducător din Magadha. Regele Bimbisara din dinastia Haryanka a dus o politică activă și expansivă, cucerind Regatul Anga în ceea ce este astăzi Bengalul de Vest. Regele Bimbisara a fost ucis de fiul său, prințul Ajatashatru. Regele Pasenadi, rege al vecinului Kosala și cumnat al regelui Bimbisara, a reluat prompt darul provinciei Kashi.
Conturile diferă ușor în ceea ce privește cauza războiului regelui Ajatashatru cu Licchavi, o zonă situată la nord de râul Gange. Se pare că Ajatashatru a trimis un ministru în zonă care a lucrat timp de trei ani pentru a submina unitatea Licchavi. Pentru a-și lansa atacul peste râul Gange, Ajatashatru a construit un fort în orașul Pataliputra. Sfâșiat de neînțelegeri, Licchavis au luptat cu Ajatashatru. Ajatashatru a avut nevoie de cincisprezece ani pentru a-i învinge. Textele jainiste povestesc cum Ajatashatru a folosit două arme noi: o catapultă și un car acoperit cu macete oscilante care a fost comparat cu un tanc modern. Pataliputra a început să se dezvolte ca centru de comerț și a devenit capitala Magadha după moartea lui Ajatashatru.
Dinastia Haryanka a fost răsturnată de dinastia Shishunaga. Ultimul conducător Shishunaga, Kalasoka, a fost asasinat de Mahapadma Nanda în 345 î.Hr. primul dintre așa-numiții „Nouă Nanda”, adică Mahapadma și cei opt fii ai săi.
În 326 î.Hr. armata lui Alexandru s-a apropiat de granițele vestice ale Magadha. Armata, epuizată și speriată de perspectiva de a se confrunta cu o altă armată indiană uriașă la Gange, s-a răzvrătit la Hyphasis (râul Beas de astăzi) și a refuzat să mărșăluiască mai departe spre est. Alexandru, după întâlnirea cu ofițerul său Coenus, a fost convins că era mai bine să se întoarcă și s-a întors spre sud, cucerindu-și drumul pe Indus până la Ocean.
În jurul anului 321 î.Hr., Dinastia Nanda a luat sfârșit, iar Chandragupta Maurya a devenit primul rege al marii dinastii Mauryan și al Imperiului Mauryan cu ajutorul lui Chanakya. Imperiul s-a extins ulterior în cea mai mare parte a Asiei de Sud sub conducerea regelui Ashoka, care la început a fost cunoscut sub numele de „Ashoka cel Crud”, dar mai târziu a devenit un discipol al budismului și a devenit cunoscut sub numele de „Dharma Ashoka”. Ulterior, Imperiul Mauryan a luat sfârșit, la fel ca și imperiile Shunga și Khārabēḷa, pentru a fi înlocuit de Imperiul Gupta. Capitala Imperiului Gupta a rămas Pataliputra, în Magadha.
.