Bankansatte troede, at tyven var politibetjent, og accepterede hans historie om bomben, fordi der forinden var blevet sendt trusselsbreve til bankdirektøren. Røgen og flammerne viste sig at være resultatet af et advarselsblus, som han havde antændt, mens han befandt sig under bilen. På et tidspunkt forlod tyven bankens bil og flyttede metalkasserne over i en anden bil, som han havde stjålet i forvejen. Denne bil blev også forladt, og kasserne blev igen overført til en anden tidligere stjålet bil.
Der blev efterladt 120 beviser på gerningsstedet, herunder “politi”-motorcyklen, som var blevet malet hvid. Bevismaterialet var dog primært almindelige dagligdags genstande, der var spredt ud med vilje for at forvirre politiets efterforskning.
En 19-årig mand, søn af en politibetjent, blev mistænkt lige efter røveriet. Han døde af kaliumcyanidforgiftning den 15. december 1968. Han havde intet alibi. Pengene blev imidlertid ikke fundet på tidspunktet for hans død. Hans død blev anset for at være selvmord, og han blev ifølge de officielle optegnelser betragtet som ikke skyldig.
Der blev iværksat en massiv politiefterforskning, hvor 780.000 montagebilleder blev offentliggjort i hele Japan. Listen over mistænkte omfattede 110.000 navne, og 170.000 politifolk deltog i efterforskningen – den største efterforskning i Japans historie.
Den 12. december 1969 blev en 26-årig mand mistænkt af Mainichi Shimbun. Han blev anholdt på grund af en uvedkommende anklage, men han havde et alibi; røveriet fandt sted den dag, hvor han skulle til eksamen med en proktor. Da anholdelsen blev foretaget på grundlag af falske forudsætninger, blev den anholdende politibetjent, Mitsuo Muto, anklaget for magtmisbrug.
En ven af den 19-årige mistænkte blev anholdt på grund af en ikke-relateret anklage den 15. november 1975, lige før forældelsesfristen udløb. Han havde et stort pengebeløb og blev mistænkt for røveriet. Han var 18 år gammel, da røveriet fandt sted. Politiet bad ham om en forklaring på det store pengebeløb, men han sagde ikke noget, og de var ikke i stand til at bevise, at hans penge stammede fra røveriet.