Alexis
O reinado do filho de Michael Alexis (Aleksey Mikhaylovich), que gerações posteriores consideraram o próprio modelo de um czar benevolente e gentil, começou mal. Como seu pai, Alexis veio ao trono como um mero menino. Imediatamente o boyar que controlava o governo, Boris Ivanovich Morozov, embarcou em políticas que levaram o governo à beira do desastre. Morozov cortou os salários do governo; ele também introduziu um imposto sobre o sal e um monopólio estatal do tabaco, o primeiro causando dificuldades e descontentamento generalizados e o segundo trazendo a condenação da igreja. Ao mesmo tempo, ele alienou grupos de boyar próximos ao trono por sua interferência no casamento de sua ala.
Cortesia do Museu Histórico do Estado, Moscou
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As ações de Morozov exacerbaram uma situação já perigosa no país. As populações da cidade e a gentileza de serviço em particular eram fortemente sobrecarregadas por impostos e outras obrigações e estavam cada vez mais zangadas com a crescente riqueza e poder da elite governante. Durante um motim em Moscou, em maio de 1648, uma multidão cercou o czar de 19 anos e exigiu a execução de Morozov e dos principais oficiais. Alguns destes últimos foram atirados à máfia, e um breve exílio protector foi arranjado para Morozov. Os inimigos de Morozov, que podem ter sido cúmplices do motim, assumiram o controle dos assuntos e levaram a cabo uma série de reformas. O imposto sobre o sal e o monopólio do tabaco foram abolidos, e foi criada uma comissão para a elaboração de um novo código de lei. As desordens graves continuaram nas cidades do norte, particularmente em Pskov e Novgorod, onde a força foi necessária para reimpor a autoridade.
Em Novgorod o principal ator no interesse do governo era o nikon metropolitano, um monge enérgico e autoritário que tinha feito amigos influentes em Moscou enquanto arquimandrita na igreja da família Romanov e continuou assiduamente a cultivar o czar e seus parentes enquanto estava em Novgorod. Em 1652 as suas solicitações valeram-lhe o patriarcado. A tradição diz que Nikon, antes de aceitar o cargo, exigiu do czar uma declaração de plena obediência em assuntos religiosos e morais. Nos primeiros anos do mandato de Nikon, suas relações com Alexis e o tribunal foram boas. O patriarca, com apoio oficial, realizou uma série de reformas litúrgicas e organizacionais, cercando-se de uma impressionante burocracia modelada no aparato estatal. As relações com o czar tornaram-se tensas em 1658, no entanto, e, depois de ter sido publicamente rejeitado por Alexis, Nikon anunciou que estava a abandonar o patriarcado. Mais tarde ele sustentou que tinha simplesmente entrado em reclusão temporária, mas o seu poder e influência efectivos estavam no fim.
O principal acontecimento do reinado de Alexis foi a anexação da Ucrânia oriental. O seu governo tinha continuado a política anterior de evitar confusões no Ocidente enquanto se expandia para Leste, mas não conseguiu resistir à oportunidade oferecida em 1654 quando Bohdan Khmelnytsky, o líder de uma revolução cossaca contra o domínio polaco na Ucrânia, apelou a Moscovo pela ajuda que não tinha conseguido obter da Suécia e dos turcos. Moscovo aceitou a sua lealdade em troca de assistência militar e envolveu-se assim numa luta prolongada com a Polónia e a Suécia pelos territórios ucraniano, bielorrusso e báltico. No início a guerra correu bem, mas os diferentes objectivos dos aliados ucranianos e moscovitas logo se revelaram. Quando Carlos X da Suécia entrou na luta contra a Polónia, Alexis fez a paz, em 1656; ele temia tanto uma Suécia forte como uma Polónia forte. As forças moscovitas mergulharam em guerra com a Suécia pelos territórios estonianos, livonianos e carelianos ao longo da costa báltica. A situação na Ucrânia tornou-se cada vez mais confusa e perigosa para Moscou, e foi necessário terminar a guerra com a Suécia em 1661, mesmo ao custo de ceder, mais uma vez, a costa báltica.
Na Ucrânia a guerra assumiu um novo aspecto quando, em 1664, Peter Doroshenko, um novo líder, se colocou sob a proteção dos otomanos. Os turcos juntaram-se a uma série de grandes operações militares, alarmando tanto a Polônia quanto Moscou o suficiente para levá-los a uma trégua em Andrusovo (1667). A Polónia reconheceu o controlo de Moscovo sobre a Ucrânia oriental e Kiev, enquanto Moscovo cedeu a parte da Ucrânia a oeste do Dnieper e a maior parte da Bielorússia.
A paz não melhorou muito a posição do governo, pois no mesmo ano teve início um movimento ameaçador entre os Don Cossacos e camponeses da região do Volga, liderado por Stenka Razin, e uma batalha política dentro dos círculos internos da corte, causada pela morte da esposa de Alexis. Após dois anos, Alexis foi casado com Nataliya Naryshkina. Em 1676, porém, o próprio Alexis morreu e Fyodor, um filho doente de sua primeira esposa, Mariya Miloslavskaya, sucedeu-lhe. Começou uma luta entre as famílias rivais Naryshkin e Miloslavsky. Os Naryshkins foram exilados, e os Miloslavskys, com os seus clientes e apoiantes, assumiram o controlo. Em 1682, porém, Fyodor morreu, e a facção Naryshkin procurou colocar seu meio-irmão Peter no trono, em vez do irmão pleno de Fyodor, o enfermo Ivan. O corpo de elite de Streltsy (uma casta militar hereditária) revoltou-se e estabeleceu a irmã mais velha de Ivan, Sophia, como regente. Para a adesão e reinado de Pedro o Grande, veja abaixo O reinado de Pedro I (o Grande; 1689-1725).