Esta subsecção da secção Função especifica a posição e o tipo de cada domínio de ligação de ADN presente dentro da proteína.
Anotamos domínios de ligação de ADN definidos experimentalmente e domínios de ligação de ADN conservados definidos pelos recursos InterPro PROSITE, Pfam e SMART; exemplos incluem o domínio AP2/ERF, o domínio ETS, o domínio Fork-Head, a caixa HMG e o domínio Myb.
Domínios de ligação de ADN previstos
Exemplos: P10103, P46200, Q9SGJ6, P14921, P55317, P30658
Tipos especiais de domínio vinculante de DNA
a. bHLH e proteínas bZIP
No caso dos domínios básicos de hélice – hélice (bHLH) e de leuco-zíper (bZIP), descrevemos os motivos do HLH terminal C e do zíper leucino separadamente na subsecção Domínio da secção ‘Família e Domínios’. A região N-terminal básica desses domínios é descrita na subseção ‘DNA-binding’.
Para as proteínas bHLH, a região básica é geralmente seguida diretamente pelo domínio HLH na seqüência.
Exemplo: P35869
Em proteínas bZIP, a região básica é seguida pelo domínio leuco-zíper, caracterizado por um motivo LXXXXXXL, e começa com o primeiro Leu/Ile e pára com os últimos resíduos Leu/Ile.
Exemplos: P18289, P15407
b. Proteínas Homeobox
Proteínas Homeobox constituem uma grande família que contém vários subtipos. Quando uma homeobox pertence a um subtipo, ela é indicada no campo ‘Descrição’ após ‘Homeobox’ precedido por um ponto-e-vírgula.
Exemplos: Q9H2P0, O81788, Q90655, P20823
Quando uma homeobox em particular está incompleta ou difere significativamente do consenso, ela pode ser anotada como ‘parcial’ ou ‘atípica’.
Exemplos: Q6WRX8, Q8MJD5
Dados domínios de DNA vinculantes determinados experimentalmente
Quando um domínio vinculante de DNA foi identificado experimentalmente mas não corresponde a um domínio modelado por um recurso InterPro, então o simples fato da existência do domínio é indicado mas nenhuma descrição em particular é fornecida.
Exemplo: P13574
Tantos domínios são transferidos para espécies próximas usando o qualificador ‘Por semelhança’.
Exemplo: Q08400
Related keywords:
DNA-binding
Homeobox
See also:
Domain
Motif
Region
Repeat
Zinc finger