Islam é a religião mais comum no Sudão, e os muçulmanos dominam as instituições governamentais nacionais desde a independência em 1956. De acordo com o PNUD Sudan, a população muçulmana é de 97%, incluindo numerosos grupos árabes e não árabes. Os 3% restantes atribuem tanto ao cristianismo como às religiões animistas tradicionais. Os muçulmanos predominam em todas as regiões, excepto na região das Montanhas Nuba. A grande maioria dos muçulmanos no Sudão adere à escola de jurisprudência Sunni Islam of Maliki, profundamente influenciada pelo Sufismo. Há também algumas comunidades xiitas em Khartoum, a capital. As divisões mais significativas ocorrem ao longo das linhas das irmandades sufistas. Duas irmandades populares, a Ansar e a Khatmia, estão associadas com os partidos oposicionistas Umma e Democrático Sindicalista, respectivamente. Apenas a região de Darfur é tradicionalmente carente da presença das irmandades sufistas encontradas no resto do país.
Shari’a lei foi instalada por vários regimes militares, e sua aplicação aos não-muçulmanos na capital foi uma questão controversa durante as negociações, mas ela e as outras grandes questões subjacentes ao conflito norte-sul foram em grande parte resolvidas nos acordos. A Shari’a deve continuar a ser a base do sistema jurídico nacional tal como se aplica no norte; a legislação nacional aplicável ao sul deve basear-se no “consenso popular, nos valores e nos costumes do povo”. Em estados ou regiões onde a maioria tem crenças religiosas ou costumeiras diferentes daquelas nas quais o sistema legal está baseado, as leis nacionais podem ser emendadas para se adequarem melhor a tais crenças. Em todo o país, a aplicação da Shari’a aos não-muçulmanos deve ser limitada, e os tribunais não podem exercer sua discrição para impor as formas físicas mais severas da Shari’a penalidades aos não-muçulmanos. O Sudão teve três governos democráticos desde 1956, todos abolindo a Shari’a.
Em Setembro de 2020, o Sudão tornou-se constitucionalmente um estado laico depois do governo de transição do Sudão ter concordado em separar a religião do estado, pondo fim a 30 anos de domínio islâmico e ao Islão como religião oficial do estado na nação norte-africana. Esta nova legislação também pôs fim à antiga lei da apostasia e à flagelação pública.