Existe pouca informação certa disponível sobre os primeiros governantes da Magadha. As fontes mais importantes são o budista Pāli Canon, o Jain Agamas e os Puranas hindus. Com base nestas fontes, parece que Magadha foi governado pela dinastia Haryanka por cerca de 200 anos, c. 543 a 413 a.C..
Gautama Buda, o fundador do Budismo, viveu grande parte de sua vida no reino de Magadha. Ele alcançou a iluminação em Bodh Gaya, deu seu primeiro sermão em Sarnath e o primeiro conselho budista foi realizado em Rajgriha.
O Mahabharata Hindu chama Brihadratha de o primeiro governante de Magadha. O rei Bimbisara da dinastia Haryanka liderou uma política ativa e expansiva, conquistando o Reino de Anga no que agora é Bengala Ocidental. O rei Bimbisara foi morto pelo seu filho, o príncipe Ajatashatru. O rei Pasenadi, rei do vizinho Kosala e cunhado do rei Bimbisara, retomou imediatamente o dom da província de Kashi.
As contas diferem ligeiramente quanto à causa da guerra do rei Ajatashatru com o Licchavi, uma área ao norte do rio Ganges. Parece que Ajatashatru enviou um ministro à área que trabalhou durante três anos para minar a unidade dos Licchavis. Para lançar o seu ataque através do rio Ganges, Ajatashatru construiu um forte na cidade de Pataliputra. Rasgado por desacordos, os Licchavis lutaram com Ajatashatru. Levou quinze anos para que Ajatashatru os derrotasse. Textos de Jain contam como Ajatashatru usou duas novas armas: uma catapulta, e uma carruagem coberta com maça oscilante que foi comparada a um tanque moderno. Pataliputra começou a crescer como um centro de comércio e tornou-se a capital de Magadha após a morte de Ajatashatru.
A dinastia Haryanka foi derrubada pela dinastia Shishunaga. O último governante Shishunaga, Kalasoka, foi assassinado por Mahapadma Nanda em 345 a.C., o primeiro dos chamados “Nove Nandas”, ou seja, Mahapadma e seus oito filhos.
Em 326 a.C., o exército de Alexandre aproximou-se dos limites ocidentais de Magadha. O exército, exausto e assustado com a perspectiva de enfrentar outro gigantesco exército indiano no Ganges, amotinou-se no Hyphasis (o rio Beas moderno) e recusou-se a marchar mais para leste. Alexandre, após o encontro com seu oficial Coenus, ficou convencido de que era melhor voltar e virar para o sul, conquistando seu caminho pelo Indo até o Oceano.
Terra 321 a.C., a Dinastia Nanda terminou e Chandragupta Maurya tornou-se o primeiro rei da grande dinastia Mauryan e do Império Mauryan com a ajuda de Chanakya. Mais tarde, o Império estendeu-se pela maior parte do Sul da Ásia sob o Rei Ashoka, que inicialmente era conhecido como ‘Ashoka, o Cruel’, mas mais tarde tornou-se discípulo do Budismo e ficou conhecido como ‘Ashoka Dharma’. Mais tarde, o Império Mauryan terminou, assim como os impérios Shunga e Khārabēḷa, para ser substituído pelo Império Gupta. A capital do Império Gupta permaneceu Pataliputra em Magadha.