Ta podsekcja sekcji Funkcja określa pozycję i typ każdej domeny wiążącej DNA obecnej w białku.
Opisujemy doświadczalnie zdefiniowane domeny wiążące DNA i konserwatywne domeny wiążące DNA zdefiniowane przez zasoby InterPro PROSITE, Pfam i SMART; przykłady obejmują domenę AP2/ERF, domenę ETS, domenę Fork-Head, HMG box i domenę Myb.
Przewidywane domeny wiążące DNA
Przykłady: P10103, P46200, Q9SGJ6, P14921, P55317, P30658
Specjalne typy domen wiążących DNA
a. Białka bHLH i bZIP
W przypadku domen basic helix-loop-helix (bHLH) i basic leucine-zipper (bZIP), opisujemy C-terminalne motywy HLH i leucynowego suwaka osobno w podsekcji Domeny w sekcji „Rodzina i domeny”. N-końcowy region podstawowy tych domen jest opisany w podsekcji 'DNA-binding’.
W przypadku białek bHLH, region podstawowy jest zwykle bezpośrednio poprzedzony domeną HLH w sekwencji.
Przykład: P35869
W białkach bZIP, po regionie podstawowym następuje domena leucynowo-zipperowa, charakteryzująca się motywem LXXXXXXL, i zaczyna się od pierwszej reszty Leu/Ile, a kończy na ostatniej reszcie Leu/Ile.
Przykłady: P18289, P15407
b. Białka homeobox
Białka homeobox stanowią dużą rodzinę, która zawiera kilka podtypów. Gdy homeobox należy do podtypu, jest to wskazane w polu „Opis” po „Homeobox” poprzedzonym średnikiem.
Przykłady: Q9H2P0, O81788, Q90655, P20823
Gdy dany homeobox jest niekompletny lub znacząco różni się od konsensusu może być adnotowany jako „częściowy” lub „atypowy”.
Przykłady: Q6WRX8, Q8MJD5
Domeny wiążące DNA określone doświadczalnie
Gdy domena wiążąca DNA została zidentyfikowana doświadczalnie, ale nie odpowiada domenie modelowanej przez zasób InterPro, wówczas wskazuje się prosty fakt istnienia domeny, ale nie podaje się jej szczegółowego opisu.
Przykład: P13574
Domeny takie są przenoszone do bliskich gatunków przy użyciu kwalifikatora „By similarity”.
Przykład: Q08400
Related keywords:
DNA-binding
Homeobox
See also:
Domain
Motif
Region
Repeat
Zinc finger