Tomás Luis de Victoria był siódmym dzieckiem z 11 urodzonych w Ávila Francisco Luisa de Victoria i Francisca Suárez de la Concha. Śmierć jego ojca w 1557 roku pozostawiła rodzinę pod opieką wuja, który był księdzem. Victoria spędziła kilka lat jako chórzystka w katedrze w Ávila.
W 1565 (lub 1563) Victoria wstąpiła do Kolegium Niemieckiego w Rzymie. Była to szkoła jezuicka hojnie wspierana przez Filipa II i Otto von Truchsess von Waldburg, kardynała arcybiskupa Augsburga. W latach 1569-1574 Wiktoria służyła jako organistka w aragońskim kościele S. Maria di Monserrato w Rzymie. W 1571 r. został zatrudniony w Kolegium Niemieckim, gdzie uczył młodych chłopców muzyki. Święcenia przyjął 28 sierpnia 1575 roku. Od tego roku do 1577 r. kierował chórem Kolegium Niemieckiego śpiewającym w kościele S. Apollinare w Rzymie; od 1578 do 1585 r. był kapelmistrzem w S. Girolamo della Carità, kościele nowo założonych Oratorianów w Rzymie.
Wiktoria powróciła do Hiszpanii w 1587 r. i do 1603 r. pełniła funkcję kapelmistrza w klasztorze Descalzas Reales w Madrycie, gdzie mieszkała siostra Filipa II, cesarzowa Maria Dowager i jej córka, księżniczka Małgorzata. Od 1604 r. do śmierci 27 sierpnia 1611 r. był również organistą w tym klasztorze.
W 1572 r. Wiktoria zadedykowała swoją pierwszą i do dziś najbardziej znaną publikację kardynałowi Truchsessowi, wielkiemu koneserowi muzyki kościelnej. 33 motecta na cztery do ośmiu głosów w tym zbiorze zawierają zmysłowe Vere languores i O vos omnes, które do dziś stanowią podstawę reputacji Victorii wśród szerokiej publiczności, która nie zna jego Magnificatów, hymnów, sekwencji, psalmów, antyfon i 20 Mszy – pięć z nich ukazało się w 1576 roku, cztery kolejne w 1583 roku, siedem w 1592 roku, a pozostałe w 1600 i 1605 roku.
W motetach z 1572 roku Wiktoria ściśle naśladowała technikę detali Giovanniego Pierluigiego da Palestriny, wykazując się mistrzowskim opanowaniem palestrinowskiego traktowania dysonansów. Osobisty kontakt z Palestriną, a być może nawet lekcje, prawdopodobnie wyjaśniają przyswojenie przez Wiktorię tej techniki. W latach 1566-1571 Palestrina pełnił funkcję kapelmistrza w Kolegium Rzymskim przy Kolegium Niemieckim. To co odróżnia osobistą manierę Victorii w 1572 roku od maniery Palestriny, to częste odwoływanie się młodszego kompozytora do drukowanych akcydensów, jego zamiłowanie do tego, co obecnie można by nazwać melodycznym ruchem mollowym (ostre wznoszą się, naturalne opadają), oraz antycypacja XIX-wiecznej harmonii funkcyjnej.
Przez całą swoją karierę, nawet podczas pisania Missa Quarti toni (1592), Victorii zawsze udawało się brzmieć jak kompozytor „dur-moll”, a nie prawdziwie „modalny”. Quarti toni oznaczało dla niego kadencję a-moll na dominancie. W 1600 roku opublikował Missae, Magnificat, motecta, psalmi, & alia, które składa się w dużej mierze z muzyki F-dur z akompaniamentem organów. Co prawda w Officium defunctorum, wydanym w 1605 r. jako hołd dla swej patronki, cesarzowej Marii, powrócił do tonacji molowych bez akompaniamentu, ale była to muzyka żałobna. W żadnej z publikacji Palestriny nie podał on akompaniamentu organowego. Wiktoria tak – nawet opublikowała partie organowe w 1592 i 1600 roku.
Miscellanea Wiktorii z 1600 roku zawiera Missa pro Victoria wzorowaną na słynnej chanson bitewnej Clémenta Janequina. Filip III polubił tę żywiołową, dziewięciogłosową mszę opartą na świeckim modelu bardziej niż jakiekolwiek inne dzieło Wiktorii, ale jest ona sprzeczna z każdą cechą, która utożsamia Wiktorię z jego współczesną publicznością. Dowodzi ona jednak przynajmniej, że był on bardziej wszechstronny emocjonalnie i technicznie, niż przyznają to jego wielbiciele. Stronniczość Filipa III w stosunku do niej posłużyła jako chwyt marketingowy, kiedy Wiktoria szukała funduszy z jej publikacji, aby wykupić z więzienia swojego najmłodszego brata.