Aleksy
Panowanie syna Michała, Aleksego (Aleksego Michajłowicza), którego późniejsze pokolenia uznały za wzór dobrotliwego i łagodnego cara, zaczęło się źle. Podobnie jak ojciec, Aleksy wstąpił na tron jako zwykły chłopiec. Natychmiast bojar, który kontrolował rząd, Borys Iwanowicz Morozow, rozpoczął politykę, która doprowadziła rząd na skraj katastrofy. Morozow obniżył pensje rządowe, wprowadził podatek od soli i państwowy monopol na tytoń, co spowodowało powszechne trudności i niezadowolenie, a to drugie przyniosło potępienie ze strony Kościoła. Jednocześnie zraził do siebie bliskie tronowi grupy bojarów swoją ingerencją w małżeństwo swojej podopiecznej.
Dzięki uprzejmości Państwowego Muzeum Historycznego, Moskwa
Działania Morozowa zaostrzyły i tak już niebezpieczną sytuację w kraju. Ludność miejska, a w szczególności szlachta służebna, była poważnie obciążona podatkami i innymi zobowiązaniami i coraz bardziej zdenerwowana rosnącym bogactwem i władzą kliki rządzącej. Podczas zamieszek w Moskwie w maju 1648 r. tłum otoczył 19-letniego cara i zażądał egzekucji Morozowa oraz czołowych urzędników. Część z nich została rzucona tłumowi, a dla Morozowa zorganizowano krótkie zesłanie ochronne. Wrogowie bojarów Morozowa, którzy być może podżegali do zamieszek, przejęli kontrolę nad sytuacją i przeprowadzili szereg reform. Zniesiono podatek solny i monopol tytoniowy, powołano komisję do opracowania nowego kodeksu prawnego. Poważne zaburzenia utrzymywały się w miastach na północy, zwłaszcza w Pskowie i Nowogrodzie, gdzie do przywrócenia władzy potrzebna była siła.
W Nowogrodzie głównym aktorem w interesie rządu był metropolita Nikon, energiczny i autorytarny mnich, który zdobył wpływowych przyjaciół w Moskwie, gdy był archimandrytą w rodzinnej cerkwi Romanowów, a w Nowogrodzie nadal wytrwale zabiegał o względy cara i jego krewnych. W 1652 r. jego zabiegi przyniosły mu patriarchat. Tradycja głosi, że przed przyjęciem tego stanowiska Nikon zażądał od cara deklaracji pełnego posłuszeństwa w sprawach religijnych i moralnych. W pierwszych latach urzędowania Nikona jego stosunki z Aleksym i dworem układały się dobrze. Patriarcha, przy oficjalnym poparciu, przeprowadził szereg reform liturgicznych i organizacyjnych, otaczając się imponującą biurokracją wzorowaną na aparacie państwowym. W 1658 r. stosunki z carem stały się jednak napięte, a po publicznym zlekceważeniu przez Aleksego Nikon ogłosił, że rezygnuje z patriarchatu. Później utrzymywał, że po prostu udał się na tymczasowe odosobnienie, ale jego efektywna władza i wpływy dobiegły końca.
Głównym wydarzeniem za panowania Aleksego była aneksja wschodniej Ukrainy. Jego rząd kontynuował wcześniejszą politykę unikania uwikłań na Zachodzie, jednocześnie rozszerzając swoją działalność na wschód, ale nie mógł oprzeć się okazji, która nadarzyła się w 1654 r., gdy Bohdan Chmielnicki, przywódca rewolucji kozackiej przeciwko polskim rządom na Ukrainie, zwrócił się do Moskwy o pomoc, której nie mógł uzyskać od Szwecji i Turków. Moskwa przyjęła jego wierność w zamian za pomoc wojskową i w ten sposób zaangażowała się w długotrwałą walkę z Polską i Szwecją o terytoria ukraińskie, białoruskie i bałtyckie. Początkowo wojna przebiegała pomyślnie, ale wkrótce ujawniły się odmienne cele ukraińskich i moskiewskich sojuszników. Kiedy w 1656 r. do walki z Polską wkroczył Karol X, Aleksy zawarł pokój, obawiając się tak samo silnej Szwecji, jak i silnej Polski. Wojska moskiewskie rozpoczęły wojnę ze Szwecją o terytoria estońskie, inflanckie i karelskie wzdłuż wybrzeża Bałtyku. Sytuacja na Ukrainie stawała się coraz bardziej zagmatwana i niebezpieczna dla Moskwy, konieczne było zakończenie wojny ze Szwecją w 1661 r., nawet za cenę ponownego oddania wybrzeża Bałtyku.
Na Ukrainie wojna nabrała nowego wymiaru, gdy w 1664 r. Piotr Doroszenko, nowy przywódca, oddał się pod protekcję Osmanów. Turcy przyłączyli się do kilku dużych operacji wojskowych, alarmując zarówno Polskę, jak i Moskwę na tyle, by doprowadzić do rozejmu w Andruszowie (1667). Polska uznała kontrolę Moskwy nad wschodnią Ukrainą i Kijowem, a Moskwa oddała część Ukrainy na zachód od Dniepru i większość Białorusi.
Pokój nie poprawił znacząco pozycji rządu, gdyż w tym samym roku rozpoczął się groźny ruch wśród Kozaków dońskich i chłopów nadwołżańskich, kierowany przez Stenkę Razina, oraz walka polityczna w wewnętrznych kręgach dworu, spowodowana śmiercią żony Aleksego. Po dwóch latach Aleksy ożenił się z Nataliją Naryszkiną. W 1676 r. zmarł sam Aleksy, a jego następcą został Fiodor, chorowity syn jego pierwszej żony, Marii Miłosławskiej. Rozpoczęła się walka między rywalizującymi ze sobą rodami Naryszkinów i Miłosławskich. Naryszkiny zostały wygnane, a władzę przejęli Miłosławscy z ich klientami i zwolennikami. W 1682 roku Fiodor zmarł, a frakcja Naryszkinów próbowała osadzić na tronie jego przyrodniego brata Piotra zamiast pełnoprawnego brata Fiodora, chorego Iwana. Elitarny korpus strelców (dziedziczna kasta wojskowa) zbuntował się i ustanowił regentką starszą siostrę Iwana, Zofię. O przystąpieniu i panowaniu Piotra Wielkiego, patrz poniżej Panowanie Piotra I (Wielkiego; 1689-1725).