Islam jest najbardziej rozpowszechnioną religią w Sudanie, a muzułmanie zdominowali krajowe instytucje rządowe od uzyskania niepodległości w 1956 roku. Według UNDP Sudan, ludność muzułmańska stanowi 97%, w tym liczne grupy arabskie i niearabskie. Pozostałe 3% wyznaje chrześcijaństwo lub tradycyjne religie animistyczne. Muzułmanie dominują we wszystkich regionach oprócz Gór Nuba. Zdecydowana większość muzułmanów w Sudanie wyznaje islam sunnicki szkoły Maliki, pozostający pod silnym wpływem sufizmu. W stolicy kraju, Chartumie, istnieją również wspólnoty szyickie. Najbardziej znaczące podziały występują wzdłuż linii bractw sufickich. Dwa popularne bractwa, Ansar i Khatmia, związane są odpowiednio z opozycyjną Ummą i Partią Demokratycznych Unionistów. Jedynie region Darfuru tradycyjnie pozbawiony jest obecności bractw sufickich występujących w pozostałej części kraju.
Prawo szari’a było instalowane przez różne reżimy wojskowe, a jego stosowanie wobec niemuzułmanów w stolicy było kwestią sporną podczas negocjacji, ale to i inne główne kwestie leżące u podstaw konfliktu północ-południe zostały w dużej mierze rozwiązane w porozumieniach. Szari’a ma nadal stanowić podstawę krajowego systemu prawnego, tak jak ma on zastosowanie na północy; krajowe ustawodawstwo mające zastosowanie na południu ma być oparte na „powszechnej zgodzie, wartościach i zwyczajach ludu”. W stanach lub regionach, w których większość posiada inne przekonania religijne lub zwyczajowe niż te, na których opiera się system prawny, prawo krajowe może zostać zmienione tak, aby lepiej odpowiadało tym przekonaniom. W całym kraju stosowanie szari’a wobec niemuzułmanów ma być ograniczone, a sądy nie mogą korzystać z prawa do nakładania na niemuzułmanów surowszych fizycznych form kar szari’a. Sudan miał trzy demokratyczne rządy od 1956 roku, z których wszystkie zniosły prawo Shari’a.
We wrześniu 2020 roku Sudan konstytucyjnie stał się państwem świeckim po tym, jak rząd tymczasowy Sudanu zgodził się oddzielić religię od państwa, kończąc 30 lat rządów islamskich i islamu jako oficjalnej religii państwowej w tym północnoafrykańskim kraju. To nowe ustawodawstwo zakończyło również dawne prawo o apostazji i publiczną chłostę.
.