Privacy & Cookies
Ta strona używa plików cookie. Kontynuując, wyrażasz zgodę na ich użycie. Dowiedz się więcej, w tym jak kontrolować pliki cookie.
Spędziłem pierwsze 15 lat mojego życia zawodowego, nie chcąc rozpoznać różnicy między bioinformatyką a biologią obliczeniową. Nie dlatego, że nie sądziłem, że jest lub może być różnica, ale dlatego, że myślałem, że różnica nie jest znacząca. Zmieniłem swoje stanowisko w tej sprawie. Teraz uważam, że są one całkiem różne i warte rozróżnienia. Dla mnie,
Biologia obliczeniowa = badanie biologii przy użyciu technik obliczeniowych. Celem jest poznanie nowej biologii, wiedzy o żywych systemach. Chodzi o naukę.
Bioinformatyka = tworzenie narzędzi (algorytmów, baz danych), które rozwiązują problemy. Celem jest zbudowanie użytecznych narzędzi, które pracują na danych biologicznych. To jest o inżynierii.
Wszystko to stało się dla mnie ważne, kiedy w końcu dołączyłem do działu bioinżynierii, i byłem zmuszony zadać sobie pytanie, czy jestem naukowcem czy inżynierem. Jestem jednym i drugim, a teraz mam spokój.
Gdy buduję metodę (zwykle jako oprogramowanie, z moimi pracownikami, studentami, post-docami – nigdy niestety nie robię tego już sam), angażuję się w działalność inżynierską: Projektuję ją tak, by miała pewne cechy wydajnościowe, buduję ją używając najlepszych praktyk inżynierskich, waliduję, czy działa tak, jak zamierzałem, i tworzę ją, by rozwiązać nie tylko pojedynczy problem, ale klasę podobnych problemów, które wszystkie powinny być rozwiązywalne za pomocą tego oprogramowania. Następnie piszę prace na temat tej metody, i są to prace inżynierskie. To jest bioinformatyka.
Gdy używam mojej metody (lub metod innych), by odpowiedzieć na pytanie biologiczne, uprawiam naukę. Uczę się nowej biologii. Kryteria sukcesu mają niewiele wspólnego z narzędziami obliczeniowymi, których używam, i dotyczą tego, czy nowa biologia jest prawdziwa i została odpowiednio zweryfikowana zgodnie ze standardami dowodów oczekiwanymi przez społeczność biologiczną. Powstałe w ten sposób prace opisują nową wiedzę biologiczną i są pracami naukowymi. To jest biologia obliczeniowa.
Jak patrzę na moją opublikowaną pracę, zawsze starałem się zrównoważyć publikacje w czasopismach biologicznych/medycznych i tych w czasopismach inżynierskich/informatycznych. To jest estetyka naprawdę, nie ma powodu, dla którego ktoś powinien czuć się zmuszony to zrobić. Jednak warto wiedzieć, kiedy uprawia się biologię, a kiedy coś innego. Przypuszczam, że ktoś może się kłócić z używaniem przeze mnie terminu „bioinformatyka” jako dyscypliny inżynierskiej. To dobrze – jestem otwarty na inne określenie. Ale chciałbym zapytać, dlaczego bioinformatyka nie jest dobra. Myślę, że biologia obliczeniowa jest bardziej solidna – „biologia” jest wyraźnie rzeczownikiem, a „obliczeniowa” jest wyraźnie przymiotnikiem.
.