Powiązania z Pakistanem
Mając dowody wskazujące na to, że ataki miały miejsce na terytorium Pakistanu, Indie 28 listopada 2008 r. zwróciły się o obecność gen. broni Ahmeda Shuja Pashy, dyrektora generalnego pakistańskiej agencji wywiadowczej, w czasie gdy toczyło się dochodzenie. Pakistan początkowo zgodził się na tę prośbę, ale później wycofał się z niej, proponując wysłanie do Indii przedstawiciela dyrektora generalnego zamiast samego Pashy. Bezpośredni wpływ ataków był odczuwalny dla trwającego procesu pokojowego między dwoma krajami. Pranab Mukherjee, indyjski minister spraw zagranicznych, zarzucając władzom pakistańskim bezczynność wobec elementów terrorystycznych, stwierdził: „Jeśli nie podejmą działań, to nie będzie to zwykły biznes”. Indie odwołały później tournee swojej drużyny krykieta po Pakistanie, które zostało zaplanowane na styczeń-luty 2009 r.
Próba wywarcia przez Indie presji na Pakistan, aby rozprawił się z terrorystami w swoich granicach, spotkała się z silnym poparciem społeczności międzynarodowej. Sekretarz stanu USA Condoleezza Rice i premier Wielkiej Brytanii Gordon Brown odwiedzili Indie i Pakistan po atakach w Bombaju. W ferworze działań dyplomatycznych, które zasadniczo postrzegane były jako ćwiczenia z „zapobiegania konfliktom”, urzędnicy amerykańscy i inni wzywali cywilny rząd Pakistanu do podjęcia działań przeciwko osobom podejrzanym o udział w atakach. Istniały obawy, że może dojść do eskalacji napięcia między dwoma sąsiadami dysponującymi bronią jądrową. Indie powstrzymały się jednak od zgromadzenia wojsk na granicy z Pakistanem, jak miało to miejsce po ataku na parlament indyjski 13 grudnia 2001 roku, który również został przeprowadzony przez pakistańskich bojowników. Zamiast tego Indie skupiły się na budowaniu międzynarodowego poparcia społecznego poprzez różne kanały dyplomatyczne i media. Indie zwróciły się do Rady Bezpieczeństwa ONZ o nałożenie sankcji na Jamaat-ud-Dawa, twierdząc, że grupa ta jest organizacją-przykrywką dla Lashkar-e-Taiba, która została zdelegalizowana przez Pakistan w 2002 roku. Przychylając się do prośby Indii, Rada Bezpieczeństwa nałożyła sankcje na Jamaat-ud-Dawa w dniu 11 grudnia 2008 r. i formalnie uznała grupę za organizację terrorystyczną.
Pakistan twierdził, że aresztował Zaki-ur-Rehmana Lakhviego, starszego przywódcę Lashkar-e-Taiba i podejrzanego o dokonanie zamachów w Bombaju, w dniu 8 grudnia 2008 r. Pakistańskie siły bezpieczeństwa przeprowadziły naloty na biura Jamaat-ud-Dawa w całym kraju. Akcja ta trwała jednak tylko kilka dni, po czym rozluźniono kordony bezpieczeństwa wokół biur Jamaat-ud-Dawa. Premier Pakistanu Yousaf Raza Gillani stwierdził, że działalność Jamaat-ud-Dawa nie powinna być blokowana, ponieważ „tysiące ludzi korzysta” z tego, co określił jako „działalność opiekuńczą” tej grupy. Pakistan utrzymywał ponadto, że Indie nie dostarczyły mu wystarczających dowodów przeciwko pewnej liczbie podejrzanych terrorystów i że jakiekolwiek działania przeciwko tym podejrzanym były możliwe dopiero po dostarczeniu takich dowodów „kanałami dyplomatycznymi, a nie przez media”. Pakistan odrzucił żądanie Indii dotyczące ekstradycji 20 osób w związku z ich domniemanym udziałem w kilku atakach terrorystycznych na terytorium Indii. Podczas swojego procesu w 2011 roku Headley złożył jednak szczegółowe zeznania na temat udziału zarówno Lashkar-e-Taiba, jak i pakistańskiej agencji wywiadowczej w atakach w Bombaju.
.