Tomás Luis de Victoria era il settimo figlio di 11 nati ad Ávila da Francisco Luis de Victoria e Francisca Suárez de la Concha. La morte del padre nel 1557 lasciò la famiglia alle cure di uno zio sacerdote. Victoria passò diversi anni come corista nella Cattedrale di Ávila.
Nel 1565 (o 1563) Victoria entrò nel Collegio Tedesco a Roma. Questa era una scuola gesuita generosamente sostenuta da Filippo II e da Otto von Truchsess von Waldburg, il cardinale arcivescovo di Augsburg. Victoria servì come organista nella chiesa aragonese di S. Maria di Monserrato a Roma dal 1569 al 1574. Nel 1571 il Collegio Tedesco lo assunse per insegnare musica ai ragazzi. Fu ordinato il 28 agosto 1575. Da quell’anno al 1577 diresse il coro del Collegio Tedesco cantando nella chiesa di S. Apollinare a Roma; dal 1578 al 1585 tenne una cappellania a S. Girolamo della Carità, la chiesa degli Oratoriani appena fondata a Roma.
Victoria tornò in Spagna nel 1587 e fino al 1603 servì come maestro di cappella del convento Descalzas Reales a Madrid, dove risiedeva la sorella di Filippo II, la vedova imperatrice Maria, e sua figlia, la principessa Margherita. Dal 1604 fino alla sua morte, avvenuta il 27 agosto 1611, fu anche l’organista del convento.
Nel 1572 Victoria dedicò la sua prima, e ancora più famosa, pubblicazione al cardinale Truchsess, un grande conoscitore di musica sacra. I 33 motecta che vanno da quattro a otto voci di questa raccolta includono i sensuali Vere languores e O vos omnes, che ancora oggi costituiscono il fondamento della reputazione di Victoria presso il vasto pubblico che non conosce i suoi Magnificat, inni, sequenze, salmi, antifone e 20 messe – cinque delle quali apparvero nel 1576, altre quattro nel 1583, sette nel 1592 e il resto nel 1600 e 1605.
Nei suoi mottetti del 1572 Victoria seguì da vicino la tecnica dei dettagli di Giovanni Pierluigi da Palestrina, dimostrando una padronanza magistrale del trattamento delle dissonanze di Palestrina. Il contatto personale con Palestrina e forse anche le lezioni spiegano probabilmente l’assorbimento della tecnica da parte di Victoria. Dal 1566 al 1571 Palestrina servì come maestro di cappella al Collegio Romano vicino al Collegio Tedesco. Ciò che distingue la maniera personale di Victoria nel 1572 da quella di Palestrina è il frequente ricorso del compositore più giovane agli accidenti stampati, la sua predilezione per quello che oggi sarebbe chiamato movimento melodico minore (diesis ascendenti, naturali discendenti), e l’anticipazione dell’armonia funzionale del XIX secolo.
Nel corso della sua carriera, anche quando scrive la Missa Quarti toni (1592), Victoria riesce sempre a suonare come un “maggiore-minore” piuttosto che un compositore veramente “modale”. Per lui Quarti toni significava A minore cadenzato sulla dominante. Nel 1600 pubblicò Missae, Magnificat, motecta, psalmi, & alia, che consiste in gran parte di musica in fa maggiore accompagnata dall’organo. È vero, tornò alle tonalità minori non accompagnate nell’Officium defunctorum, pubblicato nel 1605 come tributo alla sua patrona, la vedova imperatrice Maria, ma questa era musica funebre. In nessuna delle pubblicazioni di Palestrina egli specificò gli accompagnamenti per organo. Victoria lo fece, pubblicando anche parti per organo nel 1592 e nel 1600.
La miscellanea di Victoria del 1600 include una Missa pro Victoria modellata sulla famosa chanson da battaglia di Clément Janequin. Filippo III apprezzò questa esuberante messa a nove voci fondata su un modello secolare più di qualsiasi altra opera di Victoria, ma essa contravviene a tutte le qualità che rendono Victoria simpatico al suo pubblico moderno. Tuttavia, dimostra almeno che era più versatile emotivamente e tecnicamente di quanto i suoi ammiratori ammetteranno. La parzialità di Filippo III nei suoi confronti è servita come strategia di vendita quando Vittoria cercò fondi dalla sua pubblicazione per far uscire suo fratello minore di prigione.