L’islam è la religione più diffusa in Sudan, e i musulmani hanno dominato le istituzioni governative nazionali fin dall’indipendenza del 1956. Secondo l’UNDP Sudan, la popolazione musulmana è del 97%, compresi numerosi gruppi arabi e non arabi. Il restante 3% appartiene al cristianesimo o a religioni animiste tradizionali. I musulmani predominano in tutte le regioni, tranne quella dei Monti Nuba. La grande maggioranza dei musulmani in Sudan aderisce all’Islam sunnita della scuola di giurisprudenza Maliki, profondamente influenzata dal sufismo. Ci sono anche alcune comunità sciite a Khartoum, la capitale. Le divisioni più significative si verificano lungo le linee delle confraternite sufi. Due confraternite popolari, gli Ansar e i Khatmia, sono associati rispettivamente all’opposizione Umma e ai partiti unionisti democratici. Solo la regione del Darfur è tradizionalmente priva della presenza di confraternite sufi che si trovano nel resto del paese.
La legge della shari’a è stata installata da vari regimi militari, e la sua applicazione ai non musulmani nella capitale è stata una questione controversa durante i negoziati, ma essa e le altre grandi questioni alla base del conflitto nord-sud sono state ampiamente risolte negli accordi. La Shari’a deve continuare ad essere la base del sistema legale nazionale come si applica al nord; la legislazione nazionale applicabile al sud deve essere basata sul “consenso popolare, i valori e i costumi del popolo”. Negli stati o nelle regioni in cui la maggioranza ha credenze religiose o consuetudinarie diverse da quelle su cui si basa il sistema giuridico, le leggi nazionali possono essere modificate per accordarsi meglio con tali credenze. In tutto il paese, l’applicazione della Shari’a ai non musulmani deve essere limitata, e i tribunali non possono esercitare la loro discrezione per imporre le forme fisiche più dure delle sanzioni della Shari’a ai non musulmani. Il Sudan ha avuto tre governi democratici dal 1956, che hanno tutti abolito la legge della Shari’a.
Nel settembre 2020, il Sudan è diventato costituzionalmente uno stato laico dopo che il governo di transizione del Sudan ha accettato di separare la religione dallo stato, mettendo fine a 30 anni di dominio islamico e all’Islam come religione ufficiale di stato nella nazione nordafricana. Questa nuova legislazione ha anche messo fine alla precedente legge sull’apostasia e alla fustigazione pubblica.