Il plasmide da 2 micron di Saccharomyces cerevisiae è un elemento di DNA egoista multi-copia relativamente piccolo che risiede nel nucleo del lievito con un numero di copie di 40-60 per cella aploide. Il plasmide è in grado di persistere nelle popolazioni ospiti con una stabilità quasi simile al cromosoma con l’aiuto di un sistema di partizione e di un sistema di controllo del numero di copie. La prima parte di questo articolo descrive le proprietà del sistema di separazione che comprende due proteine codificate dal plasmide, Rep1 e Rep2, e un locus di separazione STB. L’evidenza attuale supporta un modello in cui il sistema Rep-STB accoppia la segregazione dei plasmidi alla segregazione dei cromosomi promuovendo l’associazione fisica delle molecole di plasmide con i cromosomi. Nella seconda parte, l’attenzione si concentra sul sistema di ricombinazione sito-specifica Flp ospitato dal plasmide, che svolge un ruolo critico nel mantenimento dello stato stazionario del numero di copie del plasmide. Il sistema Flp corregge qualsiasi diminuzione della popolazione plasmidica promuovendo l’amplificazione plasmidica attraverso un meccanismo di replicazione a cerchio rotolante indotto dalla ricombinazione. L’amplificazione appropriata del plasmide, senza un aumento incontrollato del numero di copie, è garantita dalla regolazione positiva e negativa dell’espressione del gene FLP da proteine codificate dal plasmide e dal controllo del livello/attività di Flp attraverso la modifica post-traslazionale di Flp da parte del sistema di sumoilazione cellulare. Il sistema Flp è stato utilizzato con successo per comprendere i meccanismi di ricombinazione sito-specifica e per apportare alterazioni genetiche dirette per affrontare problemi fondamentali in biologia e per realizzare obiettivi di bioingegneria. Viene discussa un’applicazione particolarmente interessante, e forse meno conosciuta e sottovalutata, di Flp nel rivelare topologie uniche di DNA necessarie per conferire competenza funzionale alle macchine DNA-proteine.