Bioinformatica e biologia computazionale = lo stesso? No.

Ho passato i primi 15 anni della mia vita professionale senza voler riconoscere una differenza tra bioinformatica e biologia computazionale. Non perché non pensassi che ci fosse o potesse esserci una differenza, ma perché pensavo che la differenza non fosse significativa. Ho cambiato la mia posizione su questo. Ora credo che siano abbastanza diversi e che valga la pena distinguerli. Per me,

Biologia computazionale = lo studio della biologia utilizzando tecniche computazionali. L’obiettivo è quello di imparare nuova biologia, la conoscenza dei sistemi viventi. Si tratta di scienza.

Bioinformatica = la creazione di strumenti (algoritmi, database) che risolvono problemi. L’obiettivo è quello di costruire strumenti utili che lavorano su dati biologici. Si tratta di ingegneria.

Tutto questo è diventato importante per me quando finalmente sono entrato in un dipartimento di bioingegneria, e sono stato costretto a chiedermi se ero uno scienziato o un ingegnere. Sono entrambi, e ora sono in pace.

Quando costruisco un metodo (di solito come software, e con i miei collaboratori, studenti, post-doc – purtroppo non lo faccio più io), mi sto impegnando in un’attività di ingegneria: Lo progetto per avere certe caratteristiche di performance, lo costruisco usando le migliori pratiche ingegneristiche, convalido che funziona come previsto, e lo creo per risolvere non solo un singolo problema, ma una classe di problemi simili che dovrebbero essere tutti risolvibili con il software. Poi scrivo articoli sul metodo, e questi sono articoli di ingegneria. Questa è bioinformatica.

Quando uso il mio metodo (o quelli di altri) per rispondere a una domanda biologica, sto facendo scienza. Sto imparando nuova biologia. Il criterio del successo ha poco a che fare con gli strumenti computazionali che uso, e tutto riguarda il fatto che la nuova biologia sia vera e sia stata convalidata in modo appropriato e secondo gli standard di evidenza previsti dalla comunità biologica. I documenti che ne risultano riportano nuove conoscenze biologiche e sono documenti scientifici. Questa è la biologia computazionale.

Per quanto riguarda il mio lavoro pubblicato, ho sempre cercato di bilanciare le pubblicazioni in riviste biologiche/mediche e quelle in riviste di ingegneria/informatica. È una questione estetica, non c’è motivo per cui uno debba sentirsi obbligato a farlo. Tuttavia, è utile sapere quando si sta facendo biologia e quando si sta facendo qualcos’altro. Suppongo che qualcuno possa contestare il mio uso del termine “bioinformatica” come disciplina ingegneristica. Va bene, sono aperto a un termine diverso. Ma vorrei chiedere perché la bioinformatica non va bene. Penso che la biologia computazionale sia più solida – “biologia” è chiaramente il sostantivo e “computazionale” è chiaramente l’aggettivo.