Islam er den mest udbredte religion i Sudan, og muslimer har domineret de nationale regeringsinstitutioner siden uafhængigheden i 1956. Ifølge UNDP Sudan udgør den muslimske befolkning 97 %, herunder mange arabiske og ikke-arabiske grupper. De resterende 3 % tilegner sig enten kristendommen eller traditionelle animistiske religioner. Muslimer dominerer i alle områder undtagen i Nuba-bjergene. Langt størstedelen af muslimerne i Sudan er tilhængere af sunniislam af Maliki-juridisk skole, der er dybt påvirket af sufisme. Der findes også nogle shia-samfund i Khartoum, hovedstaden. De mest betydningsfulde opdelinger sker langs sufi-brødremenighedernes linjer. To populære broderskaber, Ansar og Khatmia, er tilknyttet henholdsvis oppositionspartierne Umma og Democratic Unionist Party. Kun Darfur-regionen mangler traditionelt set den tilstedeværelse af sufi-brødremenigheder, som findes i resten af landet.
Shari’a-loven er blevet indført af forskellige militærregimer, og dens anvendelse på ikke-muslimer i hovedstaden var et omstridt spørgsmål under forhandlingerne, men det og de andre vigtige spørgsmål, der ligger til grund for konflikten mellem nord og syd, er i vid udstrækning blevet løst i aftalerne. Shari’a skal fortsat være grundlaget for det nationale retssystem, som det gælder i nord; den nationale lovgivning, der gælder i syd, skal være baseret på “folkelig konsensus, folkets værdier og skikke”. I stater eller regioner, hvor et flertal har en anden religiøs eller sædvanlig tro end den, som retssystemet er baseret på, kan de nationale love ændres, så de stemmer bedre overens med disse trosretninger. I hele landet skal anvendelsen af shari’a på ikke-muslimer begrænses, og domstolene må ikke udøve deres skønsbeføjelse til at pålægge de strengere fysiske former for shari’a-straffe til ikke-muslimer. Sudan har haft tre demokratiske regeringer siden 1956, som alle har afskaffet shari’a-loven.
I september 2020 blev Sudan forfatningsmæssigt en sekulær stat, efter at Sudans overgangsregering blev enig om at adskille religion og stat, hvilket gjorde en ende på 30 års islamisk styre og islam som officiel statsreligion i den nordafrikanske nation. Denne nye lovgivning gjorde også en ende på den tidligere lov om frafald og offentlig piskning.