Tomás Luis de Victoria Ávilában született Francisco Luis de Victoria és Francisca Suárez de la Concha 11 gyermeke közül a hetedik. Apja 1557-ben bekövetkezett halála után a család egy nagybátyja gondjaira bízta, aki pap volt. Victoria több évet töltött kóristafiúként az Ávilai Székesegyházban.
1565-ben (vagy 1563-ban) Victoria belépett a római német kollégiumba. Ez egy jezsuita iskola volt, amelyet II. Fülöp és Otto von Truchsess von Waldburg, augsburgi bíboros érsek bőkezűen támogatott. Viktória 1569 és 1574 között a római S. Maria di Monserrato aragóniai templom orgonistája volt. 1571-ben a német kollégium felvette, hogy zenét tanítson a fiatal fiúknak. 1575. augusztus 28-án szentelték pappá. Ettől az évtől 1577-ig a római S. Apollinare templomban éneklő Német Kollégium kórusát vezette. 1578-tól 1585-ig a S. Girolamo della Carità, az újonnan alapított római Oratoriánusok templomának káplánja volt.
Viktória 1587-ben visszatért Spanyolországba, és 1603-ig káplánként szolgált a madridi Descalzas Reales kolostorban, ahol II. Fülöp nővére, özvegy Mária császárné és lánya, Margit hercegnő tartózkodott. 1604-től 1611. augusztus 27-én bekövetkezett haláláig a kolostor orgonistája is volt.
1572-ben Victoria Truchsess bíborosnak, az egyházi zene nagy ismerőjének ajánlotta első, máig leghíresebb kiadványát. A gyűjteményben található 33 négy- és nyolcszólamú motecta között szerepel az érzékletes Vere languores és az O vos omnes, amelyek a mai napig Victoria hírnevének alapját képezik a széles közönség körében, amely nem ismeri Magnificatióit, himnuszait, szekvenciáit, zsoltárait, antifónáit és 20 miséjét – ezek közül öt 1576-ban, további négy 1583-ban, hét 1592-ben, a többi pedig 1600-ban és 1605-ben jelent meg.
1572-es motettáiban Victoria szorosan követte Giovanni Pierluigi da Palestrina részlettechnikáját, a Palestrina-féle disszonanciakezelés fölényes elsajátításáról tanúskodva. A Palestrinával való személyes kapcsolat és talán még a tanórák is valószínűleg magyarázzák Victoria technikájának elsajátítását. Palestrina 1566-tól 1571-ig a Német Kollégium melletti római kollégium káplánjaként szolgált. Ami Victoria 1572-es személyes modorát megkülönbözteti Palestrináétól, az az, hogy a fiatalabb zeneszerző gyakran folyamodott a nyomtatott akcidentálisokhoz, előszeretettel használta azt, amit ma dallamos moll-mozgásnak neveznénk (felszálló dúr, lemenő naturális), és a 19. századi funkcionális harmónia megelőlegezése.
Victoria egész pályafutása során, még a Missa Quarti toni (1592) megírásakor is, mindig sikerült inkább “dúr-moll”, mint igazán “modális” zeneszerzőnek tűnnie. Számára a Quarti toni a dominánson kadenciázó a-mollt jelentett. 1600-ban kiadta a Missae, Magnificat, motecta, psalmi, & alia című művét, amely nagyrészt orgonakíséretes F-dúr zenéből áll. Igaz, hogy az 1605-ben pártfogója, Mária özvegy császárné tiszteletére kiadott Officium defunctorumban visszatért a kíséret nélküli moll hangnemekhez, de ez temetési zene volt. Palestrina egyetlen kiadványában sem írt elő orgonakíséretet. Victoria megtette – sőt 1592-ben és 1600-ban orgonakíséreteket is kiadott.
Victoria 1600-as miscellániájában szerepel egy Missa pro Victoria, amely Clément Janequin híres csatasanzonjának mintájára készült. III. Fülöpnek jobban tetszett ez a világi mintára alapozott, kilencszólamú, lelkes mise, mint Victoria bármely más műve, de ellentmond minden olyan tulajdonságnak, amely Victoria számára kedves volt a modern közönség számára. Azonban legalább azt bizonyítja, hogy érzelmileg és technikailag sokoldalúbb volt, mint azt tisztelői elismerik. III. Fülöp előszeretete eladási fogásként szolgált, amikor Viktória a kiadásából származó pénzeszközökkel próbálta kihúzni legfiatalabb bátyját a börtönből.