Alekszisz
Rosszul kezdődött Mihály fiának, Alekszisznak (Alekszej Mihajlovics) uralkodása, akit a későbbi nemzedékek a jóindulatú és szelíd cár mintaképének tekintettek. Apjához hasonlóan Alekszisz is még kisfiúként került a trónra. A kormányt irányító bojár, Borisz Ivanovics Morozov azonnal olyan politikába kezdett, amely a katasztrófa szélére sodorta a kormányt. Morozov csökkentette a kormányzati fizetéseket; bevezette a sóadót és a dohány állami monopóliumát is, az előbbi széles körű nélkülözést és elégedetlenséget okozott, az utóbbi pedig az egyház elítélését vonta maga után. Ugyanakkor elidegenítette a trónhoz közel álló bojárcsoportokat azzal, hogy beavatkozott a gyámja házasságába.
A moszkvai Állami Történeti Múzeum jóvoltából
Morozov intézkedései súlyosbították az országban amúgy is veszélyes helyzetet. A városi lakosságot és különösen a szolgálati nemességet súlyosan terhelték az adók és egyéb kötelezettségek, és egyre jobban feldühítette őket az uralkodó klikk növekvő gazdagsága és hatalma. Egy 1648. májusi moszkvai lázadás során a csőcselék körülvette a 19 éves cárt, és Morozov és a vezető tisztviselők kivégzését követelte. Az utóbbiak közül néhányat a csőcselék elé dobtak, Morozov számára pedig rövid ideig tartó védett száműzetést rendeltek el. Morozov bojár ellenségei, akik valószínűleg felbujtók voltak a lázadásban, átvették az ügyek irányítását, és egy sor reformot hajtottak végre. Megszüntették a sóadót és a dohánymonopóliumot, és bizottságot hoztak létre egy új törvénykönyv kidolgozására. Az északi városokban, különösen Pszkovban és Novgorodban folytatódtak a súlyos zavargások, ahol erőszakra volt szükség a hatalom visszaállításához.
Novgorodban a kormány érdekeinek legfőbb szereplője a metropolita Nikon volt, egy energikus és tekintélyelvű szerzetes, aki Moszkvában befolyásos barátokat szerzett, amíg a Romanov család templomának archimandritája volt, és Novgorodban továbbra is szorgalmasan ápolta a cárt és annak kapcsolatait. Kéréseivel 1652-ben elnyerte a pátriárkaságot. A hagyomány szerint Nikon, mielőtt elfogadta volna a tisztséget, vallási és erkölcsi kérdésekben teljes engedelmességi nyilatkozatot követelt a cártól. Nikon hivatali idejének első éveiben jó volt a viszonya Alekszijjal és az udvarral. A pátriárka hivatalos támogatással számos liturgikus és szervezeti reformot hajtott végre, és az állami apparátus mintájára lenyűgöző bürokráciával vette körül magát. A cárral való kapcsolat azonban 1658-ban megromlott, és miután Alekszisz nyilvánosan lekezelte, Nikón bejelentette, hogy elhagyja a pátriárkátust. Később azt állította, hogy csupán ideiglenes visszavonultságba vonult, de tényleges hatalma és befolyása véget ért.
Alekszisz uralkodásának legfontosabb eseménye Kelet-Ukrajna annektálása volt. Kormánya folytatta azt a korábbi politikát, hogy elkerülje a nyugati összefonódásokat, miközben kelet felé terjeszkedett, de nem tudott ellenállni az 1654-ben felkínált lehetőségnek, amikor Bohdan Hmelnyickij, az ukrajnai lengyel uralom elleni kozák forradalom vezetője Moszkvához fordult segítségért, amelyet Svédországtól és a törököktől nem tudott megszerezni. Moszkva katonai segítségért cserébe elfogadta a hűségét, és így hosszan tartó harcba keveredett Lengyelországgal és Svédországgal az ukrán, fehérorosz és balti területekért. A háború eleinte jól ment, de az ukrán és a moszkvai szövetségesek eltérő céljai hamarosan megmutatkoztak. Amikor X. Károly svéd király belépett a Lengyelország elleni harcba, Alekszisz 1656-ban békét kötött; egy erős Svédországtól ugyanúgy tartott, mint egy erős Lengyelországtól. A moszkovita erők háborúba bocsátkoztak Svédországgal a Balti-tenger partján fekvő észt, livóniai és karéliai területekért. Az ukrajnai helyzet egyre zavarosabbá és veszélyesebbé vált Moszkva számára, és 1661-ben be kellett fejezni a háborút Svédországgal, még azon az áron is, hogy ismét átengedték a Balti-tenger partvidékét.
Ukrajnában a háború új színezetet kapott, amikor 1664-ben Péter Dorosenko, az új vezető, az oszmánok védelme alá helyezte magát. A törökök több nagyszabású hadműveletben is részt vettek, amelyek Lengyelországot és Moszkvát is eléggé megriasztották ahhoz, hogy Andrusovónál fegyverszünetet kössenek (1667). Lengyelország elismerte Moszkva ellenőrzését Kelet-Ukrajna és Kijev felett, míg Moszkva átengedte Ukrajna Dnyepertől nyugatra eső részét és Fehéroroszország nagy részét.
A béke nem sokat javított a kormány helyzetén, ugyanebben az évben ugyanis fenyegető mozgalom kezdődött a doni kozákok és a Volga-vidéki parasztok körében, amelyet Stenka Razin vezetett, és politikai harc kezdődött az udvar belső körein belül, amelyet Alekszisz feleségének halála okozott. Két év múlva Alekszisz feleségül vette Natalija Naryshkinát. 1676-ban azonban maga Alekszisz is meghalt, és első feleségének, Marija Miloszlavszkajának beteges fia, Fjodor lett az utódja. A rivális Naryshkin és Miloslavsky családok között harc kezdődött. A Nariskinokat száműzték, a Miloszlavszkijok pedig ügyfeleikkel és támogatóikkal együtt átvették a hatalmat. 1682-ben azonban Fjodor meghalt, és a Naryshkin-frakció féltestvérét, Pétert igyekezett a trónra ültetni Fjodor teljes jogú testvére, a beteg Iván helyett. A rétorok elit testülete (egy örökletes katonai kaszt) fellázadt, és Ivan idősebb húgát, Szofját nevezte ki régensnek. Nagy Péter trónra lépését és uralkodását lásd alább I. (Nagy) Péter (1689-1725) uralkodása.