Az iszlám a legelterjedtebb vallás Szudánban, és az 1956-os függetlenség óta a muszlimok uralják a nemzeti kormányzati intézményeket. Az UNDP szudáni adatai szerint a muszlim lakosság 97%-a muzulmán, beleértve számos arab és nem arab csoportot. A fennmaradó 3% a kereszténységet vagy a hagyományos animista vallásokat vallja. A muszlimok a Nuba-hegység régió kivételével mindenhol túlsúlyban vannak. A szudáni muszlimok túlnyomó többsége a maliki jogtudományi iskola szunnita iszlám vallását vallja, amelyre nagy hatással van a szufizmus. A fővárosban, Kartúmban vannak síita közösségek is. A legjelentősebb megosztottság a szúfi testvériségek mentén alakul ki. Két népszerű testvériség, az Ansar és a Khatmia az ellenzéki Umma, illetve a Demokratikus Uniós Párttal áll kapcsolatban. Csak a dárfúri régióból hiányzik hagyományosan a szúfi testvériségek jelenléte, amely az ország többi részén megtalálható.
A saría törvényt különböző katonai rezsimek iktatták be, és a fővárosban a nem muszlimokra való alkalmazása vitatott kérdés volt a tárgyalások során, de ez és az észak-déli konfliktus hátterében álló többi fontos kérdés nagyrészt megoldódott a megállapodásokban. A saría továbbra is a nemzeti jogrendszer alapja marad, ahogyan az északon érvényesül; a délen alkalmazandó nemzeti jogszabályok a “népi konszenzuson, a nép értékein és szokásain” alapulnak. Azokban az államokban vagy régiókban, ahol a többség más vallási vagy szokásbeli meggyőződéseket vall, mint amelyeken a jogrendszer alapul, a nemzeti törvények módosíthatók, hogy jobban megfeleljenek ezeknek a meggyőződéseknek. Az egész országban korlátozni kell a saría alkalmazását a nem muzulmánokkal szemben, és a bíróságok nem élhetnek mérlegelési jogkörükkel a saría szigorúbb fizikai büntetési formáinak nem muzulmánokkal szembeni kiszabására. Szudánnak 1956 óta három demokratikus kormánya volt, amelyek mindegyike eltörölte a saría törvényt.
2020 szeptemberében Szudán alkotmányosan világi állammá vált, miután a szudáni átmeneti kormány beleegyezett a vallás és az állam szétválasztásába, véget vetve a 30 évig tartó iszlám uralomnak és az iszlámnak mint hivatalos államvallásnak az észak-afrikai országban. Ez az új jogszabály egyben véget vetett a korábbi hitehagyási törvénynek és a nyilvános korbácsolásnak is.