PRC1 core component: RING1
PRC1 A RING-ujj fehérjéket két klád (Additional file 2), a RING1 és a BMI1 alkotja, amelyeket a RING és a Ring-finger And WD40 associated Ubiquitin-Like (RAWUL) domének konzervált kombinációja jellemez (2. és 3. ábra). A PRC1 komplex íróinak ubikvitin ligáz aktivitása a RING doménjükre támaszkodik . Állatokban a RING1b kulcsfontosságú H2Aub író, míg a RING1a kisebb szerepet játszik. A BMI1 nem mutat E3 ligáz aktivitást, de képes stabilizálni és fokozni a RING1b funkcióit . Arabidopsisban mind az AtRING1a/b, mind az AtBMI1a/b/c családok képesek katalizálni a H2Aub-ot. A vegetatív stádiumban az AtRING1a/1b elnyomhatja a vegetatív-embryonális átmenetet és az ektopikus merisztémaképződést, elsősorban az embrió mesterregulátorok és az őssejtregulátorok hibás expressziójának elnyomása révén . A reproduktív szakaszban az Arabidopsis kettős mutáns ring1a;ring1b rendkívül nagy számú virágszervet és erős fenotípusokat mutat, amelyek drámai duzzadó gynoeciumot és teljes sterilitást mutatnak. Mind az AtRING1a, mind az AtRING1b képes a KNOX-I expressziójának elnyomása révén szabályozni a virágos őssejtek fenntartását és a megfelelő karpella fejlődést . A RING1a/b mutáció korai vegetatív fázisátmenetet okozhat a H2Aub állapot szabályozásával az SPL lókuszban .
A RING1 fehérjék filogenetikai fája a zöld vonalban . A növényi RING1 homológok az algáktól a magasabb növényekig léteznek, és három kládba soroltuk őket, az I. csoportba tartozó magoncok, a II. csoportba tartozó mohák-páfrányok és a III. csoportba tartozó algák csoportjába. A RING és a RAWUL domének a RING1 fehérjék alapvető jellemzői
A BMI1 fehérjék filogenetikai fája a zöld vonalban. A növényi BMI1 homológok az algáktól a magasabb növényekig léteznek, és két kládba soroltuk őket: Az I. csoportba tartozó BMI1a/1b homológok, amelyek az algáktól a magasabb növényekig léteznek; és a II. csoportba tartozó BMI1c homológok, különösen a Cruciferae fajokban. A RING és RAWUL domének a BMI1 fehérjék alapvető jellemzői
A filogenetikai fán a növényi RING1 fehérjék három ágra oszthatók: magoncok (I. csoport), mohák-páfrányok (II. csoport) és algák (III. csoport, 2. ábra). A RING1 homológok filogenetikai kapcsolata összhangban van a növényi evolúcióval. A RING1 egy és két duplikáción ment keresztül az eudicot és monocot ősökben. A legtöbb RING1 fehérje minden fajban két kópiát mutat, de a PtRING1 és a ZmRING1 négy, a BrRING1 pedig három kópiában fordul elő. A duplikációs esemény azonban az egyszikűek és kétszikűek szétválása után következhetett be. Az eudikotikusok RING1 fehérjéi hasonló doménszerveződést mutatnak (2. ábra). Az egyszikűek RING1 fehérjéit csak a Poaceae képviseli, kevés változó doménszerveződést mutatva. A tipikus RING domén, a POU, amely egy kétrészes DNS-kötő domén, és a Ras Exchanger Motif a ZmRING1a, az Agrobacterium VirD5 fehérjében is megtalálható, a Spectrin repeats domén pedig a BdRING1b-ben jelenik meg. Prion domén az OsRING1b-ben fordul elő. Érdekes módon a POU domént először növényekben azonosították. A II. csoport a páfrányokban és a Physcomitrella patensben, míg a III. csoport két algában van jelen. Mindkét csoport azonban jól konzervált a doménszervezetekben.
PRC1 magkomponens: BMI1
A három BMI1-szerű fehérje, az AtBMI1a, AtBMI1b és AtBMI1c Arabidopsisban létezik . A BMI1 hiánya (atbmi1a;atbmi1b kettős mutáns) a vegetatív stádiumban embriószerű szerkezetet, a reproduktív stádiumban pedig nagyszámú virágszervet okoz, ami hasonlóan jellemző a ring1a;ring1b kettős mutánsban is . A RING1 fehérjékhez hasonlóan a BMI1a/1b PRC1 íróként működik a H2Aub számára, a PRC2 által közvetített H3K27me3-mal koordinálva a sejtidentitás fenntartását . Az AtBMI1a/1b E3 ubikvitin ligázként működik, és részt vesz a szárazságreakcióban . A MIR156A és a MIR156C szintén az AtBMI1 célgénjei, szabályozva a növényi a produktív fejlődési átmenetet . Figyelemre méltó, hogy az AtBMI1c imprintelt génként működik, amely az endospermiumban anyai allélként, de a porzóban biallelikusan expresszálódik . A BMI1 fehérjék minden növényben és a Volvox carteri algában azonosíthatók, de az Ostreococcus lucimarinus vagy a Chlamydomonas reinhardtii algákban nem; továbbá a BMI1 két csoportra osztható, nevezetesen a BMI1a/1b és a BMI1c homológokra (3. ábra). Minden BMI1 magasan konzervált RING és RAWUL doméneket tartalmaz, kivéve a BsBMI1a, PtBMI1d és OrBMI1b, az OrBMI1b-nek nincs RAWUL doménje. A BMI1-ek szekvenciahossza általában 350 és 550 aa között van, de az FvBMI1c 974 aa maradékot tartalmaz, túl hosszú C-terminussal. A kétszikűek három BMI1-kópiát tartalmaznak, kivéve a nyárfa és a gyapot öt példányát, valamint a narancs két példányát. Minden BMI1a/1b fehérje hasonló doménszervezetet mutat, de a ThBMI1b a RING domén mellett egy másik TIM-foszfátkötő motívumot is tartalmaz; továbbá a BdBMI1d rendelkezik a kromoszómák strukturális fenntartása (SMC) fehérjék Flexible hinge motívumával, amely a DNS dimerizációért felelős és a dinamikus SMC-DNS kölcsönhatások lényeges meghatározója . A magasan konzervált AtBMI1c és homológjai csak a Cruciferában találhatók (3. ábra).
A RAWUL domént először a PRC1 RING ujj fehérjékben, a RING1 és BMI1 családokban azonosították, és konzervált a növényekben és a férgekben . A RAWUL domén a PRC1-hez vagy más faktorokhoz való kötődéssel részt vehet az epigenetikai szabályozásban. Emlősökben a RAWUL-ról kimutatták, hogy kötődik a Ph homológokhoz, bár ezt a jelenséget mindeddig nem erősítették meg. Így a RAWUL domén más, a hiszton ubikvitinációban részt vevő fehérjékhez is kötődhet. Sanchez-Pulido és munkatársai azt javasolták, hogy néhány más fehérje bizonyítja a PRC1 hiszton ubikvitinációs funkcióit . Az Arabidopsis HTA10 konzervált PKKT konszenzus szekvenciát mutat . A kukorica ubikvitinált H2A részt vehet a H2A ubikvitinációban . A gabona RAWUL fehérje Gnp4/LAX2 az auxin jelátviteli útvonalon keresztül szabályozza a gabona hosszát az OsIAA3-OsARF25 interferálásával . A RAWUL domén fehérje-fehérje kölcsönhatási modult képezhet az AL6 N-terminálisának PAL doménjével, amely a PRC1 társult faktora .
A RAWUL domén nem erősen konzervált az állatok és a növények között. A RING1a/1b homológok szekvencia-illesztési elemzése azonban azt mutatja, hogy a domének jelentősen konzerválódtak az alacsonyabb és a magasabb növények között, és a BMI1a/1b/1c-ből hiányzik a β5. A RING fehérjék (BrRING1b, ZmRING1b és SmRING) és a BMI1 fehérjék (AtBMI1c, BsBMI1a, OrBMI1b és VcBMI) nem tartalmaznak RAWUL doméneket (2. és 3. ábra, Additional file 3). A RING és a RAWUL domén valószínűleg a RING1 és a BMI1 családok speciális doménjei.
PRC1 Core komponens: LHP1
Az Arabidopsisban az LHP1, a transzkripció aktivátora és represszora, először a Drodophila Heterochromatin-associated Protein 1 (HP1) homológjaként azonosították, amely a PRC2 által létrehozott H3K27m3 markerekhez kötődik és katalizálja a monoubiquitinációt a hiszton H2A 119 lizinjénél . Az LHP1 a légy Pc-vel analóg szerepet tölthet be egy PRC1-szerű komplexben . Az LHP1 két jellegzetes domént tartalmaz, a Chromatin Organization Modifier (CHROMO) domént, amely elengedhetetlen a H3K27me3 kötési specifitáshoz , és a Chromo Shadow (ChSh) domént . Állati megfelelőjével ellentétben az LHP1 túlnyomórészt az euchromatinban található . A Fern LHP1 lokalizációját és megtartását különböző domének szabályozzák, és a nukleoluszban és a kromocentrumokban való megtartását a ChSh domén biztosítja . A P. patens PpLHP1 kölcsönhatásba lép a PpCMT-vel a kromo doméneken keresztül . Mint PRC1 olvasó a növényekben , az LHP1 számos fejlődési útvonalat szabályoz, amelyek a szervfejlődéssel, a sejtmérettel és a vegetatív és reproduktív fázisok közötti átmenetekkel kapcsolatosak .
A LHP1 homológok is a növényi evolúció során . A megkülönböztetett CHROMO és ChSh doméneken kívül egyes LHP-k más megkülönböztetett motívumokat is tartalmaznak (4. ábra). Például a nyárfa LHP1-ek egy további CDC37 doménnel rendelkeznek az N-terminusukon, az AtLHP1-ek pedig egy további B5 domént tartalmaznak, amely a fenilalanin-tRNS-szintetáz β alegységekben található. Az OsLHP1 egy másik, a fehérjecsaládhoz kapcsolódó peptidlánc-felszabadító faktorok doménből áll; ez a domén továbbá fontos szerepet játszik a peptidil-tRNS-ből felszabaduló újonnan szintetizált polipeptidláncokban . A BdLHP1 tartalmaz egy másik ER-membrán fehérjét, az SH3-at, amely a membránban lokalizált chaperonokhoz kapcsolódik. A PpLHP1 egy további ostepontin domént tartalmaz.
A zöld vonal LHP1 fehérjéinek filogenetikai fája. A növényi LHP1 homológok a magasabb rendű növényekben léteznek, az algákban nem. A CHROMO és CHSH domének az LHP1 fehérjék alapvető jellemzői
PRC1-hez kapcsolódó faktor: EMF1
EMF1 és VRN1 specifikusan megtalálható a kétszikű fajoknál . Mind az EMF1, mind a VRN1 nem szekvenciaspecifikus DNS-kötő fehérjék, amelyek a virágszervek fejlődése során szabályozzák a génexpressziót. Aubert és munkatársai az EMF1-et új fehérjének tekintették, amely részt vesz a hajtásarchitektúra és a virágzás szabályozásában Arabidopsisban; továbbá az EMF1 funkcióvesztéses mutánsok gyorsított embrionális és reproduktív fejlődési átmenetet okoznak . Az EMF1 és az EMF2 részt vesz a virág homeotikus génjeinek PcG által közvetített elnémításában, és létfontosságúak a vegetatív fejlődésben . Az EMF1, az ATX1 és az ULT1 együtt dolgozhatnak a kromatin integritásának fenntartásában és a csírázást követő korai maggénkifejeződés megakadályozásában . Az EMF1 egy H3K27me3 olvasóhoz társul, amely szükséges a H3K27me3 . Az EMF1, az LHP1 és a hiszton H3 lizin-4 demetiláz egy EMF1c komplexet alkothat, amely fontos szerepet játszik a MIR172 és a virágzás T lókuszának (FT) szabályozásában .
Minden faj egyetlen EMF1 homológ gént tartalmaz, kivéve az uborka, a gyapot és az Eutrema két, valamint a káposzta négy génnel. A filogenetikai elemzés azt mutatja, hogy az EMF1 jól konzerválódott a kétszikűekben, de a Pfam és a SMART adatbázisból hiányozhatnak reprezentatív vagy intakt domének. A fehérjeszekvencia-illesztés alapján hat konzervált motívum, különösen a 4., 5. és 6. motívum (5. ábra, 4. kiegészítő fájl), amelyek funkciója ismeretlen.
A zöld vonalú EMF1 fehérjék filogenetikai fája. Növényi EMF1 homológok csak a kétszikűekben léteznek. Hat motívumot detektáltak a növényi EMF1 fehérjékben
PRC1-hez kapcsolódó faktor: VRN1
VRN1 és VAL1/2/3 a PRC1 növényspecifikus komponensei, és a növényspecifikus B3-doménes transzkripciós faktorcsalád alcsoportjai (Additionalfile 5). Az EMF1-hez hasonlóan az Arabidopsis VRN gének is képesek közvetíteni a vernalizációt, és fontos szerepet játszanak a vegetatív és reproduktív fázis közötti átmenetben, válaszul a hosszan tartó hidegkezelésre. A VRN1 a sejtmagban lokalizálódik, és szekvencia-független a DNS-kötés, az FLC-re való célzás és az FT2 . A funkcióvesztéses mutánsok hasonló fenotípust mutatnak, mint más PRC1 mutánsok .
A VRN1 és homológjai két alcsoportba sorolhatók: AtVRN1a/RTV1 és AtVRN1b/1c/1d. A B3 domén valószínűleg a VRN1 család egy speciális doménje (71, 6. ábra). Az AtVRN1, amelyet ebben a tanulmányban AtVRN1a néven nevezünk, két B3 doménnel jellemezhető, csak magasabb növényfajokban található meg, és specifikusan kötődik a DNS-hez . A jelenlegi tanulmányban öt VRN1 homológot azonosítottak Arabidopsisban, és több homológot találtak más kétszikűekben is a BlastP segítségével. A doménszerveződés azt mutatta, hogy az AtVRN1a és homológjai két B3 doménből állnak (6. ábra). Az AtRTV1, AtVRN1b/1c/1d és homológjaik főként a II. csoportban a második B3 domén elvesztését mutatják, ami fontos lehet a funkcióik szempontjából . Ezt a domént a BfiI_C_EcoRII_N_B3 szupercsalád helyettesíti, amely a IIE típusú korlátozott endonukleáz EcoRII-szerű fehérjék N-terminális DNS-kötő doménjét, az IIS típusú korlátozott endonukleáz BfiI-szerű fehérjék C-terminális DNS-kötő doménjét és a növényspecifikus B3 fehérjéket tartalmazza .
A VRN1 fehérjék filogenetikai fája a zöld vonalban. A növényi VRN1 homológok csak a kétszikűekben fordulnak elő, és a két kládba soroltuk őket: AtVRN1a/RTV1 és AtVRN1b/1c/1d csoportba sorolták. A B3 domén a növényi VRN1 fehérjék
PRC1-hez kapcsolódó faktor alapvető jellemzője: VAL1/2/3
A transzkripciós represszorként azonosított VAL fehérjék szükségesek az embrionális gének expressziójának globális elnyomásához . A va l1 val2 kettős mutáns va l1 kettős mutáns csíranövényei képesek embriószerű burjánzásokat képezni a gyökerekben és az apikális merisztémában, de a levelekben nem. A val2/val3 mutánsok hasonló domináns hatást mutatnak, mint a val1 homozigóta mutáns növények . A val1 mutánsokban a FUSCA3 regulátor transzkriptumainak 39%-a depressziós, míg az alapvető LAFL hálózat transzkripciós faktorai nem. A VAL1 minden feltételezett célzott transzkriptuma epigenetikus és/vagy transzkripciós represszión keresztül hat . Ezenkívül a VAL1 és a VAL2 a PcG-n keresztül részt vesz a vernalizációban. A VAL fehérjék a BMI1-gyel együttműködve közvetítik a H2AK119 monoubiquityilációját, és elindítják a magérlelési gének represszióját . A VAL fehérjék a repressziót egy hiszton-deacetiláz komplex LEC1/AFL génekhez történő toborzásán keresztül közvetítik . A VAL1 a hiszton-deacetiláció elősegítésével elnyomja az FLC transzkripciót . A VAL1 downregulálja az AGL15-öt a H3K27me3 lerakódása révén az AGL15 upstream szekvenciáinál .
A B3 és zf-CW domének kivételével, amelyek a VAL1/2/3 család lehetséges speciális doménjei, a legtöbb VAL1/2/3 homológ további cink-ujj motívumokat, például PHD és ZnF-GATA, hordoz a 3′-terminálison (7. ábra). A VAL1-B3 domén szükséges az AGL15 és az FLC kanonikus Sph/RY elemmel való kölcsönhatáshoz. A zf-CW domén az epigenetikus szabályozáshoz szükséges hisztonmódosulást olvasó modulok tagja . A jelenlegi vizsgálatban a VRN1 család csak a kétszikűekben található meg (6. ábra), és homológjai egy vagy két B3 domént tartalmaznak. Ezzel szemben a VAL1/2/3 fehérjék az algáktól az angiospermákig megtalálhatók, és csak egy B3 doménnel rendelkeznek. Továbbá a VAL1/2/3 fehérjék három csoportba sorolhatók (7. ábra). Az I. csoportba tartozó VAL1 homológok csak a kétszikűekben találhatók; a II. csoportba tartozó VAL2 homológok és a III. csoportba tartozó VAL3 homológok mind a kétszikűekben, mind az egyszikűekben megtalálhatók. Eredményeink szerint az algák és a páfrányok csak egy VAL-homológ fehérjét mutatnak, míg a mohák öt tagot, az O. lucimarinus pedig egyet sem.
A VAL1/2/3 fehérjék filogenetikai fája a zöld vonalban. A növényi VAL1/2/3 homológok az algáktól a magasabb növényekig léteznek, és három kládba soroltuk őket: csoportú VAL1 homológok a kétszikűekben, valamint a II. csoportú VAL2 és a III. csoportú VAL2 homológok az angiospermákban. A B3 és a zf-CW domének a növényi VAL1 fehérjék
PRC1-hez kapcsolódó faktor alapvető jellemzői: AL1-7
A konzervált PHD domént hordozó AL fehérjéket transzkripciós faktorként azonosították . Az Arabidopsis Alfin fehérjéket H3K4me2/3 olvasóknak tekintik és az AtRING1 és AtBMI1 új partnereiként működnek . Az AL fehérje számos fejlődési folyamatban vesz részt, például a MsPRP2 expressziójának fokozásában a lucerna gyökereiben, és hozzájárul a sótűréshez . Arabidopsisban mind az AL1, mind az AL5 képes a célgének promóter régióihoz kötődni és több negatív faktort elnyomni az abiotikus stressztolerancia biztosítása érdekében . Az Arabidopsis AL6 szerepet játszik a gyökérszőrzet megnyúlásával kapcsolatos transzkriptek foszfát-éhség esetén történő expressziójának szabályozásában; ez a folyamat továbbá a PHD doménjének köszönhető, amely képes kötődni a H3K4me3-hoz, ami egy epigenetikai szabályozási stratégia az alacsony foszfát elérhetőség esetén . Az AtAL7 azonban negatív szerepet játszik a sótűrésben . A jelenlegi vizsgálatban az AL és az ING családok közös PHD doménnel rendelkeznek, és a filogenetikai fa azt mutatja, hogy különböző ágakhoz tartoznak, ami szoros kapcsolatukra utal (6. kiegészítő fájl). Az ALs család a legnagyobb PRC1-hez kapcsolódó faktorcsalád. Az Arabidopsis hét AL-t tartalmaz, amelyek három csoportra oszthatók: AtAL1/2, AtAL3/4/5 és AtAL6/7 . A jelenlegi vizsgálatban a magoncok AL-fehérjéi három csoportra oszthatók, nevezetesen az I. csoportra (AL1/2), a II. csoportra (AL3/4/5) és a III. csoportra (AL6/7). A csíranövények AL-fehérjéi a filogenetikai fa alján helyezkednek el (7. ábra). A kukorica és a gyapot több AL fehérje tagot tartalmaz, mint a többi faj.
A 687aa-t tartalmazó FvAL5 kivételével, amely három Alfin doménnel és egy PHD doménnel rendelkezik, a legtöbb növényben rendkívül konzervált a doménszervezet, azaz egy Alfin domén és PHD, és körülbelül 230-300aa szekvenciahosszúságot mutat. (7. ábra, 1. kiegészítő fájl). Az egy Alfin és PHD domének, az AL család speciális doménje, a fehérjék N- vagy C-terminusán helyezkednek el. Az AL2 és AL7 fehérjék Alfin doménjében található PAL motívum képes kötődni a RING1 és BMI1 fehérjékhez. A PHD-ujjfehérjék univerzálisan megtalálhatók az eukariótákban, és kulcsszerepet játszanak a transzkripció és a kromatin szerkezetének szabályozásában . A PHD ujj szükséges a H3K4me3/2 kötődéshez az AL és ING családokban .
PRC1 asszociált faktor : ING1/2
AL fehérjék csak növényekben léteznek, míg az ING fehérjék széles körben elterjedtek élesztőben, állatokban és növényekben. Az ING-t először emlősökben azonosították, és mind az öt ING fehérje képes a PHD ujjakon keresztül a H3K4me3/2-hez kötődni és a hisztonmódosulások összetevőjeként működni . Ezeket a fehérjéket azonban ritkán vizsgálták növényekben. Az AL fehérjékhez hasonlóan a konzervált AtING fehérjék is képesek felismerni a PHD ujjak által közvetített H3K4me3/2-t, míg az AtING biológiai funkciói ismeretlenek .
A legtöbb növény két ING gént tartalmaz (8. ábra). Az ING fehérjék egy N-terminális ING domént hordoznak, amely a nem módosított H3-farkakhoz kötődik, és egy C-terminális PHD domént, amely a H3K4me2/3 megkötéséhez szükséges . A korábbi munkákkal ellentétben a zöld algákban VcING1/2, OlING1 és CrING1/2 homológokat azonosítottunk. A VcING2-ben és a CrING2-ben a PHD-ujjakat Tudor-domének helyettesítik, amelyek szintén szerepet játszanak a fehérje-fehérje kölcsönhatásokban. A Tudor-domén az arginin-glicinben gazdag szekvenciák szimmetrikusan dimetilált arginininjeihez és a Lys20-nál dimetilált hiszton H4-hez kapcsolódhat .
A zöld vonalú ING1/2 fehérjék filogenetikai fája. A növényi ING1/2 homológok az algáktól a magasabb növényekig léteznek, és két kládba soroltuk őket: Az I. csoportba tartozó ING1 homológok az algáktól a magasabb növényekig és a II. csoportba tartozó ING2 homológok a magasabb növényekben. Az ING és a PHD domének a növényi ING1 fehérjék
PRC1-hez kapcsolódó faktor alapvető jellemzői: EBS/SHL
Az EBS és SHL BAH-domén-tartalmú fehérjék , amelyek csak a növényvilágban fordulnak elő, és az alacsonyabb növényektől a magasabb növényekig széles körben elterjedtek (1. ábra, ). Az Arabidopsis EBS fehérjék negatív transzkripciós szabályozók, és az ebs mutációk korai virágzási fenotípust eredményeznek . Az EBS és az SHL különböző virágzási integrátorokhoz kötődik, az EBS szabályozza az FT-t, az SHL pedig elnyomja a SOC1-et . Az EBS és az SHL redundánsan hat a magvak nyugalmi állapotának szabályozásában . Az EBS/SHL H3K27me3 olvasók, amelyek H3K4me3-t is képesek kötni .
Az EBS/SHL fehérjéket két alcsoportba sorolták (I. csoport EBS homológok és II. csoport SHL homológok). Az I. csoport a magasabb növényekben, de a II. csoport csak az angiospermákban fordul elő. Három EBS homológ, a mohákból származó PpEBSe/d/f és az algákból származó EBS/SHL homológok a filogenetikai fa alján helyezkednek el. A legtöbb faj egyetlen SHL-kópiát, de több EBS-kópiát tartalmaz, amint arról nyárfából, gyapotból és mohából is beszámoltak (1. és 9. ábra). Az EBS/SHL fehérjék nagymértékben konzerváltak hosszukban, amely 199 és 336 aa között mozog (a legtöbb 220 aa körül van), és doménszerveződésükben, egy N-terminális BAH-domén és egy C-terminális PHD-domén (9. ábra). A PHD ujj a H3K4me2/me3, a BAH domén pedig a H3K27me2/me3 jelölést olvassa le. Általában a H3K4me3 a transzkripciós aktivációval, míg a H3K27me3 a géncsendesítéssel korrelál növényekben és állatokban. Az EBS rendelkezik egy BAH doménnel és egy PHD doménnel, amely a H3K27me2/me3 és a H3K4me/me3 jeleket olvassa és befolyásolja. Továbbá a BAH-domén, nem pedig a PHD-ujj közvetíti az SHL vagy az EBS és az EMF1 kölcsönhatását . A BAH-H3K27me3 és PHD-H3K4me3 kölcsönhatások fontosak az SHL által közvetített virágzási represszióban . Az EBS/SHL egyensúlyban tartja az aktív és represszív kromatin állapotokat.
Az EBS/SHL fehérjék filogenetikai fája a zöld vonalban. A növényi EBS/SHL homológok az algáktól a magasabb növényekig léteznek, és a két kládba soroltuk őket: Az I. csoportba tartozó EBS homológok a magasabb növényekben és a II. csoportba tartozó SHL homológok az angiospermákban. A BAH és PHD domének a növényi EBS/SHL fehérjék alapvető jellemzői