A Funkció szakasz ezen alfejezete a fehérjében található egyes DNS-kötő domének pozícióját és típusát adja meg.
Kísérletileg meghatározott DNS-kötő doméneket és az InterPro PROSITE, Pfam és SMART források által meghatározott konzervált DNS-kötő doméneket jegyzetelünk; példák: AP2/ERF domén, ETS domén, Fork-Head domén, HMG doboz és Myb domén.
Jósolt DNS-kötő domének
Példák: P10103, P46200, Q9SGJ6, P14921, P55317, P30658
A DNS-kötő domének speciális típusai
a. bHLH és bZIP fehérjék
A bázikus hélix-hurok-hélix (bHLH) és bázikus leucin-csipesz (bZIP) domének esetében a C-terminális HLH és leucin-csipesz motívumokat külön-külön ismertetjük a “Család és domének” fejezet Domén alfejezetében. E domének N-terminális bázis régióját a “DNS-kötés” alfejezetben írjuk le.
A bHLH fehérjék esetében a bázis régiót általában közvetlenül a HLH domén követi a szekvenciában.
Példa: P35869
A bZIP fehérjéknél az alap régiót a leucin-zipper domén követi, amelyet egy LXXXXXXL motívum jellemez, és az első Leu/Ile és az utolsó Leu/Ile maradékkal kezdődik és az utolsó Leu/Ile maradékkal végződik.
Példák: P18289, P15407
b. Homeobox fehérjék
A homeobox fehérjék egy nagy családot alkotnak, amely több altípust tartalmaz. Ha egy homeobox egy altípushoz tartozik, akkor azt a “Leírás” mezőben a “Homeobox” után egy pontosvesszővel megelőzve jelezzük.
Példák: Q9H2P0, O81788, Q90655, P20823
Ha egy adott homeobox nem teljes vagy jelentősen eltér a konszenzustól, akkor “részleges” vagy “atipikus” jelölést kaphat: Q6WRX8, Q8MJD5
Kísérletileg meghatározott DNS-kötő domének
Ha egy DNS-kötő domént kísérletileg azonosítottak, de nem felel meg egy InterPro-forrás által modellezett doménnek, akkor a domén létezésének egyszerű tényét jelzik, de nem adnak különösebb leírást: P13574
Az ilyen domének a “Hasonlóság alapján” minősítővel kerülnek át a közeli fajokra.
Példa: Q08400
Related keywords:
DNA-binding
Homeobox
See also:
Domain
Motif
Region
Repeat
Zinc finger