Az endospermium nagy része magas keményítőtartalmú sejtekből és kevés zeinfehérjéből áll. A keményítő kétféle molekulából, amilózból és amilopektinből áll. Az amilóz elágazatlan glükózmolekulákból áll, míg az amilopektin molekulák elágazó glükózegységekből állnak. Ez a molekulaszerkezeti különbség befolyásolja a kukoricakeményítő élelmiszeripari felhasználását. Az amilózmolekulák forró vízben könnyebben oldódnak és nem képeznek pépet, míg az amilopektin hajlamos könnyebben gélesedni. Az amilózmolekulák jódban kékre színeződnek, de az amilózmolekulák jódban nem színeződnek. A legtöbb kukoricafajta endospermiuma kékre színeződik az amilóz jelenléte miatt, bár ez az endospermiumban lévő összes keményítőnek csak 25%-át teszi ki.
A waxy (wx) recesszív mutáns gén gátolja az amilózmolekulák termelődését. Ez a teljes amilopektinkeményítő termelését eredményezi. Ez könnyen azonosítható a jódreakcióval. Mivel recesszív, a génnek a hibrid vetőmag nőstény és hím szülőjében egyaránt jelen kell lennie, ezért a szülői vetőmag, a hibrid vetőmag és a szemtermés növekedése során el kell különíteni a szennyeződéstől. Az amilóz extender (ae) recesszív gén nagymértékben növeli az endospermium keményítőjének amilóz részét. Ez szintén izolálást igényel a vetőmagtól a szemtermelésig tartó valamennyi lépésben a legmagasabb amilóz-tartalom fenntartása érdekében. Mindkét keményítőtípus befolyásolja a kukoricaszem végső felhasználását az állati emészthetőségtől az ipari feldolgozásig. Az amiláz enzim az amilózt és az amilopektin molekulák egyenes láncú komponensét emészti, de az elágazásokat nem.
Három csemegekukorica gén (cukros, cukros-erősített, zsugorított-2) gátolja vagy késlelteti a keményítő képződését az endospermiumban. Ezeket önmagukban és kombinálva is használják csemegekukorica-fajtákhoz.
Az endospermiumsejtek fő fehérjéje a zein. Ez az endospermiumsejtek endoplazmatikus retikulumában szintetizálódik, ahogy az aminosavak nagy molekulákká kapcsolódnak. A mag keménysége e molekulák szerkezetével, mennyiségével és alakjával függ össze. Számos olyan mutációt azonosítottak, amelyek befolyásolják a zeinfehérje aminosavtartalmát. Az opague-2(o2) recesszív gén a magas lizin tartalmú aminosavnak a zeinbe való beépülése miatt hasznos az állati takarmányozáshoz szükséges esszenciális aminosav biztosítására. Sajnos a gabona keménységét rontja. Egy másik mutáns, a floury-2 (fl2) növeli a zein metionin aminosav-összetevőjét. Mindkét gén recesszív, ezért a tisztaság érdekében izolációra van szükség. Mindkét gén befolyásolja a szemek keménységét, és így befolyásolhatja a gabona feldolgozását.
Az emberek már régóta szelektálják a kukoricát a felhasználási céloknak és kultúráknak megfelelő génekre. A szelekció kiterjedt az endospermium genetikára is.