Bioinformatika és számítógépes biológia = ugyanaz? Nem.

Szakmai életem első 15 évét azzal töltöttem, hogy nem akartam felismerni a bioinformatika és a számítógépes biológia közötti különbséget. Nem azért, mert nem gondoltam, hogy van vagy lehet különbség, hanem mert úgy gondoltam, hogy a különbség nem jelentős. Ezzel kapcsolatban megváltoztattam az álláspontomat. Most már úgy vélem, hogy a kettő nagyon is különbözik egymástól, és érdemes megkülönböztetni őket. Számomra,

Számítógépes biológia = a biológia tanulmányozása számítógépes technikák alkalmazásával. A cél új biológia megismerése, az élő rendszerekkel kapcsolatos ismeretek elsajátítása. A tudományról szól.

Bioinformatika = problémák megoldására szolgáló eszközök (algoritmusok, adatbázisok) létrehozása. A cél olyan hasznos eszközök létrehozása, amelyek biológiai adatokon dolgoznak. Ez a mérnöki munkáról szól.

Mindez akkor vált fontossá számomra, amikor végre egy biomérnöki tanszékre kerültem, és kénytelen voltam feltenni magamnak a kérdést, hogy tudós vagyok-e vagy mérnök. Mindkettő vagyok, és most már békében vagyok.

Amikor egy módszert építek (általában szoftverként, és a munkatársaimmal, diákokkal, posztdoktorokkal – magam sajnos már soha nem csinálom), mérnöki tevékenységet végzek: Úgy tervezem meg, hogy bizonyos teljesítményjellemzőkkel rendelkezzen, a legjobb mérnöki gyakorlatok alkalmazásával építem meg, validálom, hogy úgy teljesít, ahogyan azt elterveztem, és nem csak egyetlen probléma megoldására hozom létre, hanem hasonló problémák egy osztályának megoldására, amelyeknek mindegyike megoldhatónak kell lennie a szoftverrel. Ezután tanulmányokat írok a módszerről, és ezek mérnöki tanulmányok. Ez a bioinformatika.

Amikor az én módszeremet (vagy másokét) egy biológiai kérdés megválaszolására használom, akkor tudományt művelek. Új biológiát tanulok. A siker kritériumainak vajmi kevés köze van az általam használt számítási eszközökhöz, és minden arról szól, hogy az új biológia igaz-e, és megfelelően és a biológiai közösség által elvárt bizonyítási normáknak megfelelően validált. Az így létrejövő cikkek új biológiai ismeretekről számolnak be, és tudományos cikkek. Ez a számítógépes biológia.

Amint a publikált munkáimat nézem, mindig is igyekeztem egyensúlyt tartani a biológiai/orvosi és a mérnöki/informatikai folyóiratokban megjelent publikációk között. Ez igazából esztétikai kérdés, nincs ok, amiért az embernek ezt kényszernek kellene éreznie. Hasznos azonban tudni, hogy mikor foglalkozunk biológiával, és mikor valami mással. Feltételezem, hogy valaki vitatkozhat azzal, hogy a “bioinformatika” kifejezést mérnöki tudományágként használom. Ez rendben van – nyitott vagyok egy másik kifejezésre. De megkérdezném, hogy miért nem jó a bioinformatika. Szerintem a számítógépes biológia szolidabb – a “biológia” egyértelműen a főnév, a “számítógépes” pedig egyértelműen a melléknév.