Cette sous-section de la section Fonction précise la position et le type de chaque domaine de liaison à l’ADN présent dans la protéine.
Nous annotons les domaines de liaison à l’ADN définis expérimentalement et les domaines de liaison à l’ADN conservés définis par les ressources InterPro PROSITE, Pfam et SMART ; les exemples incluent le domaine AP2/ERF, le domaine ETS, le domaine Fork-Head, la boîte HMG et le domaine Myb.
Domaines de liaison à l’ADN prédits
Exemples : P10103, P46200, Q9SGJ6, P14921, P55317, P30658
Types particuliers de domaine de liaison à l’ADN
a. Protéines bHLH et bZIP
Dans le cas des domaines basic helix-loop-helix (bHLH) et basic leucine-zipper (bZIP), nous décrivons les motifs C-terminaux HLH et leucine zipper séparément dans la sous-section Domaine de la section ‘Famille et domaines’. La région de base N-terminale de ces domaines est décrite dans la sous-section ‘Liaison à l’ADN’.
Pour les protéines bHLH, la région de base est généralement directement suivie par le domaine HLH dans la séquence.
Exemple : P35869
Dans les protéines bZIP, la région de base est suivie par le domaine leucine-zipper, caractérisé par un motif LXXXXXXL, et commence par le premier Leu/Ile et s’arrête par les derniers résidus Leu/Ile.
Exemples : P18289, P15407
b. Les protéines homéobox
Les protéines homéobox constituent une grande famille qui contient plusieurs sous-types. Lorsqu’une homéobox appartient à un sous-type, celui-ci est indiqué dans le champ « Description » après « Homéobox » précédé d’un point-virgule.
Exemples : Q9H2P0, O81788, Q90655, P20823
Lorsqu’une homéoboîte particulière est incomplète ou diffère significativement du consensus, elle peut être annotée comme ‘partielle’ ou ‘atypique’.
Exemples : Q6WRX8, Q8MJD5
Domaines de liaison à l’ADN déterminés expérimentalement
Lorsqu’un domaine de liaison à l’ADN a été identifié expérimentalement mais ne correspond pas à un domaine modélisé par une ressource InterPro, alors le simple fait de l’existence du domaine est indiqué mais aucune description particulière n’est fournie.
Exemple : P13574
Ces domaines sont transférés à des espèces proches en utilisant le qualificatif « Par similarité ».
Exemple : Q08400
Related keywords:
DNA-binding
Homeobox
See also:
Domain
Motif
Region
Repeat
Zinc finger