Le plasmide de 2 microns de Saccharomyces cerevisiae est un élément d’ADN égoïste multicopie relativement petit qui réside dans le noyau de la levure à un nombre de copies de 40-60 par cellule haploïde. Le plasmide est capable de persister dans les populations hôtes avec une stabilité presque similaire à celle d’un chromosome, grâce à un système de partitionnement et un système de contrôle du nombre de copies. La première partie de cet article décrit les propriétés du système de partitionnement comprenant deux protéines codées par le plasmide, Rep1 et Rep2, et un locus de partitionnement STB. Les preuves actuelles soutiennent un modèle dans lequel le système Rep-STB couple la ségrégation des plasmides à la ségrégation des chromosomes en favorisant l’association physique des molécules de plasmides avec les chromosomes. Dans la deuxième partie, l’accent est mis sur le système de recombinaison spécifique du site Flp logé par le plasmide, qui joue un rôle essentiel dans le maintien de l’état stable du nombre de copies du plasmide. Le système Flp corrige toute diminution de la population plasmidique en favorisant l’amplification du plasmide via un mécanisme de réplication en cercle roulant induit par la recombinaison. L’amplification appropriée du plasmide, sans augmentation incontrôlée du nombre de copies, est assurée par la régulation positive et négative de l’expression du gène FLP par des protéines codées par le plasmide et par le contrôle du niveau/de l’activité de Flp par la modification post-traductionnelle de Flp par le système de sumoylation cellulaire. Le système Flp a été utilisé avec succès pour comprendre les mécanismes de recombinaison spécifique au site et pour provoquer des modifications génétiques dirigées afin de résoudre des problèmes fondamentaux en biologie et d’atteindre des objectifs de bio-ingénierie. Une application particulièrement intéressante, et peut-être moins connue et sous-estimée, de Flp pour révéler les topologies uniques de l’ADN nécessaires pour conférer une compétence fonctionnelle aux machines ADN-protéines est discutée.