On dispose de peu d’informations certaines sur les premiers souverains du Magadha. Les sources les plus importantes sont le Canon Pāli bouddhiste, les Agamas jaïns et les Puranas hindous. Sur la base de ces sources, il semble que Magadha ait été gouverné par la dynastie Haryanka pendant environ 200 ans, vers 543 à 413 avant notre ère.
Gautama Bouddha, le fondateur du bouddhisme, a vécu une grande partie de sa vie dans le royaume de Magadha. Il a atteint l’illumination à Bodh Gaya, a donné son premier sermon à Sarnath et le premier conseil bouddhiste s’est tenu à Rajgriha.
Le Mahabharata hindou appelle Brihadratha le premier souverain du Magadha. Le roi Bimbisara de la dynastie Haryanka mène une politique active et expansive, conquérant le royaume d’Anga dans ce qui est aujourd’hui le Bengale occidental. Le roi Bimbisara est tué par son fils, le prince Ajatashatru. Le roi Pasenadi, roi du Kosala voisin et beau-frère du roi Bimbisara, reprit rapidement le don de la province de Kashi.
Les récits diffèrent légèrement quant à la cause de la guerre du roi Ajatashatru avec les Licchavi, une région située au nord du fleuve Gange. Il semble qu’Ajatashatru ait envoyé dans la région un ministre qui a travaillé pendant trois ans à saper l’unité des Licchavis. Pour lancer son attaque à travers le Gange, Ajatashatru a construit un fort dans la ville de Pataliputra. Déchirés par des désaccords, les Licchavis se sont battus avec Ajatashatru. Il fallut quinze ans à Ajatashatru pour les vaincre. Les textes jaïns racontent qu’Ajatashatru utilisait deux nouvelles armes : une catapulte et un char couvert avec une masse oscillante qui a été comparé à un char moderne. Pataliputra commença à se développer comme centre de commerce et devint la capitale de Magadha après la mort d’Ajatashatru.
La dynastie Haryanka fut renversée par la dynastie Shishunaga. Le dernier souverain Shishunaga, Kalasoka, fut assassiné par Mahapadma Nanda en 345 avant notre ère, le premier des « neuf Nandas », c’est-à-dire Mahapadma et ses huit fils.
En 326 avant notre ère, l’armée d’Alexandre s’approcha des frontières occidentales de Magadha. L’armée, épuisée et effrayée à la perspective d’affronter une autre armée indienne géante au Gange, se mutina à l’Hyphasis (la rivière Beas moderne) et refusa de marcher plus à l’est. Alexandre, après la rencontre avec son officier Coenus, fut persuadé qu’il valait mieux revenir et se tourna vers le sud, conquérant son chemin en descendant l’Indus jusqu’à l’océan.
Vers 321 BCE, la dynastie Nanda prend fin et Chandragupta Maurya devient le premier roi de la grande dynastie mauryenne et de l’Empire mauryan avec l’aide de Chanakya. L’empire s’étendit ensuite à la majeure partie de l’Asie du Sud sous le règne du roi Ashoka, d’abord connu sous le nom d' »Ashoka le cruel », mais qui devint ensuite un disciple du bouddhisme et fut connu sous le nom de « Dharma Ashoka ». Plus tard, l’empire mauryan a pris fin, tout comme les empires Shunga et Khārabēḷa, pour être remplacé par l’empire Gupta. La capitale de l’Empire Gupta est restée Pataliputra dans le Magadha.