El final de la guerra supuso el regreso de las fuerzas estadounidenses a Filipinas. Mientras que los Hukbalahap esperaban que se reconocieran sus esfuerzos de guerra y se les tratara como aliados, los estadounidenses, con la ayuda de los guerrilleros de la USAFFE y los antiguos miembros del PC, desarmaron por la fuerza a los escuadrones Huk mientras acusaban a otros guerrilleros de traición, sedición y actividad subversiva, lo que llevó a las detenciones de Luis Taruc y Casto Alejandrino en 1945, así como a incidentes como la masacre de 109 guerrilleros Huk en Malolos, Bulacan.
En septiembre de 1945, el presidente Sergio Osmeña liberó a Taruc, Alejandrino y otros líderes Huk de la prisión. El PKP, a través de los líderes Huk, disolvió entonces formalmente el movimiento y formó la Liga de Veteranos del Hukbalahap en un esfuerzo por conseguir el reconocimiento del Hukbalahap como movimiento guerrillero legítimo. Alejandrino fue su presidente nominal.
En 1946, los campesinos de Luzón Central apoyaron a los miembros de la Alianza Democrática en las elecciones de ese año, y seis candidatos acabaron ganando escaños en el Senado. Entre estos candidatos estaba Luis Taruc. Sin embargo, el gobierno les impidió sentarse en el Congreso, lo que no hizo sino exacerbar el sentimiento negativo entre los campesinos de Luzón Central. El nuevo gobierno de Roxas intentó un programa de pacificación, con la ayuda de Taruc, Alejandrino, Juan Feleo y otros representantes. Iban acompañados de guardias de la PM y funcionarios del gobierno para intentar pacificar a los grupos de campesinos, sin embargo esto no tuvo ningún tipo de éxito. A los pocos días de la llamada «tregua», la violencia volvió a estallar en Luzón Central. Taruc y otros afirmaron que los guardias civiles y los funcionarios del gobierno estaban «saboteando el proceso de paz».
El 24 de agosto de 1946, Feleo fue detenido por una gran banda de «hombres armados con uniformes de fatiga» en Gapan, Nueva Écija. Tenia planeado presentar las preocupaciones de los campesinos al Secretario del Interior Jose Zulueta, antes de que fuera capturado y asesinado. Miles de veteranos Huk y miembros del PKM estaban seguros de que Feleo había sido asesinado por los terratenientes, o posiblemente por la propia administración Roxas. El incidente llevó a Taruc a unirse a los campesinos y a reavivar la insurrección. El gobierno de Roxas ilegalizó el Hukbalahap el 6 de marzo de 1948.
En 1949, los miembros del Hukbalahap tendieron una emboscada y asesinaron a Aurora Quezon, presidenta de la Cruz Roja filipina y viuda del segundo presidente de Filipinas, Manuel L. Quezon, cuando se dirigía a su ciudad natal para la inauguración del Quezon Memorial Hospital. También murieron varias personas, entre ellas su hija mayor y su yerno. Este atentado provocó la condena mundial de los hukbalahaps, que afirmaron que el ataque fue realizado por miembros «renegados». La continua condena y las nuevas causas del movimiento en la posguerra hicieron que los líderes huk adoptaran un nuevo nombre, «Hukbong Mapagpalaya ng Bayan» o «Ejército de Liberación del Pueblo» en 1950.
Las simpatías del público por el movimiento habían ido disminuyendo debido a sus ataques de posguerra. Los Huks llevaron a cabo una campaña de asaltos, atracos, robos, emboscadas, asesinatos, violaciones, masacres de pequeños pueblos, secuestros e intimidaciones. Los huks confiscaron fondos y propiedades para mantener su movimiento y se apoyaron en los organizadores de las pequeñas aldeas para obtener apoyo político y material. El movimiento Huk se extendió principalmente en las provincias centrales de Nueva Écija, Pampanga, Tarlac, Bulacan, y en Nueva Vizcaya, Pangasinan, Laguna, Bataan y Quezon.
Un movimiento importante en la campaña contra los Huks fue el despliegue de unidades especiales de contraguerrilla de cazadores. La unidad «Nenita» (1946-1949) fue la primera de estas fuerzas especiales cuya misión principal era eliminar a los Huks. La Fuerza Nenita estaba comandada por el Mayor Napoleón Valeriano. Las tácticas de terror de Nenita, que no sólo se cometían contra los disidentes, sino también contra las personas respetuosas de la ley, ayudaron a veces a los Huks a ganar adeptos.
En julio de 1950, el mayor Valeriano asumió el mando del Equipo de Combate del 7º Batallón (BCT) de élite en Bulacan. El 7º BCT desarrollaría una reputación hacia el empleo de una estrategia de contrainsurgencia más amplia y menos convencional y redujo la brutalidad aleatoria contra la población civil.
En junio de 1950, la alarma estadounidense por la rebelión Huk durante la Guerra Fría hizo que el presidente Truman aprobara una asistencia militar especial que incluía el asesoramiento militar, la venta a precio de coste de equipos militares a Filipinas y la ayuda financiera bajo el Grupo de Asesoramiento Militar Conjunto de Estados Unidos (JUSMAG). El 26 de agosto de 1950, en una «celebración del aniversario» del Grito de Pugad Lawin, los huks se apoderaron temporalmente de Santa Cruz, Laguna, y de Camp Makabulos, Tarlac, confiscando dinero, alimentos, armas, municiones, ropa, medicinas y material de oficina:85-86 En septiembre de 1950, el antiguo guerrillero de la USAFFE, Ramón Magsaysay, fue nombrado Ministro de Defensa Nacional por consejo de los estadounidenses. Con la Rebelión Huk creciendo en fuerza y la situación de seguridad en las Filipinas llegando a estar seriamente amenazada, Magsaysay instó al Presidente Elpidio Quirino a suspender la orden de habeas corpus mientras durara la campaña Huk. El 18 de octubre de 1950, Magsaysay capturó el Secretariado, incluido el secretario general José Lava, tras la captura anterior del Politburó en Manila.:90
La ayuda estadounidense permitió a Magsaysay crear más BCT, elevando el total a veintiséis. En 1951, los efectivos del ejército habían aumentado en un 60 por ciento respecto al año anterior, con 1.047 hombres de BCT. Las principales campañas militares ofensivas contra los Huks fueron llevadas a cabo por el 7º, 16º, 17º y 22º BCT.
Otro esfuerzo importante contra los Huks fue la Operación «Knockout» de la Fuerza de Tarea Panay (compuesta por el 15º BCT, algunos elementos del 9º BCT y los comandos de la Policía Filipina de Iloilo, Capiz y Antique) bajo el mando del Coronel Alfredo M. Santos. La Operación llevó a cabo un ataque por sorpresa contra Guillermo Capadocia, comandante del Mando Regional Huk en las Visayas, antiguo Secretario General y uno de los fundadores del PKP. El golpe maestro de Santos fue el reclutamiento de Pedro Valentín, un líder local de la montaña que conocía la gente y el terreno como la palma de su mano. Capadocia murió en Panay,:98 de heridas de batalla, el 20 de septiembre de 1952.
En 1954, el teniente coronel Laureño Maraña, antiguo jefe de la Fuerza X de la 16ª Compañía PC, asumió el mando de la 7ª BCT, que se había convertido en una de las fuerzas de ataque más móviles de las fuerzas terrestres filipinas contra los Huks, de manos de Valeriano, que ahora era coronel. La Fuerza X empleó la guerra psicológica a través de la inteligencia de combate y la infiltración que se basó en el secreto en la planificación, el entrenamiento y la ejecución del ataque. Las lecciones aprendidas de la Fuerza X y de Nenita se combinaron en el 7º BCT.
Con las campañas antidisidencia contra los Huks, éstos contaban con menos de 2.000 personas en 1954 y sin la protección y el apoyo de los partidarios locales, la resistencia activa de los Huk ya no representaba una amenaza seria para la seguridad filipina. Desde febrero hasta mediados de septiembre de 1954, se llevó a cabo la mayor operación contra los huk, la «Operación Relámpago», que tuvo como resultado la rendición de Luis Taruc el 17 de mayo. Otras operaciones de limpieza de los guerrilleros restantes duraron todo el año 1955, disminuyendo su número a menos de 1.000 a finales de año.