Denne underafdeling af afsnittet Funktion angiver placeringen og typen af hvert DNA-bindingsdomæne i proteinet.
Vi annoterer eksperimentelt definerede DNA-bindende domæner og konserverede DNA-bindende domæner defineret af InterPro-ressourcerne PROSITE, Pfam og SMART; eksempler omfatter AP2/ERF-domænet, ETS-domænet, Fork-Head-domænet, HMG-boksen og Myb-domænet.
Forudsagte DNA-bbindende domæner
Eksempler: P10103, P46200, Q9SGJ6, P14921, P55317, P30658
Særlige typer af DNA-bindingsdomæner
a. bHLH- og bZIP-proteiner
For så vidt angår basiske helix-loop-helix- (bHLH) og basiske leucin-zipper- (bZIP) domæner, beskriver vi de C-terminale HLH- og leucin-zipper-motiver separat i underafsnittet Domæne i afsnittet “Familie og domæner”. Den N-terminale basisregion for disse domæner er beskrevet i underafsnittet ‘DNA-binding’.
For bHLH-proteiner er basisregionen normalt direkte efterfulgt af HLH-domænet i sekvensen.
Eksempel: P35869
I bZIP-proteiner efterfølges basisregionen af leucin-zipper-domænet, der er karakteriseret ved et LXXXXXXXXL-motiv, og begynder med de første Leu/Ile- og slutter med de sidste Leu/Ile-rester.
Eksempler: P18289, P15407
b. Homeobox-proteiner
Homeobox-proteiner udgør en stor familie, som indeholder flere undertyper. Når en homeobox tilhører en undertype, er den angivet i feltet “Beskrivelse” efter “Homeobox” med et semikolon foran.
Eksempler: Q9H2P0, O81788, Q90655, P20823
Når en bestemt homeobox er ufuldstændig eller afviger væsentligt fra konsensus, kan den annoteres som enten “partiel” eller “atypisk”.
Eksempler: Q6WRX8, Q8MJD5
Eksperimentelt bestemte DNA-bindende domæner
Når et DNA-bindende domæne er blevet identificeret eksperimentelt, men ikke svarer til et domæne, der er modelleret af en InterPro-ressource, angives det simple faktum, at domænet eksisterer, men der gives ingen særlig beskrivelse.
Eksempel: P13574
Sådanne domæner overføres til nærtstående arter ved hjælp af “By similarity”-kvalificeringen.
Eksempel: Q08400
Related keywords:
DNA-binding
Homeobox
See also:
Domain
Motif
Region
Repeat
Zinc finger