Mit dem Ende des Krieges kehrten die amerikanischen Streitkräfte auf die Philippinen zurück. Während die Hukbalahap erwarteten, dass ihre Kriegsanstrengungen anerkannt und als Verbündete behandelt würden, entwaffneten die Amerikaner mit Hilfe der USAFFE-Guerillas und ehemaliger PC-Mitglieder gewaltsam die Huk-Staffeln und beschuldigten andere Guerillas des Verrats, der Aufwiegelung und subversiver Aktivitäten, was 1945 zur Verhaftung von Luis Taruc und Casto Alejandrino sowie zu Vorfällen wie dem Massaker an 109 Huk-Guerillas in Malolos, Bulacan, führte.
Im September 1945 entließ Präsident Sergio Osmeña Taruc, Alejandrino und andere Huk-Führer aus dem Gefängnis. Die PKP löste daraufhin über die Huk-Führer die Bewegung formell auf und gründete die Hukbalahap Veterans‘ League, um die Anerkennung der Hukbalahap als legitime Guerillabewegung zu erreichen. Alejandrino war ihr nomineller Vorsitzender.
Im Jahr 1946 unterstützten die Bauern in Zentral-Luzon bei den Wahlen Mitglieder der Demokratischen Allianz, von denen sechs Kandidaten schließlich Sitze im Senat erhielten. Zu diesen Kandidaten gehörte auch Luis Taruc. Sie wurden jedoch von der Regierung daran gehindert, in den Kongress einzuziehen, was die negative Stimmung unter den Bauern in Zentral-Luzon nur noch verstärkte. Die neue Regierung Roxas versuchte, mit Hilfe von Taruc, Alejandrino, Juan Feleo und anderen Abgeordneten ein Befriedungsprogramm durchzuführen. Sie wurden von MP-Wachen und Regierungsbeamten begleitet, um die Bauerngruppen zu befrieden, was jedoch keinen Erfolg brachte. Wenige Tage nach dem so genannten „Waffenstillstand“ brach die Gewalt in Zentral-Luzon erneut aus. Taruc und andere behaupteten, dass Zivilgardisten und Regierungsbeamte „den Friedensprozess sabotierten“.
Am 24. August 1946 wurde Feleo von einer großen Gruppe „bewaffneter Männer in Ermüdungsuniformen“ in Gapan, Nueva Ecija, aufgehalten. Er hatte vor, dem Innenminister Jose Zulueta die Anliegen der Bauern vorzutragen, bevor er festgenommen und getötet wurde. Tausende von Huk-Veteranen und PKM-Mitgliedern waren sich sicher, dass Feleo von Großgrundbesitzern oder möglicherweise von der Regierung Roxas selbst ermordet wurde. Der Vorfall führte dazu, dass Taruc sich den Bauern anschloss und den Aufstand neu entfachte. Die Regierung Roxas verbot daraufhin die Hukbalahap am 6. März 1948.
1949 überfielen und ermordeten Mitglieder der Hukbalahap Aurora Quezon, die Vorsitzende des philippinischen Roten Kreuzes und Witwe des zweiten Präsidenten der Philippinen, Manuel L. Quezon, als sie auf dem Weg in ihre Heimatstadt war, um das Quezon Memorial Hospital einzuweihen. Mehrere andere Personen wurden ebenfalls getötet, darunter ihre älteste Tochter und ihr Schwiegersohn. Dieser Anschlag führte zu einer weltweiten Verurteilung der Hukbalahaps, die behaupteten, der Anschlag sei von „abtrünnigen“ Mitgliedern verübt worden. Die anhaltende Verurteilung und die neuen Nachkriegsgründe der Bewegung veranlassten die Huk-Führer 1950, sich einen neuen Namen zu geben, nämlich „Hukbong Mapagpalaya ng Bayan“ oder „Volksbefreiungsarmee“.
Die Sympathien der Öffentlichkeit für die Bewegung hatten aufgrund ihrer Nachkriegsanschläge nachgelassen. Die Huks führten eine Kampagne mit Überfällen, Raubüberfällen, Hinterhalten, Mord, Vergewaltigung, Massakern in kleinen Dörfern, Entführungen und Einschüchterungen durch. Die Huk beschlagnahmten Gelder und Eigentum, um ihre Bewegung aufrechtzuerhalten, und stützten sich auf kleine Dorforganisationen, um politische und materielle Unterstützung zu erhalten. Die Huk-Bewegung war hauptsächlich in den zentralen Provinzen Nueva Ecija, Pampanga, Tarlac, Bulacan sowie in Nueva Vizcaya, Pangasinan, Laguna, Bataan und Quezon verbreitet.
Eine wichtige Maßnahme im Kampf gegen die Huks war der Einsatz von Spezialeinheiten zur Bekämpfung der Guerilla. Die „Nenita“-Einheit (1946-1949) war die erste dieser Spezialeinheiten, deren Hauptaufgabe darin bestand, die Huks zu eliminieren. Die Nenita-Truppe stand unter dem Kommando von Major Napoleon Valeriano. Die Terrortaktik der Nenita, die sich nicht nur gegen Dissidenten, sondern auch gegen gesetzestreue Bürger richtete, trug manchmal dazu bei, dass die Huks dadurch Anhänger gewannen.
Im Juli 1950 übernahm Major Valeriano das Kommando über das Elitebataillon 7th Battalion Combat Team (BCT) in Bulacan. Das 7th BCT sollte sich den Ruf erwerben, eine umfassendere, unkonventionellere Aufstandsbekämpfungsstrategie anzuwenden und die willkürliche Brutalität gegen die Zivilbevölkerung zu verringern.
Im Juni 1950 veranlasste die amerikanische Besorgnis über den Huk-Aufstand während des Kalten Krieges Präsident Truman dazu, eine besondere Militärhilfe zu genehmigen, die militärische Beratung, den Verkauf von militärischer Ausrüstung zum Selbstkostenpreis an die Philippinen und finanzielle Hilfe im Rahmen der Joint United States Military Advisory Group (JUSMAG) umfasste. Am 26. August 1950 beschlagnahmten die Huk vorübergehend Santa Cruz in Laguna und Camp Makabulos in Tarlac und konfiszierten Geld, Lebensmittel, Waffen, Munition, Kleidung, Medikamente und Büromaterial:85-86 Im September 1950 wurde der ehemalige USAFFE-Guerillero Ramon Magsaysay auf Anraten der Amerikaner zum Minister für nationale Verteidigung ernannt. Da der Huk-Aufstand an Stärke zunahm und die Sicherheitslage auf den Philippinen ernsthaft bedroht war, drängte Magsaysay Präsident Elpidio Quirino, das Habeas-Corpus-Gesetz für die Dauer der Huk-Kampagne auszusetzen. Am 18. Oktober 1950 nahm Magsaysay das Sekretariat einschließlich des Generalsekretärs Jose Lava ein, nachdem er zuvor bereits das Politbüro in Manila eingenommen hatte.90
Mit amerikanischer Hilfe konnte Magsaysay weitere BCTs aufstellen, so dass sich die Gesamtzahl auf sechsundzwanzig erhöhte. Bis 1951 war die Stärke der Armee mit 1.047 Mann BCTs um 60 Prozent gegenüber dem Vorjahr gestiegen. Größere militärische Offensivkampagnen gegen die Huks wurden vom 7., 16., 17. und 22. BCT durchgeführt.
Ein weiterer großer Einsatz gegen die Huks war die Operation „Knockout“ der Panay Task Force (bestehend aus dem 15. BCT, einigen Elementen des 9. BCT und den philippinischen Polizeikommandos von Iloilo, Capiz und Antique) unter dem Kommando von Colonel Alfredo M. Santos. Die Operation war ein Überraschungsangriff auf Guillermo Capadocia, den Befehlshaber des Huk-Regionalkommandos in den Visayas, den ehemaligen Generalsekretär und einen der Gründer der PKP. Santos‘ Meisterleistung war die Rekrutierung von Pedro Valentin, einem lokalen Bergführer, der die Menschen und das Terrain wie seine Westentasche kannte. Capadocia starb am 20. September 1952 auf Panay, 98 Jahre alt, an seinen Kriegsverletzungen.
1954 übernahm Oberstleutnant Laureño Maraña, der frühere Leiter der Force X der 16. PC-Kompanie, von Valeriano, der inzwischen Oberst war, das Kommando über das 7. BCT, das zu einer der mobilsten Kampftruppen der philippinischen Bodentruppen gegen die Huks geworden war. Force X setzte psychologische Kriegsführung durch Kampfaufklärung und Infiltration ein, die auf Geheimhaltung bei der Planung, Ausbildung und Durchführung von Angriffen beruhte. Die Lektionen, die Force X und Nenita gelernt hatten, wurden im 7. BCT kombiniert.
Durch die umfassenden Anti-Dissidenz-Kampagnen gegen die Huk zählten sie 1954 weniger als 2.000 Mitglieder, und ohne den Schutz und die Unterstützung lokaler Anhänger stellte der aktive Huk-Widerstand keine ernsthafte Bedrohung mehr für die philippinische Sicherheit dar. Von Februar bis Mitte September 1954 wurde die größte Anti-Huk-Operation, „Operation Thunder-Lightning“, durchgeführt, die am 17. Mai zur Kapitulation von Luis Taruc führte. Weitere Säuberungsaktionen der verbliebenen Guerillas dauerten das ganze Jahr 1955 hindurch an und ließen ihre Zahl bis zum Jahresende auf weniger als 1.000 sinken.