Koncem války se na Filipíny vrátily americké jednotky. Zatímco Hukbalahap očekávali, že jejich válečné úsilí bude uznáno a bude s nimi zacházeno jako se spojenci, Američané s pomocí partyzánů USAFFE a bývalých členů PC násilně odzbrojili hukské oddíly a zároveň obvinili ostatní partyzány ze zrady, vzpoury a podvratné činnosti, což vedlo v roce 1945 k zatčení Luise Taruce a Casto Alejandrina a také k incidentům, jako byl masakr 109 hukských partyzánů v Malolosu v Bulacanu.
V září 1945 prezident Sergio Osmeña propustil Taruca, Alejandrina a další vůdce Huk z vězení. PKP poté prostřednictvím vůdců Huk hnutí formálně rozpustila a vytvořila Ligu veteránů Hukbalahap ve snaze dosáhnout uznání Hukbalahap jako legitimního partyzánského hnutí. Alejandrino byl jejím nominálním předsedou.
V roce 1946 rolníci ve středním Luzonu podpořili ve volbách toho roku členy Demokratické aliance, přičemž šest kandidátů nakonec získalo křesla v Senátu. Mezi těmito kandidáty byl i Luis Taruc. Vláda jim však zabránila zasednout v Kongresu, což jen prohloubilo negativní nálady mezi rolníky ve Středním Luzonu. Nová Roxasova vláda se s pomocí Taruca, Alejandrina, Juana Felea a dalších představitelů pokusila o pacifikační program. Ti se měli v doprovodu poslanecké gardy a vládních úředníků pokusit zpacifikovat skupiny rolníků, což však nevedlo k žádnému úspěchu. Během několika dní po takzvaném „příměří“ ve středním Luzonu opět propukly násilnosti. Taruc a další tvrdili, že civilní stráže a vládní úředníci „sabotují mírový proces“.
Dne 24. srpna 1946 byl Feleo v Gapanu v Nueva Ecija zastaven početnou skupinou „ozbrojených mužů v únavových uniformách“. Než byl zajat a zabit, měl v plánu přednést ministru vnitra Josému Zuluetovi obavy rolníků. Tisíce veteránů z Huk a členů PKM si byly jisté, že Felea zavraždili statkáři, případně sama Roxasova administrativa. Tento incident vedl k tomu, že se Taruc přidal k rolníkům a znovu rozpoutal povstání. Roxasova administrativa pak 6. března 1948 postavila Hukbalahap mimo zákon.
V roce 1949 členové Hukbalahap přepadli a zavraždili Auroru Quezonovou, předsedkyni filipínského Červeného kříže a vdovu po druhém filipínském prezidentovi Manuelu L. Quezonovi, když byla na cestě do svého rodného města na slavnostní vysvěcení Quezon Memorial Hospital. Několik dalších osob bylo rovněž zabito, včetně její nejstarší dcery a zetě. Tento útok přinesl celosvětové odsouzení hukbalaapů, kteří tvrdili, že útok provedli „odpadlíci“. Přetrvávající odsouzení a nové poválečné příčiny hnutí přiměly vůdce Huků, aby v roce 1950 přijali nový název „Hukbong Mapagpalaya ng Bayan“ neboli „Lidová osvobozenecká armáda“.
Sympatie veřejnosti k hnutí kvůli jejich poválečným útokům slábly. Huksové prováděli kampaň nájezdů, přepadení, loupeží, přepadení, vražd, znásilňování, masakrování malých vesnic, únosů a zastrašování. Huksové zabavovali finanční prostředky a majetek, aby udrželi své hnutí, a spoléhali se na politickou a materiální podporu malých vesnických organizátorů. Hnutí Huků bylo rozšířeno především v centrálních provinciích Nueva Ecija, Pampanga, Tarlac, Bulacan a v Nueva Vizcaya, Pangasinan, Laguna, Bataan a Quezon.
Důležitým pohybem v kampani proti Hukům bylo nasazení speciálních jednotek lovců-zabijáků proti guerille. Jednotka „Nenita“ (1946-1949) byla první takovou speciální jednotkou, jejímž hlavním úkolem bylo likvidovat Húky. Jednotce Nenita velel major Napoleon Valeriano. Teroristická taktika Nenity, která byla uplatňována nejen vůči disidentům, ale také vůči lidem dodržujícím zákony, někdy v důsledku pomohla Hukům získat příznivce.
V červenci 1950 převzal major Valeriano velení elitní 7. praporní bojové skupiny (BCT) v Bulacanu. Sedmý BCT si měl vybudovat pověst směrem k uplatňování komplexnější a nekonvenčnější strategie boje proti povstalcům a omezit nahodilou brutalitu vůči civilnímu obyvatelstvu.
V červnu 1950 přimělo americké znepokojení nad povstáním Huků v době studené války prezidenta Trumana ke schválení zvláštní vojenské pomoci, která zahrnovala vojenské poradenství, prodej vojenského vybavení Filipínám za cenu nákladů a finanční pomoc v rámci Společné vojenské poradní skupiny Spojených států (JUSMAG). Dne 26. srpna 1950, v rámci „oslav výročí“ výkřiku Pugad Lawin, Huksové dočasně obsadili Santa Cruz v Laguně a tábor Makabulos v Tarlacu a zabavili peníze, potraviny, zbraně, munici, oblečení, léky a kancelářské potřeby:85-86. V září 1950 byl na základě amerického doporučení jmenován ministrem národní obrany bývalý partyzán USAFFE Ramon Magsaysay. Vzhledem k tomu, že povstání Huků nabývalo na síle a bezpečnostní situace na Filipínách začala být vážně ohrožena, vyzval Magsaysay prezidenta Elpidia Quirina, aby po dobu trvání kampaně Huků pozastavil platnost soudního příkazu habeas corpus. Dne 18. října 1950 Magsaysay obsadil sekretariát včetně generálního tajemníka Josého Lavy, čímž navázal na předchozí obsazení politbyra v Manile. 90
Americká pomoc umožnila Magsaysayovi vytvořit další BCT, takže celkový počet dosáhl dvaceti šesti. Do roku 1951 se početní stav armády oproti předchozímu roku zvýšil o 60 % a BCT čítaly 1 047 mužů. Hlavní vojenské ofenzivní kampaně proti Hukům vedly 7., 16., 17. a 22. BCT.
Další významnou akcí proti Hukům byla operace „Knockout“ Panay Task Force (složená z 15. BCT, některých prvků 9. BCT a filipínských policejních velitelství Iloilo, Capiz a Antique) pod velením plukovníka Alfreda M. Santose. Operace provedla překvapivý útok na Guillerma Capadocia, velitele regionálního velitelství Huk na Visayas, někdejšího generálního tajemníka a jednoho ze zakladatelů PKP. Santosovým mistrovským kouskem bylo naverbování Pedra Valentina, místního horského vůdce, který znal lidi a terén jako své boty. Capadocia zemřel na ostrově Panay:98 na následky zranění v boji 20. září 1952.
V roce 1954 převzal velení 7. BCT, která se stala jednou z nejmobilnějších úderných sil filipínských pozemních sil proti Hukům, od Valeriana, který byl nyní plukovníkem, podplukovník Laureño Maraña, bývalý velitel Force X 16. roty PK. Force X používala psychologickou válku prostřednictvím bojového zpravodajství a infiltrace, která se opírala o utajení při plánování, výcviku a provádění útoku. Poznatky získané od Force X a Nenita byly zkombinovány v 7. BCT.
Díky totálnímu protidisidentskému tažení proti Hukům jich v roce 1954 bylo méně než 2 000 a bez ochrany a podpory místních příznivců již aktivní odpor Huků nepředstavoval vážnou hrozbu pro filipínskou bezpečnost. Od února do poloviny září 1954 probíhala největší protihucká operace „Operace Thunder-Lightning“, jejímž výsledkem byla 17. května kapitulace Luise Taruce. Další operace na vyčištění zbývajících partyzánů trvaly po celý rok 1955 a do konce roku se jejich počet snížil na méně než 1 000.
.