Den største del af endospermen består af celler med et højt indhold af stivelse og lidt zeinprotein. Stivelsen er sammensat af to typer molekyler, amylose og amylopektin. Amylose består af uforgrenede strenge af glukosemolekyler, mens amylopektinmolekyler er forgrenede strenge af glukoseenheder. Denne molekylære strukturelle forskel påvirker de forarbejdede fødevareanvendelser af majsstivelse. Amylose-molekyler opløses lettere i varmt vand og danner ikke en pasta, mens amylopektin har tendens til at gelere lettere. Amylose-molekyler farves blåt i jod, mens amylose-molekylerne ikke farves i jod. Endospermen i de fleste majssorter farves blå på grund af tilstedeværelsen af amylose, selv om den måske kun udgør 25 % af den samlede stivelse i endospermen.
Det recessive mutantgen waxy (wx) hæmmer produktionen af amylose-molekyler. Dette resulterer i produktion af total amylopektinstivelse. Den er let identificerbar ved jodreaktionen. Da genet er recessivt, skal det være til stede i både den kvindelige og den mandlige forælder til hybridfrøet, hvilket kræver isolering fra kontaminering under forøgelsen af forælderfrø, hybridfrø og kornproduktion. Det recessive gen amylose extender (ae) øger i høj grad amylose-delen af endospermets stivelse. Dette kræver også isolation i alle trin fra frø til kornproduktion for at opretholde det højeste amyloseindhold. Begge typer stivelse påvirker den endelige anvendelse af majskorn, lige fra fordøjelighed for dyr til industriel forarbejdning. Enzymet amylase vil fordøje amylose og den lige kædekomponent af amylopektinmolekyler, men ikke grenene.
Tre sukkermajsgener (sugary, sugary-enhanced, shrunken-2) hæmmer eller forsinker dannelsen af stivelse i endospermen. De anvendes alene og i kombination til sukkermajsvarianter.
Det vigtigste protein i endospermcellerne er zein. Det syntetiseres i det endoplasmatiske retikulum i endospermcellerne, idet aminosyrer forbindes til store molekyler. Kernenes hårdhed er knyttet til disse molekylers struktur, mængde og form. Der er blevet identificeret mange mutationer, som påvirker aminosyreindholdet i zeinproteinet. Det recessive gen opague-2(o2) for inddragelse af aminosyrer med højt indhold af lysin i zein er nyttigt for at tilvejebringe en essentiel aminosyre til dyrefoder. Desværre går det ud over kornets hårdhed. En anden mutant kaldet floury-2 (fl2) øger methioninaminosyreindholdet i zein. Begge disse gener er recessive og kræver derfor isolation for at sikre renhed. Begge disse gener påvirker kernehårdheden og kan således påvirke forarbejdningen af korn.
Mennesker har i lang tid foretaget kornudvælgelse for gener, der passer til deres brug og kulturer. Selektionerne har omfattet endospermgenetik.