Bioinformatik og computationel biologi = det samme? Nej.

Jeg brugte de første 15 år af mit professionelle liv uvillig til at erkende en forskel mellem bioinformatik og computational biology. Det var ikke fordi jeg ikke mente, at der var eller kunne være en forskel, men fordi jeg mente, at forskellen ikke var væsentlig. Jeg har ændret min holdning til dette. Jeg mener nu, at de er meget forskellige og værd at skelne mellem dem. For mig,

Computational biology = studiet af biologi ved hjælp af computerteknikker. Målet er at lære ny biologi, viden om levende systemer. Det drejer sig om videnskab.

Bioinformatik = skabelse af værktøjer (algoritmer, databaser), der løser problemer. Målet er at skabe nyttige værktøjer, der arbejder med biologiske data. Det handler om ingeniørvidenskab.

Al dette blev vigtigt for mig, da jeg endelig kom ind på en bioteknisk afdeling, og jeg blev tvunget til at spørge mig selv, om jeg var videnskabsmand eller ingeniør. Jeg er begge dele, og nu har jeg fred.

Når jeg opbygger en metode (som regel som software og sammen med mine medarbejdere, studerende, postdocs – jeg gør det desværre aldrig selv længere), er jeg i gang med en ingeniørmæssig aktivitet: Jeg designer den til at have visse præstationsegenskaber, jeg bygger den ved hjælp af bedste ingeniørpraksis, jeg validerer, at den fungerer efter hensigten, og jeg skaber den for at løse ikke blot et enkelt problem, men en klasse af lignende problemer, som alle bør kunne løses med softwaren. Derefter skriver jeg artikler om metoden, og det er tekniske artikler. Dette er bioinformatik.

Når jeg bruger min metode (eller andres) til at besvare et biologisk spørgsmål, laver jeg videnskab. Jeg lærer ny biologi. Succeskriterierne har meget lidt at gøre med de beregningsværktøjer, jeg anvender, og handler udelukkende om, hvorvidt den nye biologi er sand og er blevet valideret på passende vis og i overensstemmelse med de standarder for beviser, der forventes i det biologiske samfund. De artikler, der bliver resultatet, rapporterer om ny biologisk viden og er videnskabelige artikler. Dette er computational biology.

Som jeg ser på mit offentliggjorte arbejde, har jeg altid forsøgt at afbalancere publikationerne i biologiske/medicinske tidsskrifter og dem i tekniske/informatiske tidsskrifter. Det er egentlig en æstetik, der er ingen grund til, at man skal føle sig tvunget til at gøre dette. Men det er nyttigt at vide, hvornår man laver biologi, og hvornår man laver noget andet. Jeg formoder, at nogen kan argumentere imod min brug af begrebet “bioinformatik” som en ingeniørdisciplin. Det er fint – jeg er åben over for en anden betegnelse. Men jeg vil gerne spørge, hvorfor bioinformatik ikke er godt. Jeg mener, at computational biology er mere solidt – “biologi” er klart substantivet, og “computational” er klart adjektivet.