Der findes kun få sikre oplysninger om de tidlige herskere i Magadha. De vigtigste kilder er den buddhistiske Pāli-kanon, Jain Agama’erne og de hinduistiske puranaer. Baseret på disse kilder ser det ud til, at Magadha blev regeret af Haryanka-dynastiet i ca. 200 år, ca. 543 til 413 fvt.
Gautama Buddha, grundlæggeren af buddhismen, levede en stor del af sit liv i kongeriget Magadha. Han opnåede oplysning i Bodh Gaya, holdt sin første prædiken i Sarnath, og det første buddhistiske råd blev afholdt i Rajgriha.
Den hinduistiske Mahabharata kalder Brihadratha for den første hersker i Magadha. Kong Bimbisara fra Haryanka-dynastiet førte en aktiv og ekspansiv politik og erobrede kongeriget Anga i det nuværende Vestbengalen. Kong Bimbisara blev dræbt af sin søn, prins Ajatashatru. Kong Pasenadi, konge af nabokongen Kosala og svoger til kong Bimbisara, genoptog straks gaven af Kashi-provinsen.
Oberetningerne er lidt forskellige med hensyn til årsagen til kong Ajatashatru’s krig mod Licchavi, et område nord for Ganges-floden. Det ser ud til, at Ajatashatru sendte en minister til området, som i tre år arbejdede på at underminere Licchavis enhed. For at indlede sit angreb på den anden side af Ganges-floden byggede Ajatashatru et fort ved byen Pataliputra. Splittet af uoverensstemmelser kæmpede Licchavis med Ajatashatru. Det tog femten år for Ajatashatru at besejre dem. Jain-tekster fortæller, hvordan Ajatashatru brugte to nye våben: en katapult og en overdækket stridsvogn med svingende stridskølle, der er blevet sammenlignet med en moderne kampvogn. Pataliputra begyndte at vokse som et handelscentrum og blev hovedstad i Magadha efter Ajatashatru’s død.
Haryanka-dynastiet blev styrtet af Shishunaga-dynastiet. Den sidste Shishunaga-hersker, Kalasoka, blev myrdet af Mahapadma Nanda i 345 f.v.t., den første af de såkaldte “ni Nanda’er”, dvs. Mahapadma og hans otte sønner.
I 326 f.v.t. nærmede Alexanders hær sig Magadhas vestlige grænser. Hæren, der var udmattet og skræmt ved udsigten til at stå over for en anden gigantisk indisk hær ved Ganges, gjorde mytteri ved Hyphasis (den moderne Beas-floden) og nægtede at marchere videre mod øst. Alexander blev efter mødet med sin officer Coenus overbevist om, at det var bedre at vende tilbage, og han vendte sig sydpå og erobrede sin vej ned ad Indus til Oceanet.
Omkring 321 fvt. sluttede Nanda-dynastiet, og Chandragupta Maurya blev den første konge af det store Mauryan-dynasti og Mauryan imperium med hjælp fra Chanakya. Riget udvidede sig senere over det meste af Sydasien under kong Ashoka, der i begyndelsen var kendt som “Ashoka den grusomme”, men senere blev en discipel af buddhismen og blev kendt som “Dharma Ashoka”. Senere ophørte Mauryan imperiet, ligesom Shunga og Khārabēḷa imperierne, for at blive erstattet af Gupta imperiet. Gupta-rigets hovedstad forblev Pataliputra i Magadha.