Restauração
Os objetivos do Plano de Conservação de Peixes Nativos de Yellowstone (2010) incluem a recuperação da abundância de YCT no lago para aquele documentado no final dos anos 90, mantendo o acesso para desova de YCT em pelo menos 45 dos 59 tributários históricos de desova do lago de Yellowstone, e mantendo ou restaurando geneticamente YCT puro na extensão atual dos córregos ocupados por YCT puro ou híbrido.
Lamar River
Porque não existem barreiras à migração dos peixes a montante no rio Lamar, os descendentes de trutas arco-íris povoadas nos anos 30 espalharam-se por muitos locais da bacia hidrográfica e hibridizaram-se com trutas de garganta cortada. Análises genéticas indicam que a truta-garganta-frisada nas cabeceiras do rio Lamar permanece geneticamente inalterada.
Para proteger a restante truta-garganta-frisada de Yellowstone, o NPS implementou uma abordagem de remoção selectiva. Em 2014 foi instituído um regulamento obrigatório de pesca mortal em todas as trutas capturadas a montante da ponte do rio Lamar. Atualmente os regulamentos estabelecem que todos os peixes não nativos e híbridos identificáveis de trutas arco-íris x garganta-íris a montante das Cataratas do Knowles devem ser mortos. A remoção seletiva por eletropesca tem sido realizada anualmente através do Vale Lamar desde 2013. Em 2019, 7% dos peixes amostrados durante os levantamentos por eletropesca a montante do Canyon do Rio Lamar foram classificados como trutas arco-íris ou híbridas. Esta baixa percentagem é um forte contraste com o trabalho realizado a jusante do Canyon.
Em 2015, 136 peixes foram amostrados a jusante da ponte do rio Lamar. Com base na identificação do campo, 48% eram trutas de garganta cortada de Yellowstone, 19% eram trutas arco-íris, e 31% eram híbridos. A maioria destes peixes foram marcados com radiotransmissores ou transponder passivo integrado (PIT) como parte de um projecto de investigação em curso para determinar se a garganta de corte de Yellowstone, arco-íris e truta híbrida estão a usar as mesmas áreas para desovar e desovar e para informar acções de gestão.
Slough Creek
In Slough Creek, foram encontrados híbridos de truta arco-íris com frequência crescente durante a última década. Ao contrário do rio Lamar, Slough Creek é menor, e uma barreira ao movimento dos peixes a montante foi construída. Com uma barreira no local e a truta arco-íris já não permite a passagem para o sistema, as trutas híbridas e arco-íris existentes podem ser efectivamente geridas com a remoção da pesca à linha e electropesca.
Soda Butte Creek
Truta das torres de Soda Butte Creek estabeleceu-se fora dos limites do parque e espalhou-se a jusante em águas do parque no início dos anos 2000. Inicialmente, a truta do riacho foi isolada na água da nascente por uma barreira química criada pela contaminação da mina a montante da cidade de Cooke, Montana. Quando os rejeitos da mina foram selados e a qualidade da água melhorou, a truta-das-fontes passou para jusante e começou a ter um impacto negativo na truta-garganta.
Durante quase duas décadas, os levantamentos eletro pesqueiros entre agências foram suficientes para manter as populações de truta-das-fontes baixas, mas não impediram a expansão do alcance. Com o tempo, a truta de arroio espalhou-se para jusante e tornou-se uma ameaça para o rio Lamar. Além disso, a hibridação da truta arco-íris continuou a ser identificada na truta-tronco a montante do Ice Box Canyon.
Em 2013 a Ice Box Falls foi modificada para ser uma barreira completa ao movimento dos peixes a montante, eliminando assim completamente a ameaça dos peixes não nativos viajarem a montante. Cerca de 450 trutas de arroio foram removidas durante o tratamento químico em 2015. Apenas duas trutas de riacho foram coletadas de Soda Butte Creek durante um segundo tratamento em 2016. Desde 2017, a amostragem de eDNA e a electropesca, assim como os inquéritos de electropesca, não encontraram evidências de truta do ribeiro no sistema. Esta é uma boa indicação de que foi alcançada uma matança completa na drenagem.
Elk Creek Complex
Existe uma barreira natural em cascata em Elk Creek logo a montante da sua confluência com o rio Yellowstone. A cascata impediu que os peixes povoassem naturalmente o sistema, portanto o complexo de riachos Elk, Lost e Yancey (Elk Creek Complex) ficou sem peixes quando foi povoado pela primeira vez com trutas cortadeiras no início da década de 1920. Em 1942, os riachos foram povoados com truta-das-fontes, resultando na perda completa da truta-das-fontes.
O Complexo do Elk Creek foi tratado com rotenona anualmente de 2012 a 2014 para remover a truta-das-fontes. Uma vez afastada a truta das fontes, iniciou-se a reintrodução da truta-garganta cortada nativa de Yellowstone. Os riachos Antelope e Pebble forneceram peixes para o povoamento do Complexo do Elk Creek em Outubro de 2015. O povoamento adicional teve lugar em 2016 e 2017. A reprodução natural também foi documentada em 2017 durante os levantamentos electro pesqueiros.